ecoR

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====== Curso IBUSP/ESALQ - 2023  ======
<WRAP center round important 60%>

  * Em **2023**, o curso será oferecido presencialmente no período de //__14 de agosto a 22 de setembro__//. As aulas presenciais serão oferecidas simultaneamente nos campi Butantan e ESALQ da USP, com equipes presenciais em cada uma destas unidades.  
  * Se você está matriculado na disciplina, deverá obrigatoriamente fazer as [[01_curso_atual:pre_curso|]] no período de 14 a 18 de agosto. Neste período estaremos oferecendo atendimento pelo [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] e presencialmente.
  * Veja as informações sobre a [[:start#matricula|matrícula]] antes de consultar os professores.
  * O vídeo abaixo descreve como foi o esquema da disciplina remota em 2020. Este ano a disciplina não será remota, será híbrida, mas iremos seguir, em parte, esse mesmo esquema. Por favor, assista para ter uma ideia de como o curso se dará.   

</WRAP>

<WRAP center round box 60%>

{{ youtube>QJuv1W22Rdk |}}

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<wrap hi center 80%>  Em 2023, o período de aula presenciais com transmissão ao vivo será entre os dias 21 de agosto a 15 de setembro. Note que, uma semana antes e uma depois deste período teremos atividades obrigatórias do curso, porém sem aulas expositivas e presenciais.  </wrap>
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<wrap hi center 80%>  O fórum **Nabble** foi desativado e não iremos mais usá-lo. Para a turma de 2023 utilizaremos o [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] </wrap>
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<wrap hi center 80%>  O notar mudou para http://notar.ib.usp.br  </wrap>
 
</WRAP>


Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências e pelo programa de Pós-Graduação em Recursos Florestais da ESALQ, ambos da Universidade de São Paulo.

===== Curso Presencial em dois Campi =====

A partir do ano de 2023, o curso é oferecido simultaneamente pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia do IBUSP e no Programa de Recursos Florestais da ESALQ. Em cada um desses programas, teremos uma equipe trabalhando presencialmente com os alunos. O curso é baseado em 9 tópicos, para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

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  * 1. **Aula introdutória:** encontro com aula expositiva ao vivo introduzindo o tópico ou parte dele. Para a unidade que não terá a aula presencial, ela será transmitida online via uma sala do Google Meet ou pelo canal do youtube como live. 
  * 2. **Tutorial**: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema, acompanhado de videoaulas de 30'. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] no moodle do e-disciplinas como presencialmente em cada unidade. 
  * 3. **Apostila online**: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem.
  * 4. **Exercícios**: exercícios que serão submetidos à plataforma [[http://notar.ib.usp.br|notaR]], um sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado especialmente para esta disciplina. 
  * 5. **Fechamento do tópico ** : atividade de duração de cerca de uma hora e meia, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.   


</WRAP>


<WRAP center round box 60%>
**__Atividades Preparatórias__**
\\


Faça as atividades do [[pre_curso|]] até antes do início das aulas presenciais/ao vivo.

**__Matricula__**
Veja informações em: [[:start#matricula|matrícula]].

</WRAP>
===== Informações Gerais =====

Disciplina oferecida pelos Programas de Pós-Graduação em Ecologia (IB) e Recursos Florestais (ESALQ), ambos da Universidade de São Paulo.


==== Professores Responsáveis ====

  * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br)
  * [[https://www.renatodelima.com/| Renato A. Ferreira de Lima]], Laboratório de Ecologia e Restauração Florestal //LERF// - ESALQ (raflima@usp.br).

==== Professores Colaboradores ====
  * [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP   (prado@ib.usp.br) 
  * João Paulo dos Santos Vieira de Alencar <joaopaulo.valencar@usp.br> - Pós-doutorando do Laboratório de Ecologia, Evolução e Conservação de Vertebrados da Ecologia - IBUSP.
  * Melina Leite <melina.leite@ib.usp.br> - IBUSP Ecologia

 
=== Coordenação notaR ===

  * Andre Chalom
  * Mali Salles

=== Monitores LabTrop ===

  * Jennifer Prestes Auler <jennifer.auler@usp.br>
  * Joyce Fernandes Ferreira <joyce.fernandes.ferreira@usp.br>
  * Larissa Lotti <lari.lotti@usp.br>
  * Luisa Truffi <truffi.luisa@gmail.com>,
  * Marcel Zimmermann <marcel.amaral@usp.br>
  * Matheus Batista dos Santos Pepe <matheus.pepe@usp.br>
  * Rafael Melhem <rafael.melhem@usp.br>
  * Marianela Pini  <marianelapini@usp.br>,
 
=== Monitores Ecologia e outros ===

  * Amanda Campos <amandabrtcampos@gmail.com>,
  * Natália Targhetta <natalia.targhetta@usp.br>,
  * Bruna de França Gomes <brugomes@ib.usp.br>,
  * Mariella Butti  <mbutti@usp.br>,
  * Sebastián Montoya  <sebastian.montoya@usp.br>,
  * Victor Sibinelli <victor.sibinelli@usp.br>,


/*


  * Laís Aline Grossel <laisgrossel@ib.usp.br>,
  * Nathália Caldeira Dias 	<nathalia.caldeira.dias@usp.br>, 
 

  -  Bruna Cassettari
  -  Débora Brandt
  -  Diogo Melo 
  -  Eduarda Romanini
  -  Felipe Campos 
  -  Gustavo Ballen
  -  Jennifer Auler
  -  Julia Barreto
  -  Lucas Nascimento
  -  Lucas Freitas
  -  Lucas Roedel
  -  Lucas Camacho
  -  Pamela Santana
  -  Rafael Melhem
  -  Renan Del Bel
  -  Vitor Aguiar
  -  Vitor Rios
  -  Vinicius Montagner
*/


  
/*
==== Período e Horários====

  * Disciplina condensada programada para o período de  ** 14 de agosto a 22 de setembro de 2023**.
  * Aulas teóricas síncronas, segundas, quartas e sextas pelas manhãs, 9:00-10:30h e pelas tardes das 16:00- 17:30h.
  * Aulas assíncronas com vídeo aulas, tutoriais e exercícios práticos: segundas, quartas e sextas 10:30-16:00 horas, com atendimento online.
  * Atendimento //assíncrono// pelo [[https://edisciplinas.usp.br/mod/googlemeet/view.php?id=4251776|forum]] terças e quintas, 9:00-18:00 horas.
*/
  

==== Locais das aulas ====
  * Aulas presenciais: IBUSP (Sala Multimídia 1 do Centro Didático((Nas segundas as aulas serão no Auditório 2 e na sala de Anatomia))) e ESALQ (Sala de Treinamento da SIESALQ)
<WRAP center round important 60%>

**Atenção alunos do IBUSP** por conflitos no uso da sala, nos dias

**__21/08, 28/08 e 11/09__** as aulas serão ministradas no Auditorio 2 e a prática na sala de Anatomia, ambas no Centro Didático. Nestes dias teremos apenas 20 notebooks disponíveis. Quem puder traga o seu!

</WRAP>



  * Atendimento síncronos: Google Meet
  * Aulas e atendimento assíncronos: wiki e [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] da disciplina


==== Avaliação ====

{{section>01_curso_atual:notas2011#nota_final}}



/*

=== Links para as aulas ===

<wrap hi>[[01_curso_atual:grupos_de_aula|]]</wrap>

Veja [[http://www.ib.usp.br/o-instituto/como-chegar.html| como chegar]].

**Traga um //notebook// com o R instalado** veja as [[http://ecologia.ib.usp.br/:cursos:ecor/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso|atividades preparatórias]].

Para os alunos de fora da USP que não tem senha de acesso à USPNet informe-se com um dos monitores.
 veja: [[uspnet2014|uspnet no minas]] 
*/

===== Programação =====
  *  Faça as [[pre_curso|Atividades Preparatórias]] antes do primeiro dia de aula.
  * A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores. 
  * Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]].


^Primeira Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|14-18/08 |livre | livre  |[[01_curso_atual:pre_curso|Atividades Preparatórias]]    | Faça você mesmo! |
^Segunda Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|21/08 |9:00-10:30| Presencial | Introdução ao curso & Dúvidas das atividades preparatórias   | Alexandre  |
|21/08 |11:00-12:00 |Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial2:start|Tutorial de Funções Matemáticas]]    |Equipe  |
|21/08 |14:00-17:30 | Presencial  | Funções Matemáticas  | Equipe| 
|23/08 |09:00-10:30| Presencial   | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Aula Leitura e Manipulação de Dados]]    | Alexandre|
|23/08 |11:00-12:00 |Presencial e Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Tutorial Leitura e Manipulação de Dados]]    |Equipe  | 
|23/08 |14:00-17:30| Presencial | Leitura e Manipulação de dados| Equipe  |
|25/08 |09:00-10:30| Presencial e Fórum  |[[:02_tutoriais:tutorial4:start|Tutorial Tutorial Análise Exploratória de Dados]] | Equipe |
|25/08 |11:00-12:00 |Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial4:start| Discussão Tutorial AED]]  | Equipe  | 
|25/08 |14:00-17:30| Presencial | Análise Exploratória de Dados| Equipe  |
^Terceira Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|28/08 |9:00-10:00 |Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial5:start|Tutorial de Gráficos I]]    |Equipe  |
|28/08 |10:30-12:00| Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial5:start|Aula Gráficos I]]   |Alexandre |
|28/08 |14:00-16:00| Presencial e Fórum  | [[:02_tutoriais:tutorial5:start|Plantão Gráficos I]]   |Equipe |
|28/08 |16:00-17:30 | Presencial  |Fechamento Gráficos I  | Equipe| 
|30/08 |09:00-10:30 |Presencial e Fórum  | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start|Tutorial  Gráficos II]]    |Equipe  | 
|30/08 |10:30-12:00| Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start| Aula Gráficos II]]     |Alexandre  |
|30/08 |14:00-16:00| Presencial e Fórum   | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start| Plantão Gráficos II]]     |Equipe  |
|30/08 |16:00-17:30| Presencial  | Fechamento Gráficos| Equipe  |
|01/09 |09:00-10:30 |Presencial e Fórum  | [[:02_tutoriais:tutorial6:start| Tutorial Teste de Significância]]   |Equipe  | 
|01/09 |010:30-12:00|Presencial  |[[:02_tutoriais:tutorial6:start|Aula Teste de Significância]] | Alexandre  |
|01/09 |14:00-16:00|Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial6:start|Plantão Teste de Significância]] | Equipe |
|01/09 |16:00-17:30| Presencial |Fechamento Teste de Significância| Equipe  |
^ Semana da Pátria^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|04-08/09 |livre | livre  |Não haverá aula presencial  | Descansem! |
^Quarta Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|11/09 |9:00-10:30 |Presencial e Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial7:start|Tutorial de Modelos Lineares]]  |Equipe  |
|11/09 |10:30-12:00| Presencial |[[:02_tutoriais:tutorial7:start| Aula de Modelos Lineares]]    |Alexandre  |
|11/09 |14:00-16:00| Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial7:start| Plantão de Modelos Lineares]]    |Equipe  |
|11/09 |16:00-17:30 | Presencial  |Fechamento Modelos Lineares | Equipe| 
|13/09 |9:00-11:30 |Presencial  | Aula Reamostragem  | Alexandre  |
|13/09 |14:00-16:00| Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial9:start| Tutorial Reamostragem]]    |Equipe  |
|13/09 |16:00-17:30 | Presencial e Fórum | [[01_curso_atual:exerpermuta | Plantão Reamostragem]] | Equipe| 
|15/09 |9:00-10:30 | Presencial  | Aula Funções   | Alexandre  |
|15/09 |10:30-12:00|Presencial  |[[:02_tutoriais:tutorial8:start| Funções]]  | Alexandre  |
|15/09 |14:00-16:00|Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial8:start|Tutorial Funções]]  | Equipe  |
|15/09 |16:00-17:30| Presencial e Fórum | [[01_curso_atual:exercicios9| Plantão Funções]] | Equipe  |
^Quinta Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|18- 22/09 |livre | Fórum  |  Lista de Exercícios Finais  |Atendimento pela Equipe  |


===== Bibliografia Básica=====

<WRAP center round box 60%>
A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. 

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de [[https://www.coursera.org/course/rprog|programação em R]] no Coursera oferecido pela [[https://www.coursera.org/jhu|Johns Hopkins University]]. 


</WRAP>
==== Livros ====

**William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** 
Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

**John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** 
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro.

**John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**.

**Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro.




==== Documentação On Line ====
**NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R.

**Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team  **  [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R.

**Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

**Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

==== Veja também ====

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

  * [[http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null| Beginner's guide to R]] - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online //ComputerWorld//. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  *[[http://adv-r.had.co.nz| Advanced R]]. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do publico alvo, pelo autor: //"The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."// 

==== Outros Recursos ====

  * [[https://swirlstats.com/|swiRl]]: pacote com curso interativo no próprio console do R.
  * **//[[https://cran.r-project.org/web/views/|Taskviews]]//**:  são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]].
  * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais).
  * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].
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