ecoR

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====== Curso IBUSP - 2020  ======
<WRAP center round important 60%>

  * Em **2020** o curso será oferecido remotamente com previsão para o período de //__14 de setembro a 09 de outubro__//. 
  * Veja informações sobre [[:start#matricula|matricula]] antes de consultar os professores
  * Devido as restrições impostas pela pandemia, os alunos do curso online não farão o trabalho final no formato tradicional. A nota dos alunos será baseada apenas nos exercícios feitos na plataforma **notaR**.
  * Veja como se dará o curso essa versão do curso não presencial no tópico a seguir.   

</WRAP>


{{youtube>QJuv1W22Rdk}}

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

===== Versão Não Presencial =====

Devido as restrições impostas pela Covid-19 a versão do curso ofical do IBUSP será oferecido em caráter emergencial de forma remota, sem atividades presenciais. O curso contará com atividades síncronas e assíncronas. Para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

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  * 1. **Videoaula introdutória:** vídeos com duração de cerca de 30' introduzindo o tópico ou parte dele. 
  * 2. **Tutorial**: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo __Google Meet__ quanto pelo [[http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/|fórum da disciplina]]. Continuaremos utilizando a plataforma **__Nabble__** que foi utilizada com sucesso em outros anos e que já tem um conjunto de tópicos discutidos que pode ajudar os alunos atuais.
  * 3. **Apostila online**: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem.
  * 4. **Exercícios**: exercícios que serão submetidos à plataforma [[http://www.lage.ib.usp.br/notar|notaR]], uma sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado para esta disciplina. 
  * 5. **Aula síncrona** : atividade de duração de cerca de 2 horas no __Google Meet__, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.   


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**__Atividades Preparatórias__**
\\


Faça as [[pre_curso|]] até antes do início das aulas

**__Matricula__**
Veja informações em: [[:start#matricula|matricula]].

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===== Informações Gerais =====

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo


==== Professor Responsável ====

  * [[http://ecologia.ib.usp.br/labtrop|Alexandre Adalardo de Oliveira]], Lab. Ecologia de Florestas Tropicais //LABTROP// - IBUSP (adalardo@usp.br)

==== Professores Colaboradores ====
  * [[http://ecologia.ib.usp.br/let/doku.php?id=prado:start|Paulo Inácio K. L. Prado]], Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP   (prado@ib.usp.br) 
 
=== Colaboração ===

  * Andre Chalom (notaR)

=== Monitores ===
/*
  -  Bruna Cassettari
  -  Débora Brandt
  -  Diogo Melo 
  -  Eduarda Romanini
  -  Felipe Campos 
  -  Gustavo Ballen
  -  Jennifer Auler
  -  Julia Barreto
  -  Lucas Nascimento
  -  Lucas Freitas
  -  Lucas Roedel
  -  Lucas Camacho
  -  Pamela Santana
  -  Rafael Melhem
  -  Renan Del Bel
  -  Vitor Aguiar
  -  Vitor Rios
  -  Vinicius Montagner
*/


  
==== Período e Horários====
  * Disciplina condensada programada para o período de  ** 14 de setembro a 09 de outubro de 2020**.
  * Aulas teóricas síncronas, segundas, quartas e sextas pelas manhãs, 10:00-12:00 horas.
  * Aulas assíncronas com vídeo aulas, tutoriais e exercícios práticos: segundas, quartas e sextas 14:00-18:00 horas. Atendimento online pelo meet, durante as atividades das 16:00- 18:00h.
  * Atendimento //assíncrono// pelo [[http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/|forum]] terças e quintas, 9:00-18:00 horas.
  
  

==== Locais das aulas ====
  * **Manhãs**: Aulas síncronas - Google Meet
  * **Tardes**: Aulas assíncronas e atendimento pelo Google Meet e fórum Nabble

/*
Veja [[http://www.ib.usp.br/o-instituto/como-chegar.html| como chegar]].

**Traga um //notebook// com o R instalado** veja as [[http://ecologia.ib.usp.br/:cursos:ecor/doku.php?id=01_curso_atual:pre_curso|atividades preparatórias]].

Para os alunos de fora da USP que não tem senha de acesso à USPNet informe-se com um dos monitores.
 veja: [[uspnet2014|uspnet no minas]] 
*/

===== Programação =====
  *  Faça as [[pre_curso|Atividades Preparatórias]] antes do primeiro dia de aula.
  * A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores. 
  * Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo [[http://:cursos:ecor.138098.n3.nabble.com/|Forum online]].

^Primeira Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|14/09 |10:00-11:30| Google Meet |[[:02_tutoriais:tutorial1:start|Introdução à linguagem R]]    |Alexandre|
|14/09 |14:00-15:30| Google Meet & Fórum|Dúvidas das atividades preparatórias   |Equipe  |
|14/09 |16:00-18:00 |Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial2:start|Tutorial de Funções Matemáticas]]    | Monitores  |
|15/09 |9:00-12:00 |Forum //on-line// | Plantão Funções Matemáticas  | Equipe| 
|16/09 |10:00-11:30| Google Meet| Funções Matemáticas  |Alexandre  |
|16/09 |14:00-18:00| Google Meet & Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial3:start|Tutorial Leitura e Manipulação de Dados]]    |Equipe  |
|17/09 |14:00-18:00 |Forum //on-line//   | Dúvidas Leitura e Manipulação de dados  | Equipe| 
|18/09 |10:00-11:30| Google Meet | Leitura e Manipulação de dados| Professores  |
|18/09 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum  | [[:02_tutoriais:tutorial4:start|Tutorial Análise Exploratória de Dados]] | Equipe |
^Segunda Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|21/09 |10:00-11:30| Google Meet |Análise exploratória de Dados  |Alexandre|
|21/09 |14:00-18:00 |Google Meet & Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial5:start|Tutorial de Gráficos]]    | Monitores  |
|22/09 |9:00-12:00 |Forum //on-line// | Plantão Gáficos  | Equipe| 
|23/09 |10:00-11:30| Google Meet| Fechamento Gráficos I |Alexandre  |
|23/09 |14:00-18:00| Google Meet & Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial5b:start|Tutorial  Gáficos II]]   |Equipe  |
|24/09 |14:00-18:00 |Forum //on-line//   | Gráficos II  | Equipe| 
|25/09 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento Gráficos II| Alexandre  |
|25/09 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum  | [[:02_tutoriais:tutorial6:start|Teste de Significância]] | Equipe |
^Terceira Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|28/09 |10:00-11:30| Google Meet |Fechamento Teste de Significância  |Alexandre|
|28/09 |14:00-18:00 |Google Meet & Fórum |[[:02_tutoriais:tutorial7:start|Tutorial de Modelos Lineares]]    | Monitores  |
|29/09 |9:00-12:00 |Forum //on-line// | Plantão Modelos Lineares  | Equipe| 
|30/09 |10:00-11:30| Google Meet| Fechamento Modelos Lineares |Alexandre  |
|30/09 |14:00-18:00| Google Meet & Fórum | [[:02_tutoriais:tutorial9:start|Tutorial Reamostragem]]  |Equipe  |
|01/10 |14:00-18:00 |Forum //on-line//   | Plantão Reamostragem | Equipe| 
|02/10 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento Reamostragem| Alexandre  |
|02/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum  | [[:02_tutoriais:tutorial8:start|Tutorial Funções]] | Equipe |
^Quarta Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|02/10 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento Funções| Alexandre  |
|02/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum  | Exercícios Finais | Equipe |
|04/10 |10:00-11:30| Google Meet | Dúvidas Gerais| Alexandre  |
|04/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum  | Exercícios Finais | Equipe |
|06/10 |10:00-11:30| Google Meet | Fechamento do Curso| Alexandre  |
|06/10 |14:00-17:00| Google Meet & Fórum  | Dúvidas Exercícios Finais | Equipe |

/*
^Quarta Semana^^^^^
^ Data   ^Período   ^ Local ^ Assunto ^Instrutor(es)^
|13/05 |9:00-10:30| Auditório 2 |Filosofia e histórico da linguagem R   |Professores|
|13/05 |11:00-12:30| Auditório 2I | Introdução à linguagem R  |Alexandre|
|13/05 |14:00-15:30|Anatomia |Tira Dúvidas das atividades preparatórias   |Professores e monitores  |
|13/05 |16:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial de Funções Matemáticas    | Monitores  |
|14/05 |9:00-18:00 |Forum //online//   |Plantão funções Matemáticas  | Monitores  & Professores| 
|16/05 |9:00-10:30| Auditório 2|Dúvidas Funções Matemáticas   |Professores  |
|16/05 |11:00-12:30| Auditório 2 | Leitura e Manipulação de Dados   |Alexandre  |
|16/05 |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Manipulação de Dado   |Monitores   |
|17/05 |9:00-12:30| AG Zoologia |Análise Exploratória de Dados| Professores  |
|17/05 |14:00-16:00| Sala multimídia CD  | Tutorial Análise Exploratória de Dados | Monitores & Professores |
^Segunda Semana^^^^^
|20/05 |9:00-9:30| Auditório 2|Tira Dúvidas  |Professores |
|20/05 |9:30-12:30|Auditório 2|Gráficos|Alexandre|
|20/05 |14:00-18:00 |Anatomia - Multimídea 2 |Tutorial Gráficos  |Monitores | 
|22/05  |9:00-12:30|Auditório 2 |Teste de Hipótese  |Alexandre|
|22/05  |14:00-18:00 |Sala multimídia CD |Teste de Hipótese |Monitores |
|24/05  |9:00-9:30| AG - Zoologia |Tira Dúvidas Teste de Hipótese   |Professores  |
|24/05  |9:30-12:30| AG - Zoologia  | Regressão Linear |Alexandre|
|24/05  |14:00-18:00 |Sala multimídia CD  |Tutorial Regressão Linear  |Monitores |
^Terceira Semana^^^^^
|27/05 |9:00-12:30|Auditório 2 |Regressão Linear II  |Professores  |
|27/05 |14:00-18:00 | Anatomia - Multimídia II |Tutorial Regressão Linear II  |Monitores |
|29/05 |9:00-12:30|Auditório 2|Simulação e Permutação |Alexandre|
|29/05 |14:00-18:00 |Anatomia - Multimídia II  |tutorial Simulação e Permutação   |Professores |
|31/05 |9:00-12:30|AG da Zoologia|Noções de Programação em Linguagem R: construção de funções simples   |Professores|
|31/05 |14:00- 18:00 |Sala multimídia CD |Tutorial Programação |Monitores |

*/
===== Bibliografia Básica=====

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A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante. 

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de [[https://www.coursera.org/course/rprog|programação em R]] no Coursera oferecido pela [[https://www.coursera.org/jhu|Johns Hopkins University]]. 

Há também um interessante curso interativo  on line chamado [[http://tryr.codeschool.com/|TryR]]. 
</WRAP>
==== Livros ====

**William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002.** 
Conhecido na comunidade R como //"The Book"//, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o ''MASS''((este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN)), que faz parte da instalação básica do R. Visite o [[http://www.stats.ox.ac.uk/pub/MASS4/|site]] do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

**John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002.** 
Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, ''car'', tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o [[http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Books/Companion/index.html|site]] do livro.

**John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005.** Derivado de manual [[http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/printable/simpleR.pdf|disponível gratuitamente]] no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o [[http://wiener.math.csi.cuny.edu/UsingR/|site]] do livro, e o pacote **usingR**.

**Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007.** Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o [[http://www.bio.ic.ac.uk/research/mjcraw/therbook/index.htm/|site]] do livro.




==== Documentação On Line ====
**NOTA:** Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção [[http://cran.r-project.org/other-docs.html|Contributed Documentation]] do site do R.

**Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team  **  [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.pdf|An Introduction to R. Manual online]]. Manual oficial de introdução ao R.

**Carlos Alzola and Frank E. Harrell [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Alzola+Harrell-Hmisc-Design-Intro.pdf|An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries]]” ** O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

**Petra Kuhnert and Bill Venables [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Kuhnert+Venables-R_Course_Notes.zip|An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing]].** Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

==== Veja também ====

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

  * [[http://www.computerworld.com/article/2497143/business-intelligence-beginner-s-guide-to-r-introduction.html?null| Beginner's guide to R]] - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online //ComputerWorld//. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  *[[http://adv-r.had.co.nz| Advanced R]]. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do publico alvo, pelo autor: //"The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language."// 

==== Outros Recursos ====
  * [[http://tryr.codeschool.com/|TryR]]: sistema online interativo de aprendizagem da linguagem R, nos moldes do Codecademy e W3School.  
  * [[https://swirlstats.com/|swiRl]]: pacote com curso interativo no próprio console do R.
  * **//[[https://cran.r-project.org/web/views/|Taskviews]]//**:  são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Para nossa área, p.ex, há os //views// //Environmetrics//, //Multivariate//, //Genetics//, //Spatial//. Todo espelho de [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]] mantém uma cópia dos //taskviews//. Para o espelho da FMV-USP o link é [[http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/]]./*  * [[http://crantastic.org/|CRANTASTIC!]]: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do [[http://cran.r-project.org/mirrors.html|CRAN]]((Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R)). Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as **taskviews**, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R. */
  * [[http://journal.r-project.org/|The R Journal]]: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  * [[http://www.jstatsoft.org|Journal of Statistical Software]]: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre [[http://www.jstatsoft.org/v22|uso do R em ecologia]], e outro sobre [[http://www.jstatsoft.org/v24|análises de redes]] (com ênfase para dados de ciências sociais).
  * [[http://www.statmethods.net/index.html|Quick R]], de Rob Kabakoff: um guia rápido //on line// muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  * [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|The R Wikibook]]: manual muito completo na coleção de [[http://en.wikibooks.org/wiki/Main_Page|Wiki Books]].
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