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03_apostila:01-intro

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03_apostila:01-intro [2020/08/12 06:49]
admin
03_apostila:01-intro [2020/08/20 16:10] (atual)
adalardo
Linha 64: Linha 64:
 Em ambiente UNIX (como o Linux, por exemplo), podemos iniciar o R a partir do interpretador de comandos (//shell//) digitando o comando ''​R'':​ Em ambiente UNIX (como o Linux, por exemplo), podemos iniciar o R a partir do interpretador de comandos (//shell//) digitando o comando ''​R'':​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 parsival@jatai $ R parsival@jatai $ R
 </​code>​ </​code>​
Linha 72: Linha 72:
 Independentemente de como inicia, o R apresenta uma tela com (aproximadamente) a seguinte forma: Independentemente de como inicia, o R apresenta uma tela com (aproximadamente) a seguinte forma:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 R version 2.7.0 (2008-04-22) R version 2.7.0 (2008-04-22)
 Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
Linha 108: Linha 108:
  
 O estado de espera ocorre quando o usuário envia um comando incompleto, o que é indicado por um sinal de "''​+''":​ O estado de espera ocorre quando o usuário envia um comando incompleto, o que é indicado por um sinal de "''​+''":​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > >
 > log(2 > log(2
Linha 127: Linha 127:
 Como nos exemplos abaixo: Como nos exemplos abaixo:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > plot(x=area,​y=riqueza) > plot(x=area,​y=riqueza)
 > plot(area, riqueza) > plot(area, riqueza)
Linha 168: Linha 168:
 Há, portanto, três maneiras de guardar os resultados de um comando em um objeto: Há, portanto, três maneiras de guardar os resultados de um comando em um objeto:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > a <- sqrt(4) > a <- sqrt(4)
 > b = sqrt(4) > b = sqrt(4)
Linha 175: Linha 175:
  
 Para exibir o conteúdo de um objeto, basta digitar seu nome Para exibir o conteúdo de um objeto, basta digitar seu nome
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > a > a
 [1] 2 [1] 2
Linha 186: Linha 186:
 Se a atribuição é para um objeto que não existe, esse objeto é criado. **Mas cuidado**: se já há um objeto com o mesmo nome na sua área de trabalho, seus valores serão substituídos:​ Se a atribuição é para um objeto que não existe, esse objeto é criado. **Mas cuidado**: se já há um objeto com o mesmo nome na sua área de trabalho, seus valores serão substituídos:​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > a <- sqrt(4) > a <- sqrt(4)
 > a > a
Linha 199: Linha 199:
 ==== Mensagens de Erro e de Avisos ==== ==== Mensagens de Erro e de Avisos ====
 Como em qualquer linguagem, o R tem regras de sintaxe e grafia. Mas contrário das linguagens humanas, mesmo um pequeno erro torna a mensagem incompreensível para o R, que então retorna uma mensagem de erro: Como em qualquer linguagem, o R tem regras de sintaxe e grafia. Mas contrário das linguagens humanas, mesmo um pequeno erro torna a mensagem incompreensível para o R, que então retorna uma mensagem de erro:
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > logaritmo(2) > logaritmo(2)
 Erro: não foi posssível encontrar a função "​logaritmo"​ Erro: não foi posssível encontrar a função "​logaritmo"​
Linha 211: Linha 211:
  
 Em outros casos, o comando pode ser executado, mas com um resultado que possivelmente você não desejava. O R cria mensagens de alerta para os casos mais comuns desses resultados que merecem atenção : Em outros casos, o comando pode ser executado, mas com um resultado que possivelmente você não desejava. O R cria mensagens de alerta para os casos mais comuns desses resultados que merecem atenção :
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > log(-2) > log(-2)
 [1] NaN [1] NaN
Linha 223: Linha 223:
 Para sair do R, a forma mais fácil é usar o comando ''​q''​ (do inglês //​quit//​). ​ Nesse caso o R, lhe pergunda se você deseja //salvar// (gravar) Para sair do R, a forma mais fácil é usar o comando ''​q''​ (do inglês //​quit//​). ​ Nesse caso o R, lhe pergunda se você deseja //salvar// (gravar)
 sua sessão de trabalho. sua sessão de trabalho.
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > q() > q()
 Save workspace image? [y/​n/​c]: ​ Save workspace image? [y/​n/​c]: ​
Linha 243: Linha 243:
 O diretório a partir do qual você iniciou o R é o  **diretório de trabalho** dessa sessão. Para verificar seu diretório de trabalho, use o comando ''​getwd''​((acrônimo de "get working directory"​)): ​ O diretório a partir do qual você iniciou o R é o  **diretório de trabalho** dessa sessão. Para verificar seu diretório de trabalho, use o comando ''​getwd''​((acrônimo de "get working directory"​)): ​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > getwd() > getwd()
 [1] "/​home/​paulo/​work/​Pos_grad/​Eco_USP/​cursoR"​ [1] "/​home/​paulo/​work/​Pos_grad/​Eco_USP/​cursoR"​
Linha 250: Linha 250:
 Para alterar o diretório de trabalho há a função ''​setwd'':​ Para alterar o diretório de trabalho há a função ''​setwd'':​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > setwd("/​home/​paulo/​work/​treinos_R/"​) > setwd("/​home/​paulo/​work/​treinos_R/"​)
 > getwd() > getwd()
Linha 267: Linha 267:
 Se acontecer do computador ser desligado durante uma sessão do R, tudo que foi feito será perdido!!! Se acontecer do computador ser desligado durante uma sessão do R, tudo que foi feito será perdido!!!
 Para evitar isso, é interessante gravar com frequência o **workspace** utilizando o comando '''​save.image()''':​ Para evitar isso, é interessante gravar com frequência o **workspace** utilizando o comando '''​save.image()''':​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > save.image() > save.image()
 > >
Linha 274: Linha 274:
 Por //​default//,​ o R gravará o workspace no arquivo ''​.RData'',​ e quando você reiniciar uma sessão, o R automaticamente **carrega** esse arquivo. Por //​default//,​ o R gravará o workspace no arquivo ''​.RData'',​ e quando você reiniciar uma sessão, o R automaticamente **carrega** esse arquivo.
 Mas você pode salvar em outro arquivo utilizando o **argumento** ''​file''​ da função: Mas você pode salvar em outro arquivo utilizando o **argumento** ''​file''​ da função:
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > save.image(file="​minha-sessao-introdutoria.RData"​) > save.image(file="​minha-sessao-introdutoria.RData"​)
 > >
Linha 281: Linha 281:
 Como o R carrega automaticamente apenas o arquivo ''​.RData''​ que está no diretório de trabalho, caso deseje carregar outros arquivos você deverá usar a função ''​load'':​ Como o R carrega automaticamente apenas o arquivo ''​.RData''​ que está no diretório de trabalho, caso deseje carregar outros arquivos você deverá usar a função ''​load'':​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 ># Carrega um arquivo de workspace no mesmo diretório ># Carrega um arquivo de workspace no mesmo diretório
 > load(file="​minha-sessao-introdutoria.RData"​) > load(file="​minha-sessao-introdutoria.RData"​)
Linha 292: Linha 292:
 Se você quiser salvar apenas alguns objetos (digamos, os resultados das suas análises), você pode usar o comando ''​save'':​ Se você quiser salvar apenas alguns objetos (digamos, os resultados das suas análises), você pode usar o comando ''​save'':​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > save(modelo1,​ file="​meu_modelo.RData"​) > save(modelo1,​ file="​meu_modelo.RData"​)
 > save(dados, modelo1, modelo2, file="​meus_modelos.RData"​) > save(dados, modelo1, modelo2, file="​meus_modelos.RData"​)
Linha 300: Linha 300:
  
 O comando ''​save''​ aceita o resultado de outros comandos. Por exemplo, o código abaixo equivale ao comando save.image():​ O comando ''​save''​ aceita o resultado de outros comandos. Por exemplo, o código abaixo equivale ao comando save.image():​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > save (list=ls(), file="​tudo.RData"​) > save (list=ls(), file="​tudo.RData"​)
 </​code>​ </​code>​
Linha 315: Linha 315:
 O comando ''​ls''​ lista todo o conteúdo da área de trabalho, se não é fornecido argumento: O comando ''​ls''​ lista todo o conteúdo da área de trabalho, se não é fornecido argumento:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > ls() > ls()
 [1] "​consoantes"​ "​CONSOANTES"​ "​vogais"​ "​VOGAIS"​ [1] "​consoantes"​ "​CONSOANTES"​ "​vogais"​ "​VOGAIS"​
Linha 334: Linha 334:
 O comando ''​rm''​ apaga objetos da área de trabalho: O comando ''​rm''​ apaga objetos da área de trabalho:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > ls() > ls()
 [1] "​consoantes"​ "​CONSOANTES"​ "​vogais" ​    "​VOGAIS"​ [1] "​consoantes"​ "​CONSOANTES"​ "​vogais" ​    "​VOGAIS"​
Linha 376: Linha 376:
  
 Para conseguir ajuda sobre um comando pode ser usada a função ''​help'':​ Para conseguir ajuda sobre um comando pode ser usada a função ''​help'':​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > help(mean) > help(mean)
 </​code>​ </​code>​
  
 ou então o operador de ajuda que é o sinal de interrogação ​ '?':​ ou então o operador de ajuda que é o sinal de interrogação ​ '?':​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 ?mean ?mean
 </​code>​ </​code>​
  
 No caso se buscar ajuda sobre um **operador** (símbolo para operações aritméticas e algébricas) devemos utilizar as aspas duplas: No caso se buscar ajuda sobre um **operador** (símbolo para operações aritméticas e algébricas) devemos utilizar as aspas duplas:
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > help("​+"​) > help("​+"​)
 > ?"​*"​ > ?"​*"​
Linha 409: Linha 409:
  
 No modo **help interativo** também é possível se fazer uma busca por uma palavra (//​string//​) usando a tecla '/',​ na forma: No modo **help interativo** também é possível se fazer uma busca por uma palavra (//​string//​) usando a tecla '/',​ na forma:
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 /string /string
 </​code>​ </​code>​
Linha 438: Linha 438:
    
    
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 mean                  package:​base ​                 R Documentation mean                  package:​base ​                 R Documentation
  
Linha 511: Linha 511:
  
 Para os que preferem trabalhar com ajuda em hipertexto (html), há o comando ''​help.start()'':​ Para os que preferem trabalhar com ajuda em hipertexto (html), há o comando ''​help.start()'':​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > help.start() > help.start()
 Making links in per-session dir ... Making links in per-session dir ...
Linha 535: Linha 535:
  
 Outro comando muito útil é o ''​apropos''​. ​ Ele possibilita sabermos quais funções do R tem no nome uma certa palavra (//​string//​):​ Outro comando muito útil é o ''​apropos''​. ​ Ele possibilita sabermos quais funções do R tem no nome uma certa palavra (//​string//​):​
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > apropos(plot) > apropos(plot)
  [1] "​biplot" ​             "​interaction.plot" ​   "​lag.plot" ​            [1] "​biplot" ​             "​interaction.plot" ​   "​lag.plot" ​          
Linha 554: Linha 554:
 Para pesquisas mais complexas e refinadas há ainda a função ''​help.search()''​. Por exemplo, para pesquisar funções que tenham a palavra "​skew"​no título: Para pesquisas mais complexas e refinadas há ainda a função ''​help.search()''​. Por exemplo, para pesquisar funções que tenham a palavra "​skew"​no título:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > help.search(field="​title","​skew"​) > help.search(field="​title","​skew"​)
  
Linha 576: Linha 576:
 Para obter apenas os exemplos que estão na ajuda de uma função, use a função ''​example'':​ Para obter apenas os exemplos que estão na ajuda de uma função, use a função ''​example'':​
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > example(mean) > example(mean)
  
Linha 593: Linha 593:
 Muitas vezes precisamos apenas nos lembrar dos argumentos de uma função. Para isso, use a função ''​args'',​ que retorna os argumentos de uma função: Muitas vezes precisamos apenas nos lembrar dos argumentos de uma função. Para isso, use a função ''​args'',​ que retorna os argumentos de uma função:
  
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > args(chisq.test) > args(chisq.test)
 function (x, y = NULL, correct = TRUE, p = rep(1/​length(x),​ length(x)), function (x, y = NULL, correct = TRUE, p = rep(1/​length(x),​ length(x)),
Linha 632: Linha 632:
 é necessário entender as diferenças entre **baixar** (download) o pacote do repositório e **carregar** em sua área de trabalho. é necessário entender as diferenças entre **baixar** (download) o pacote do repositório e **carregar** em sua área de trabalho.
 Para baixar algum pacote disponível no repositório CRAN do R é necessário utilizar o comando //​install.packages()//​ com o nome do pacote entre ""​ dentro do parenteses(( a princípio todas as palavras que escrevemos sem aspas no R ele busca como sendo objetos presentes em nossa área de trabalho ou pacotes carregados ou instalados)). Para baixar algum pacote disponível no repositório CRAN do R é necessário utilizar o comando //​install.packages()//​ com o nome do pacote entre ""​ dentro do parenteses(( a princípio todas as palavras que escrevemos sem aspas no R ele busca como sendo objetos presentes em nossa área de trabalho ou pacotes carregados ou instalados)).
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 install.packages("​vegan"​) install.packages("​vegan"​)
 </​code>​ </​code>​
Linha 640: Linha 640:
  
 Caso o pacote esteja instalado ele aparecerá entre os hiperlinks da página de [[#Ajuda em Hipertexto: ''​help.start''​|ajuda hipertexto]] da função //​help.start()//​. Entre na página do pacote e navegue pelas opções e funções que forem de seu interesse. Escolha uma função (decorana) e em seguida tente apresentar o ajuda dela pelo R: Caso o pacote esteja instalado ele aparecerá entre os hiperlinks da página de [[#Ajuda em Hipertexto: ''​help.start''​|ajuda hipertexto]] da função //​help.start()//​. Entre na página do pacote e navegue pelas opções e funções que forem de seu interesse. Escolha uma função (decorana) e em seguida tente apresentar o ajuda dela pelo R:
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 help.start() help.start()
 help(decorana) help(decorana)
Linha 647: Linha 647:
  
 A mensagem (ou algo similar): //"No documentation for ‘decorana’ in specified packages and libraries..."//,​ significa que a sua sessão do R não encontrou a documentação referente a função, apesar do pacote estar instalado em nosso computador. Isso aconteceu porque não carregamos a função em nossa área de trabalho, para cada projeto, precisamos carregar aqueles pacotes que vamos necessitar (normalmente nas primeiras linhas de comando do nosso código): A mensagem (ou algo similar): //"No documentation for ‘decorana’ in specified packages and libraries..."//,​ significa que a sua sessão do R não encontrou a documentação referente a função, apesar do pacote estar instalado em nosso computador. Isso aconteceu porque não carregamos a função em nossa área de trabalho, para cada projeto, precisamos carregar aqueles pacotes que vamos necessitar (normalmente nas primeiras linhas de comando do nosso código):
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 library(vegan) library(vegan)
  
Linha 673: Linha 673:
 Para que um comando seja **executado** pelo R é necessário ser acompanhado de parênteses '​()'​. Para que um comando seja **executado** pelo R é necessário ser acompanhado de parênteses '​()'​.
 Compare esse comando Compare esse comando
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > q() > q()
 Save workspace image? [y/n/c]: c Save workspace image? [y/n/c]: c
Linha 679: Linha 679:
 </​code>​ </​code>​
 com o comando com o comando
-<​code>​+<​code ​rsplus>
 > q > q
 function (save = "​default",​ status = 0, runLast = TRUE)  function (save = "​default",​ status = 0, runLast = TRUE) 
03_apostila/01-intro.1597225783.txt.gz · Última modificação: 2020/08/12 06:49 por admin