agilizando(x)

agilizando <- function(x)
{
cat("\n","\t","OBS1: Os novos dados calculados, os resultados da Anova foram salvos no diretorio como Resultado_Anova.csv e Dados_Calculados.csv ","\t","\n")
colnames(x)<-c ("Ninho","Long","Lat","Fragmento","Area") 
x$Fragmento<-as.factor(x$Fragmento)
x$Ninho<-as.factor(x$Ninho)
x.local<- table(x$Ninho,x$Fragmento)##Contando spp por local (fragmento) e selecionando uma localidade (fragmento)
x.local
total.spp=apply(x.local,2,sum)##calculando o total de individuos/ninhos
total.spp
##calcular o número de espécie por local
x.spplocal=x.local>0
riqueza=apply(x.spplocal,2,sum)## calculando a riqueza
riqueza
##PEGANDO OS TAMANHOS DOS FRAGMETNOS PARA CALCULAR A DENSIDDAE
tamanho.fragmentos<- aggregate(x=x$Area, by=list(x$Fragmento), FUN=mean)
Area.ha<-c(tamanho.fragmentos[,2]/10000)
dados.totais<- data.frame(Area.ha,riqueza,total.spp)
dados.totais
colnames(dados.totais)<-c("Area.ha","Riqueza","Total")
### agora sim calculando a densidade por fragmento e já transformando em ninhos por hectare
dados.totais$Densidade=(dados.totais$Total/dados.totais$Area.ha)
dados.totais
### plotando o grafico de dispersao e achando os coeficientesp por regressão linear
par(mfrow=c(2,2))
par(cex.axis=1.5,cex.lab=1.2, bty="l")
plot(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Riqueza,xlab="Riqueza spp.", ylab="Area ha",main="Riqueza pela Área")
A1<-lm(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Riqueza)
abline(A1, col="red") 
plot(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Total,xlab="N Indivíduos/NInhos Total", ylab="Area ha",main="N Indivíduos/Ninhos Total pela Área",)
A2<-lm(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Total)
abline(A2,col="green")
plot(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Densidade,xlab="Densidade", ylab="Area ha",main="Densidade pela Área",)
A3<-lm(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Densidade)
abline(A3,col="blue")
B1<-lm(dados.totais$Area.ha~dados.totais$Riqueza+dados.totais$Total)
abline(B1)
anova(B1)
resultado1<- anova(B1)
resultado2<-dados.totais
write.csv2(resultado1, file="Resultados_Anova.csv")
write.csv2(resultado2, file="Dados_Calculados.csv")
matriz.a<- matrix(NA,nrow=nrow(x),ncol=2)
matriz.a[,1]<-as.numeric(x[,2])
matriz.a[,2]<-as.numeric(x[,3])
row.names(matriz.a)<- x[,1]
matriz.a #matrix com dados LONG e LAT em UTM
distancia<-matrix(NA,nrow=nrow(matriz.a),ncol=ncol(matriz.a),dimnames=dimnames(matriz.a))
distancia[,1]<- matriz.a[,1] 
distancia[,2]<- matriz.a[,2] 
distancia
saida<-dist(distancia) #Cálculo da matriz de distancia
saida
resultado3<-as.matrix(saida)
write.csv2(resultado3, file="Matriz_Distancia.csv")
cat("\t","\n","\t","OBS2: Para visualizar abra a matriz de distancia que foi salva no seu diretorio como Matriz_Distancia.csv","\t","\n","\n")
return (resultado1)
}