### Trapalhoes basic # abrir o arquivo no excel antes!! trapa <- read.table("trapa.csv", header=T) trapa str(trapa) dim(trapa) ### desconstruindo trapalhoes 2 trapa <- read.table("trapa.csv", header=T,sep=",") trapa str(trapa) ### lendo trapalhoes trapa <- read.table("trapa.csv", header=T,sep=",", as.is=T) trapa str(trapa) rownames(trapa) ## Lendo Arquivos como nome da coluna = codinome trapa <- read.table("trapa.csv", header=T,sep=",", , as.is=T,row.names=1) trapa class(trapa) dim(trapa) names(trapa) rownames(trapa) str(trapa) ?read.table ### SLIDE ### ### padrao decimal com "," trapa = read.table("trapaVirgula.csv", header=T, sep=",", as.is=T) trapa dim(trapa) str(trapa) trapa = read.table("trapaVirgula.csv", header=T, sep=";", as.is=T) trapa str(trapa) mean(trapa$altura) trapa = read.table("trapaVirgula.csv", header=T,dec=",", sep=";", as.is=T) trapa str(trapa) mean(trapa$altura) ###padrao ale trapa.ale= read.table("trapa_nomes.txt", header=T, sep="/t", dec=".", as.is=T) dir() choose.files()->caminho.file # para linux #caminho.file=file.choose() caminho.file trapa.ale= read.table(caminho.file, header=T, sep="\t", dec="." , as.is=T) trapa.ale<- read.table(caminho.file, header=T, sep="\t", as.is=T) trapa.ale<- read.table("trapa_nome.txt", header=T, sep="\t", as.is=T) ########## MANIPULANDO DADOS ###################### names(trapa) trapa rownames(trapa) rownames(trapa)<- paste("trap", 1:4) trapa names(trapa) trapa$nascimento trapa$vivo trapa$estado names(trapa) <- c("COD", "NASC", "ESTADO", "VIVO", "NOME") trapa$VIVO <- c(T,T,F,F) trapa trapa$ID.2009 = 2009 - trapa$NASC class(trapa) class(trapa$NASC) str(trapa) ### Objeto Lista ### a=1:5 a b=factor(rep(c("a","b","c"), each=3)) b c=data.frame(sec=c("XIX", "XX", "XXI"),inicio=c(1801,1901,2001)) c minha.lista=list(um.vetor=a, um.fator=b, um.data.frame=c) minha.lista minha.lista$um.data.frame$inicio ## objetos matriz ilhas=matrix( round(sample(c(runif(36,0,6),rep(0,4)))),ncol=8) colnames(ilhas)<-paste("ilha",1:8) rownames(ilhas)<-paste("sp",1:5) ilhas ### Operadores Lógicos ALTURA=c(1.85, 1.78, 1.92, 1.63, 1.81, 1.55) ALTURA SEXO=factor(rep(c("M","F"),each=3)) SEXO ALTURA > 1.80 homens.altos <- ALTURA >= 1.80 & SEXO == "M" homens.altos class(homens.altos) rank(ALTURA) sort(ALTURA) order(ALTURA) ALTURA[order(ALTURA)] ALTURA[c(6,4,2,5,1,3)] ### Totais marginais, apply ilhas.vf=ilhas>0 ilhas.vf apply(ilhas.vf,1,sum) apply(ilhas.vf,2,sum) mean(apply(ilhas.vf,2,sum)) mean(apply(ilhas.vf,1,sum)) ############################### ### VOLTA SLIDE ############# ############################## #### INDEXAcaO "[]" ########### x=(LETTERS[1:6]) x x[1] x[1:3] x[c(1,1,3,5)] x[-2] x[-c(2,4)] ### INDEXAcaO COM LóGICA ##### ALTURA PESO=c(80, 100, 115, 70, 65, 50) SEXO ALTURA>=1.8 SEXO=="M" homens.altos<-ALTURA>1.8 & SEXO=="M" PESO[homens.altos] ### ALTERANDO SUCONJUNTOS ###### ilhas.vf riqueza=apply(ilhas.vf,2,sum) riqueza riqueza.indice=order(riqueza,decreasing=T) riqueza.indice ilhas[,riqueza.indice] read.table("trapa_nome.txt", header=T, sep="\t", as.is=T)->trapa trapa trapa[,1:5] trapa$vivo=="s" trapa[trapa$vivo=="s",] trapa[which(trapa$vivo=="s"),] trapa$vivo[which(trapa$vivo=="s")]<-T trapa$vivo[which(trapa$vivo=="n")]<-F trapa[,1:5] ### UM PROBLEMA ### gua.clas=read.table("gua.clas.txt", header=TRUE,sep="\t", as.is=TRUE) str(gua.clas) nivel=unique(gua.clas[,"floresta"]) nivel n0=table(gua.clas[,"classe2007"],gua.clas[,"floresta"]) n0 trans.abs=table(gua.clas$classe2008 ,gua.clas$classe2007, gua.clas$floresta) trans.abs inicial=t(t(trans.abs[,,1])/n0[,1]) inicial tardia=t(t(trans.abs[,,2])/n0[,2]) tardia