filoprop{} Package: unknown R Documentation Função prática para a representação da proporção relativa de um caráter ao longo de uma filogenia Description: filoprop realiza as seguintes tarefas: 1) calcula a proporção relativa de um caráter dentro de cada táxon de uma filogenia; 2) representa essa proporção relativa em um gráfico de setores; 3) plota cada gráfico de setores na ponta (tip) do seu respectivo táxon na árvore filogenética; 4) plota uma legenda; 5) salva a figura em um arquivo PDF no diretório de trabalho Usage: filoprop(data, taxon, variavel, phylo, categ.cor, variavel.cont, n.categorias, circular=T, nome.arquivo, x.y.legenda, unidade) Arguments: data data.frame; dados do caráter de interesse e do táxon de interesse em vetores colunas. taxon character; vetor coluna de data com o táxon de interesse. variavel numeric, integer ou character; vetor coluna de data com o caráter de interesse. phylo multiPhylo; filogenia a nível do táxon de interesse. categ.cor character; vetor de tamanho 2 com o nome de cores. variavel.cont logical; discrimina se o caráter de interesse é uma variável contínua ou categórica. n.categorias numeric; número de categorias desejadas se variavel.cont=T. circular logical; informa se a figura desejada para a filogenia é do tipo circular. nome.arquivo character; nome para o arquivo PDF que vai ser gerado. x.y.legenda numeric; vetor de tamanho 2 com as coordenadas da legenda. unidade character; unidade da variável de interesse. Details: A função filoprop representa cada categoria da variável de interesse em um setor do gráfico de setores. A legenda, gerada automaticamente, informa a cor em que cada categoria é representada no gráfico de setores. Se a variável de interesse for contínua, a função filoprop cria o número de categorias discriminado no argumento n.categorias. Para mais de duas categorias a filoprop escolhe cores entre as duas cores fornecida no argumento categ.cor, formando um continuum. Value: Retorna um arquivo em PDF no diretório de trabalho com uma figura de uma árvore filogenética, um gráfico de setores em cada ponta dessa árvore e uma legenda. Warnings: O nome do arquivo (argumento nome.arquivo) tem que ter extensão PDF (.pdf). A filogenia ter que estar a nível do táxon de interesse. A função filoprop exclui da filogenia fornecida os elementos que não são encontrados no argumento táxon. Note: Se a filogenia não estiver a nível do táxon fornecido a função filoprop envia a seguinte mensagem: "Verifique: a filogenia contida no argumento *phylo* deve estar a nivel do objeto contido no argumento *taxon*" Author(s): Função desenvolvida por Lucas Ferreira do Nascimento (2017). nascimento.flucas@gmail.com References: Comparative Methods in R - http://lukejharmon.github.io/ilhabela/ Phylogenetic tools for comparative Biology - http://blog.phytools.org/ See Also: package: phytools. Esse pacote fornece várias ferramentas para métodos comparativos filogenéticos, assim como funções de manipulação, inferência e análises filogenéticas. Examples: ===== data.frame de input ====== data<-read.table("data.limpo.espinhos.txt",header=TRUE,sep="\t", as.is=TRUE, fill=TRUE,skipNul=T) ===== filogenia de input ====== phylo<-read.nexus("arecaceae_phylo.txt") filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$length,phylo, categ.cor=c("chartreuse4", "firebrick4"), variavel.cont=T, n.categorias=10 , circular=T, nome.arquivo="length.pdf" ,x.y.legenda=c(1.6,1) , unidade="cm" ) ### variavel continua; filogenia tipo cladograma filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$diam, phylo, categ.cor=c("lawngreen", "magenta"), variavel.cont=T, n.categorias=10 , circular=F, nome.arquivo="diam.pdf" ,x.y.legenda=c(16,1) ,unidade="cm" ) ### variavel categorica; filogenia tipo circular filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$espinho, phylo, categ.cor=c("gold", "orangered3"), variavel.cont=F, n.categorias= , circular=T, nome.arquivo="espinho.pdf" ,x.y.legenda=c(1.6,1) ,unidade="") ### variavel categorica; filogenia tipo cladograma filoprop(data, taxon=data$genus, variavel=data$fr_type,phylo, categ.cor=c("aquamarine", "black"), variavel.cont=F, n.categorias= , circular=F, nome.arquivo="fr_type.pdf" ,x.y.legenda=c(10,1) ,unidade= "")