ecoR

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====== Curso IBUSP - 2025  ======
<WRAP center round important 60%>

  * Veja as informações sobre a [[:start#matricula|matrícula]] antes de consultar os professores.
  * Em **2025**, o curso será oferecido no período de //__05 de agosto a 25 de novembro__//. As aulas presenciais acontecerão nas terças-feiras das 9:00 às 17:00h.
  * O curso não terá atividades durante o recesso da semana da pátria (01 a 07 de setembro) e da Semana Temática da Biologia (06 a 10 de outubro).
 
</WRAP>


/*

<WRAP center round box 60%>

{{ youtube>QJuv1W22Rdk |}}



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<wrap hi center 80%>  Em 2023, o período de aula presenciais com transmissão ao vivo será entre os dias 21 de agosto a 15 de setembro. Note que, uma semana antes e uma depois deste período teremos atividades obrigatórias do curso, porém sem aulas expositivas e presenciais.  </wrap>
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<wrap hi center 80%>  O fórum **Nabble** foi desativado e não iremos mais usá-lo. Para a turma de 2023 utilizaremos o [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] </wrap>
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<wrap hi center 80%>  O notar mudou para http://notar.ib.usp.br  </wrap>


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*/ 

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências e pelo programa de Pós-Graduação em Recursos Florestais da ESALQ, ambos da Universidade de São Paulo.

===== Estrutura do curso =====
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A partir do ano de 2023, o curso é oferecido simultaneamente pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia do IBUSP e no Programa de Recursos Florestais da ESALQ. Em cada um desses programas, teremos uma equipe trabalhando presencialmente com os alunos. 

*/

O curso é baseado em 11 tópicos, para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

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  * 1. **Aula introdutória:** encontro com aula expositiva ao vivo introduzindo o tópico ou parte dele. Para a unidade que não terá a aula presencial, ela será transmitida online via uma sala do Google Meet ou pelo canal do youtube como live. 
  * 2. **Tutorial**: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema, acompanhado de videoaulas de 30'. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] no moodle do e-disciplinas como presencialmente em cada unidade. 
  * 3. **Apostila online**: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem.
  * 4. **Exercícios**: exercícios que serão submetidos à plataforma [[http://notar.ib.usp.br|notaR]], um sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado especialmente para esta disciplina. 
  * 5. **Fechamento do tópico ** : atividade de duração de cerca de uma hora e meia, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.   


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<WRAP center round box 60%>

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**__Atividades Preparatórias__**
\\



Faça as atividades do [[pre_curso|]] até antes do início das aulas presenciais/ao vivo.

*/


**__Matricula__**
Veja informações em: [[:start#matricula|matrícula]].

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===== Informações Gerais =====

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia e graduação em Biologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.


==== Professores Responsáveis ====

  * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br)
  * Ana Paula Aprigio Assis, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva (paulaaprigio@usp.br).

/*

  * [[https://www.renatodelima.com/|Renato A. Ferreira de Lima]], Laboratório de Ecologia e Restauração Florestal //LERF// - ESALQ (raflima@usp.br).
  
  
*/
==== Professores Colaboradores ====
  * [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP   (prado@ib.usp.br) 
  * João Paulo dos Santos Vieira de Alencar, Pós-doutorando da Universidade Federal do ABC (joaopaulo.valencar@gmail.com)


/*

  * Melina Leite <melina.leite@ib.usp.br> - IBUSP Ecologia

*/
 
=== Coordenação notaR ===

  * Andre Chalom
  * Mali Salles <malicsalles@gmail.com>

=== Monitores ===


/*

  * Jennifer Prestes Auler <jennifer.auler@usp.br>
  * Larissa Lotti <lari.lotti@usp.br>
  * Luisa Truffi <truffi.luisa@gmail.com>
  * Matheus Batista dos Santos Pepe <matheus.pepe@alumni.usp.br>
  * Marianela Pini  <marianelapini@usp.br>
 
=== Monitores Ecologia, ESALQ e outros ===

  * Adam da Cruz Rodrigues <adamcr@usp.br>
  * Guilherme S. Grittz <ggrittz@usp.br>
  * João Pedro Barcellos Leite <joaocalil98@usp.br>
  * Luciana Furtado <lucianafurtado@usp.br>
  * Mariella Butti  <mbutti@usp.br>
  * Victor Sibinelli <victor.sibinelli@usp.br>





  * Laís Aline Grossel <laisgrossel@ib.usp.br>,
  * Nathália Caldeira Dias 	<nathalia.caldeira.dias@usp.br>, 
 

  -  Bruna Cassettari
  -  Débora Brandt
  -  Diogo Melo 
  -  Eduarda Romanini
  -  Felipe Campos 
  -  Gustavo Ballen
  -  Jennifer Auler
  -  Julia Barreto
  -  Lucas Nascimento
  -  Lucas Freitas
  -  Lucas Roedel
  -  Lucas Camacho
  -  Pamela Santana
  -  Rafael Melhem
  -  Renan Del Bel
  -  Vitor Aguiar
  -  Vitor Rios
  -  Vinicius Montagner
*/


  
/*
==== Período e Horários====

  * Disciplina condensada programada para o período de  ** 12 de agosto a 20 de setembro de 2024**.
  * Aulas teóricas síncronas, segundas, quartas e sextas pelas manhãs, 9:00-10:30h e pelas tardes das 16:00- 17:30h.
  * Aulas assíncronas com vídeo aulas, tutoriais e exercícios práticos: segundas, quartas e sextas 10:30-16:00 horas, com atendimento online.
  * Atendimento //assíncrono// pelo [[https://edisciplinas.usp.br/mod/googlemeet/view.php?id=4251776|forum]] terças e quintas, 9:00-18:00 horas.
*/
  

==== Locais das aulas ====
  * Aulas presenciais: IBUSP (Sala Multimídia 1 do Centro Didático((fique atento ao cronograma pode haver alteração de salas))) 
  * Aulas e atendimento remoto: wiki e [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]] da disciplina



/*
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**Atenção alunos do IBUSP** por conflitos no uso da sala, nos dias

**__21/08, 28/08 e 11/09__** as aulas serão ministradas no Auditorio 2 e a prática na sala de Anatomia, ambas no Centro Didático. Nestes dias teremos apenas 20 notebooks disponíveis. Quem puder traga o seu!

</WRAP>
*/

 

==== Avaliação ====

{{section>01_curso_atual:notas2011#nota_final}}



/*

=== Links para as aulas ===

<wrap hi>[[01_curso_atual:grupos_de_aula|]]</wrap>

Veja [[http://www.ib.usp.br/o-instituto/como-chegar.html| como chegar]].

**Traga um //notebook// com o R instalado** veja as [[http://ecologia.ib.usp.br/:cursos:ecor/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso|atividades preparatórias]].

Para os alunos de fora da USP que não tem senha de acesso à USPNet informe-se com um dos monitores.
 veja: [[uspnet2014|uspnet no minas]] 
*/

===== Programação =====
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  *  Faça as [[pre_curso|Atividades Preparatórias]] **obrigatórias** antes do primeiro dia de aula.
  * A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores presencialmente. 
  * Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos remotamente pelo [[https://discord.gg/c37pKfAzYq| Fórum discoRd]].

*/

^Agosto 2025^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|05/08 |9:00-12:00| Presencial | Introdução ao curso   | Alexandre  |
|05/08 |14:00-17:00 |Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial1:start |Bases da linguagem R]] | Alexandre |
|12/08 |9:00-12:00| Presencial | Ambiente de Programação   | Alexandre  |
|12/08 |14:00-17:00 |Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial1b:start |Ambiente Programação R]] | Alexandre |
|19/08 |9:00-12:00 | Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial2:start|Aula: Funções Matemáticas]]| Alexandre |
|19/08 |14:00-17:00 | Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial2:start|Tutorial de Funções Matemáticas]] | Equipe|
|26/08 |09:00-12:00| Presencial   | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Aula Leitura e Manipulação de Dados]]    | Alexandre|
|26/08 |14:00-17:00 |Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Tutorial Leitura e Manipulação de Dados]]    |Equipe  | 
^Setembro 2025^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|02/09 |09:00-17:00 | Descansem | Semana da Pátria| Todxs | 
|09/09 |09:00-10:30| Presencial   |[[:02_tutoriais:tutorial4:start| Análise Exploratória de Dados (AED)]] | Alexandre |
|09/09 |14:00-17:00 |Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial4:start| Tutorial AED]]  | Equipe  | 
|16/09 |09:00-12:00| Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial5:start|Aula Gráficos I]]   |Alexandre |
|16/09 |14:00-17:00|Presencial |[[:02_tutoriais:tutorial5:start|Tutorial de Gráficos I]]    |Equipe  |
|23/09 |09:00-12:00| Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start| Aula Gráficos II]]     |Alexandre  |
|23/09 |14:00-17:00 |Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start|Tutorial  Gráficos II]]    |Equipe  | 
|30/09 |09:00-17:00 |Presencial  | Fechamento Gráficos |Equipe  | 
^Outubro 2025^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|07/10 |09:00-12:00 | Não haverá aula  | Semana Temática da Biologia   |  | 
|14/10 |09:00-12:00|Presencial |[[:02_tutoriais:tutorial6:start| Aula  e tutorial teste de Significância I]] | Professores e Equipe |
|14/10 |14:00-17:00| Presencial |[[:02_tutoriais:tutorial6b:start| Aula e Tutorial teste de Significância II]]| Professores e Equipe  |
|21/10 |09:00-12:00|Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial7:start| Aula de Modelos Lineares]]  |Alexandre  |
|21/10 |14:00-17:00| Presencial |[[:02_tutoriais:tutorial7:start| Tutorial de Modelos Lineares]]    | Equipe |
|28/10 |09:00-12:00|Presencial  | [[:02_tutoriais:tutorial9:start| Aula Reamostragem]]  | Alexandre  |
|28/10 |14:00-17:00| Presencial  |[[:02_tutoriais:tutorial9:start| Tutorial Reamostragem]]    |Equipe  |
^Novembro 2025^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|04/11 |9:00-12:00 | Presencial  | Aula Funções   | Alexandre  |
|04/11 |14:00-17:00|Presencial  |[[:02_tutoriais:tutorial8:start|Tutorial Funções]]  | Equipe  |
|11/11 |9:00-12:00 | Presencial  | Aula Funções (continuação)   | Alexandre  |
|13/11 |14:00-17:00|Presencial  |[[:02_tutoriais:tutorial8:start|Tutorial/Exercícios Funções]]  | Equipe  |
|18/11 |9:00-10:30 |Presencial e Fórum | Aula Edição de texto | Renato  |
|18/11 |10:30-12:00| Presencial |[[:02_tutoriais:tutorial11:start| Tutorial Edição de texto]] | Equipe |
|18/11 |14:00-16:00| Presencial  |Aula Organização de diretórios | Renato |
|18/11 |16:00-17:30 | Presencial e Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial12:start| Tutorial Organização de diretórios]] | Equipe| 
|25/11 |livre | Fórum  |[[01_curso_atual:exercicios10|Lista de Exercícios Finais]] (**obrigatórios**) |Atendimento pela Equipe  |


===== Bibliografia Básica=====

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A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. 

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de [[https://www.coursera.org/course/rprog|programação em R]] no Coursera oferecido pela [[https://www.coursera.org/jhu|Johns Hopkins University]]. 


</WRAP>
==== Livros ====

**William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** 
Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

**John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** 
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro.

**John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**.

**Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro.




==== Documentação On Line ====
**NOTA:** Selecionamos aqui alguns manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R.

**Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team  **  [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R.

**Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

**Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

**Alex Douglas, Deon Roos, Francesca Mancini, Ana Couto and David Lusseau [[https://intro2r.com/|An Introduction to R]].** Apostila introdutória com alguns outros assuntos além o R, como versionamento via git.



==== Veja também ====

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

  * [[http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null| Beginner's guide to R]] - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online //ComputerWorld//. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  *[[http://adv-r.had.co.nz| Advanced R]]. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do público alvo, pelo autor: //"The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."// 

==== Outros Recursos ====

  * [[https://swirlstats.com/|swiRl]]: pacote com curso interativo no próprio console do R.
  * **//[[https://cran.r-project.org/web/views/|Taskviews]]//**:  são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]].
  * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais).
  * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].
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