Diferenças

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--- 03_apostila:01-intro [2023/08/14 10:21]
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+++ 03_apostila:01-intro [2023/08/14 12:37] (atual)
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 <WRAP center round box 70%>
-//**__PARA SABER UM POUCO MAIS__**//
+//**__Para saber um pouco mais__**//
 Execute estes comandos no R:
@@ Linha 44: / Linha 44: @@
 ===== Página Oficial do R =====
-Esta é a referência básica para usuários de R, que inclui programas para download, listas de discussão, e muita documentação e ajuda: [[http://www.r-project.org/]].
+Esta é a referência básica para usuários de R, que inclui programas para download, listas de discussão, muita documentação e ajuda: [[http://www.r-project.org/]].
 Explore as seções, começando pelas FAQ. Boa parte do que tratamos aqui está na seção 2 (**R Basics**) das FAQ, além de várias outras informações úteis.
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-===== Instalação do R =====
+==== Instalação do R ====
 Os arquivos necessários para instalar o ambiente R estão disponíveis gratuitamente no sítio oficial [[http://www.r-project.org/]].
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-===== Iniciando o R =====
+==== Iniciando o R ====
@@ Linha 128: / Linha 128: @@
 <code rsplus>
-> plot(x=area,y=riqueza)
+> plot(x = area, y = riqueza)
 > plot(area, riqueza)
-> plot(area,riqueza,xlab="Área (ha)", ylab="Riqueza")
+> plot(area, riqueza, xlab = "Área (ha)", ylab = "Riqueza")
 </code>
   *  No primeiro caso, o valor de cada argumento usado está explicitado. O argumento ''x'' da função ''plot'' é a variável independente, e o argumento ''y'' é a variável dependente.
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 </code>
-Em outros casos, o comando pode ser executado, mas com um resultado que possivelmente você não desejava. O R cria mensagens de alerta para os casos mais comuns desses resultados que merecem atenção :
+Em outros casos, o comando pode ser executado, mas com um resultado que possivelmente você não desejava. O R cria mensagens de alerta para os casos mais comuns desses resultados que merecem atenção:
 <code rsplus>
 > log(-2)
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-===== Para Sair =====
+===== Para Sair do R =====
 Para sair do R, a forma mais fácil é usar o comando ''q'' (do inglês //quit//).  Nesse caso o R, lhe pergunda se você deseja //salvar// (gravar)
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 Mas você pode salvar em outro arquivo utilizando o **argumento** ''file'' da função:
 <code rsplus>
-> save.image(file="minha-sessao-introdutoria.RData")
+> save.image(file = "minha-sessao-introdutoria.RData")
 >
 </code>
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 <code rsplus>
 ># Carrega um arquivo de workspace no mesmo diretório
-> load(file="minha-sessao-introdutoria.RData")
+> load(file = "minha-sessao-introdutoria.RData")
 ># Carrega o arquivo default de workspace de outro diretório:
-> load(file="/home/paulo/work/treinos_R/.RData")
+> load(file = "/home/paulo/work/treinos_R/.RData")
 </code>
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 <code rsplus>
-> save(modelo1, file="meu_modelo.RData")
+> save(modelo1, file = "meu_modelo.RData")
-> save(dados, modelo1, modelo2, file="meus_modelos.RData")
+> save(dados, modelo1, modelo2, file = "meus_modelos.RData")
 </code>
-Tome cuidado com a sintaxe do comando ''save'': ele aceita o nome de vários objetos que existem no seu workspace e um nome de arquivo, que deve ser passado com ''file=''.
+Tome cuidado com a sintaxe do comando ''save'': ele aceita o nome de vários objetos do seu workspace e apenas um nome de arquivo, que deve ser passado com o argumento ''file=''.
 O comando ''save'' aceita o resultado de outros comandos. Por exemplo, o código abaixo equivale ao comando save.image():
 <code rsplus>
-> save (list=ls(), file="tudo.RData")
+> save (list = ls(), file = "tudo.RData")
 </code>
+Outra maneira de salvar objetos é usar o comando ''saveRDS''. Contudo, esse comando salva apenas um objeto por vez:
+<code rsplus>
+> saveRDS (modelo1, file = "meu_modelo.rds")
+</code>
+Ambos comandos (''save'' e ''saveRDS'') tem como padrão a compressão dos objetos antes de salvá-los para economizar espaço em disco. Veja o argumento ''compress'' no ''help'' destas funções.
 ==== Aprenda este Procedimento para Organizar Seu Trabalho ====
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 Ao contrário do que você pode estar acostumado(a), não é uma boa idéia manter vários arquivos com diferentes versões dos dados ou análises em um mesmo diretório. Os usuários de R em geral mantém o padrão da linguagem, de um único arquivo //default// por análise, o ''.RData'', criando quantos diretórios forem necessários para organizar o trabalho.
 ===== Gerenciando a Área de Trabalho =====
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 A função ''ls'' possui argumentos que podem refinar seus resultados, consulte a ajuda para os detalhes.
@@ Linha 342: / Linha 348: @@
 </code>
-Consulte a ajuda da função ''rm'' para seus argumentos.
+Consulte a ajuda da função ''rm'' para seus argumentos. A função ''rm'' funciona da mesma forma e serve de atalhado para a função ''remove''.
 ----
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 ===== Como Conseguir Ajuda no R =====
-No R é essencial aprender a procurar auxílio e manuais sozinho.  Após um aprendizado inicial, não há meio de evoluir no conhecimento
+No R é essencial aprender a procurar auxílio e manuais sozinho. Após um aprendizado inicial, não há meio de evoluir no conhecimento
-do ambiente R se não se buscar os **//helps//** que ele possui.
+do ambiente R se não buscar os **//helps//** que ele possui.
@@ Linha 391: / Linha 397: @@
 </code>
-Ao utilizar esses comandos (help e ?) o R abre uma página hipertexto no seu navegador, contendo as informações de ajuda para o tema solicitado (função ou operador).
+Ao utilizar esses comandos (''help'' e ''?'') o R abre uma página hipertexto no seu navegador, contendo as informações de ajuda para o tema solicitado (função ou operador).
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   * Um cabeçalho com o nome da função, o pacote do R à qual pertence, e a classe do documento de ajuda
   * O nome completo da função
+  * A descrição do que a função faz ou para que ela pode ser usada
   * A sintaxe da função, que pode estar especificada para diferentes tipos de dados ou métodos
   * A explicação de cada um dos argumentos da função
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 <code rsplus>
-mean                  package:base                  R Documentation
+mean {base}                                                     R Documentation
 Arithmetic Mean
@@ Linha 456: / Linha 463: @@
 Arguments:
-       x: An R object.  Currently there are methods for numeric data
+    x: An R object. Currently there are methods for numeric/logical vectors and
-          frames, numeric vectors and dates.  A complex vector is
+          date, date-time and time interval.  'Complex' vectors are
           allowed for 'trim = 0', only.
     trim: the fraction (0 to 0.5) of observations to be trimmed from
-          each end of 'x' before the mean is computed.
+          each end of 'x' before the mean 'is' computed.
    na.rm: a logical value indicating whether 'NA' values should be
@@ Linha 470: / Linha 477: @@
 Value:
-     For a data frame, a named vector with the appropriate method being
+     If 'trim' 'is' zero (the default), the arithmetic mean of the values
-     applied column by column.
+     in 'x' 'is' computed, 'as' a numeric or complex vector of length one.
+     If any argument 'is' not logical (coerced to numeric), numeric (including integer)
+     or complex, 'NA_real_' 'is' returned, with a warning.
-     If 'trim' is zero (the default), the arithmetic mean of the values
+     If 'trim' 'is' non-zero, a symmetrically trimmed mean 'is' computed
-     in 'x' is computed, as a numeric or complex vector of length one.
-     If any argument is not logical (coerced to numeric), integer,
-     numeric or complex, 'NA' is returned, with a warning.
-     If 'trim' is non-zero, a symmetrically trimmed mean is computed
      with a fraction of 'trim' observations deleted from each end
-     before the mean is computed.
+     before the mean 'is' computed.
 References:
-     Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) _The New S
+     Becker, R. A., Chambers, J. M. and Wilks, A. R. (1988) The New S
-     Language_. Wadsworth & Brooks/Cole.
+     Language. Wadsworth & Brooks/Cole.
 See Also:
-     'weighted.mean', 'mean.POSIXct'
+     'weighted.mean', 'mean.POSIXct', 'colMeans' for row and column means.
 Examples:
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      c(xm, mean(x, trim = 0.10))
-     mean(USArrests, trim = 0.2)
+ </code>
-</code>
@@ Linha 513: / Linha 516: @@
 <code rsplus>
 > help.start()
-Making links in per-session dir ...
+If nothing happens, you should open
-If 'sensible-browser' is already running, it is *not* restarted, and
+‘http://127.0.0.1:18224/doc/html/index.html’ yourself
-    you must switch to its window.
-Otherwise, be patient ...
 >
 </code>
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 Outro comando muito útil é o ''apropos''.  Ele possibilita sabermos quais funções do R tem no nome uma certa palavra (//string//):
 <code rsplus>
-> apropos(plot)
+> apropos("plot")
  [1] "biplot"              "interaction.plot"    "lag.plot"
  [4] "monthplot"           "plot.density"        "plot.ecdf"
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 [37] "sunflowerplot"       "boxplot.stats"       ".__C__recordedplot"
 </code>
+O string resultante do comando acima depende da versão do R instalada em seu computador.
 Para pesquisas mais complexas e refinadas há ainda a função ''help.search()''. Por exemplo, para pesquisar funções que tenham a palavra "skew"no título:
@@ Linha 557: / Linha 560: @@
 > help.search(field="title","skew")
-Help files with title matching 'skew' using regular expression
+Help pages:
-matching:
-skewnormal1(VGAM)       Univariate Skew-Normal Distribution Family
-                        Function
-snorm(VGAM)             Skew-Normal Distribution
-k3.linear(boot)         Linear Skewness Estimate
+VGAM::skewnorm		Skew-Normal Distribution
+VGAM::skewnormal	Univariate Skew-Normal Distribution Family Function
-Type 'help(FOO, package = PKG)' to inspect entry 'FOO(PKG) TITLE'.
 </code>
@@ Linha 586: / Linha 581: @@
 [1] 8.75 5.50
-mean> mean(USArrests, trim = 0.2)
-  Murder  Assault UrbanPop     notGood
-.42   167.60    66.20    20.16
 </code>
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 Argumentos com valores atribuídos são os valores //default// da função. Por exemplo, por //default// a função de teste de Qui-quadrado estima a significância pela distribuição de Qui-quadrado e não por randomização (argumento ''simulate.p.value=FALSE'').
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   - Execute o R, usando o diretório de trabalho criado no exercício anterior.
   - Use a função ''load'' para carregar o arquivo {{ :dados:bichos.Rdata |}} no //workspace//.
-  - Consulte a ajuda da funções ''rm'' e ''ls'' para descobrir como apagar apenas os objetos cujos nomes começam com "temp".
+  - Consulte a ajuda das funções ''rm'' e ''ls'' para descobrir como apagar apenas os objetos cujos nomes começam com "temp".
 </box>
-===== Pacotes =====
-Pacotes são conjuntos de funcionalidades (funções e dados) distribuídos em conjunto para realizar tarefas específicas. Por exemplo, o pacote **vegan** carrega na sua área de trabalho (deixa disponível para uso) um conjunto de ferramentas para análises de dados de ecologia de comunidades. Para usar os pacotes disponíveis no R
-((" Currently, the CRAN package repository features 14270 available packages." --- //[[aleadalardo@gmail.com|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2019/05/22 14:14//
-"Currently, the CRAN package repository features 5217 available packages."  --- //[[aleadalardo@gmail.com|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2014/02/17 14:31//))
-é necessário entender as diferenças entre **baixar** (download) o pacote do repositório e **carregar** em sua área de trabalho.
+===== Pacotes =====
-Para baixar algum pacote disponível no repositório CRAN do R é necessário utilizar o comando //install.packages()// com o nome do pacote entre "" dentro do parenteses(( a princípio todas as palavras que escrevemos sem aspas no R ele busca como sendo objetos presentes em nossa área de trabalho ou pacotes carregados ou instalados)).
+Pacotes são conjuntos de funcionalidades (funções e dados) distribuídos em conjunto para realizar tarefas específicas. Por exemplo, o pacote **vegan** carrega na sua área de trabalho (deixa disponível para uso) um conjunto de ferramentas para análises de dados de ecologia de comunidades. Para usar os pacotes disponíveis no R
+((" Currently, the CRAN package repository features 14270 available packages." --- //[[aleadalardo@gmail.com|Alexandre Adalardo de Oliveira]] 2019/05/22 14:14//)) é necessário entender as diferenças entre **baixar** (download) o pacote do repositório e **carregar** em sua área de trabalho.
+Para baixar algum pacote disponível no repositório CRAN do R é necessário utilizar o comando ''install.packages'' com o nome do pacote entre "" dentro do parênteses(( a princípio todas as palavras que escrevemos sem aspas no R ele busca como sendo objetos presentes em nossa área de trabalho ou pacotes carregados ou instalados)).
 <code rsplus>
 install.packages("vegan")
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-Podemos imaginar a nossa sessão do R como uma bancada de trabalho em uma oficina, cercada por vários armários que contém as ferramentas que precisamos para realizar uma tarefa. Dependendo da tarefa que vamos realizar (arrumar uma moto, construir uma cadeira...) abrimos os armários que contem as ferramentas necessárias à tarefa desejada e apenas esses (função //library()//). Caso não tenhamos as ferramentas necessárias para uma tarefa específica (consertar um relógio), precisamos ir na loja de ferramentas (repositório) e comprar  conjunto de ferramentas de relojoeiro (função // install.packates("watch")// que vem em um armário que colocamos ao lado dos outros em nossa oficina.
+Podemos imaginar a nossa sessão do R como uma bancada de trabalho em uma oficina, cercada por vários armários que contém as ferramentas que precisamos para realizar uma tarefa. Dependendo da tarefa que vamos realizar (arrumar uma moto, construir uma cadeira...) abrimos os armários que contem as ferramentas necessárias à tarefa desejada. Por exemplo, caso não tenhamos as ferramentas necessárias para uma tarefa específica (p.ex. consertar um relógio), precisamos ir na loja de ferramentas (repositório) e comprar  conjunto de ferramentas de relojoeiro (função ''install.packages'') que ficará em um 'armário' ao lado dos outros em nossa oficina e que devemos abrir esse armário a cada vez que iremos usar (função ''library'').
+Existe uma outra função para carregar pacotes no R chamada ''require''. A diferença entre elas é sutil, mas dê preferência ao uso da função ''library'' para saber logo se o pacote que você pretende carregar já está instalado ou não.
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 O comando sem os parênteses é na verdade o **nome do comando**.  Sendo o R um software de código aberto, toda vez que se digita o
 nome de um comando, ele **não executa** o comando mas **mostra o conteúdo** do comando (o código).
-===== Primeiros Passos  =====
-Siga para o tópico [[03_apostila:02-entrada]] da apostila e faça as atividades ali descritas.
 ===== Atividade Extra =====
@@ Linha 698: / Linha 693: @@
 Para se acostumar com a linguagem, siga as instruções deste [[http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-intro.html#A-sample-session|tutorial]], que está na ([[http://www.r-project.org|página oficial do R]]):
 </box>
 ===== Referências =====

ecoR

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