Apresentação

“Uma das coisas mais importantes que você pode fazer é dedicar um tempo para aprender uma linguagem de programação de verdade. Aprender a programar é como aprender outro idioma: exige tempo e treinamento, e não há resultados práticos imediatos. Mas se você supera essa primeira subida íngreme da curva de aprendizado, os ganhos como cientista são enormes. Programar não vai apenas livrar você da camisa de força dos pacotes estatísticos, mas também irá aguçar suas habilidades analíticas e ampliar os horizontes de modelagem ecológica e estatística.” Tradução um tanto livre de Gotelli & Ellison, 2004. A Primer of Ecological Statistics. Sunderland, Sinauer.

"A chave para entender o R é que trata-se de uma linguagem. Uma linguagem para manipular objetos."

Bill Venables

"A pergunta certa sobre uma análise em R não é se é possível fazê-la, e sim como fazê-la."

Paulo Justiniano Ribeiro

"Tudo que ensinas a uma criança, impede-a de descobrir."

Jean Piaget

BEM VINDO(A)

Este é o sítio wiki do nosso curso de introdução à Linguagem R ministrado na graduação em Biologia e Pós-Graduandos em Ecologia e áreas afins. Esse wiki é produzido, mantido e gerenciado pelo prof. Alexandre Adalardo de Oliveira. Parte do material aqui apresentado é baseado na documentação originalmente produzida pelos professores João Luis Ferreira Batista (ESALQ/USP) e Paulo Inácio K. L. Prado (IBUSP) e atualizada constantemente pelo grupo de professores e monitores associados à disciplina. A maior parte dos tutoriais e exercícios são de autoria de Alexandre Adalardo de Oliveira e de muitos colaboradores que auxiliam no curso ao longo dos anos.

Este curso é oferecido regularmente em diferentes unidades da USP e também em outras Universidades. Para informações sobre as próximas edições ou para levar o curso a sua instituição entre em contato pelo e-mail aleRcurso@gmail.com.

Aqui você encontra as páginas das últimas edições do curso, e material de apoio para estudo.

Objetivos

O curso foi criado e é mantido por um grupo de professores que compartilham o entusiasmo pelo ambiente R , por propiciar um uso mais crítico da estatística na pesquisa científica.

O objetivo amplo deste grupo é divulgar o ambiente R para estudantes da ecologia e áreas afins, como maneira de fomentar este uso crítico.

O foco do curso é a introdução à estrutura e uso da linguagem. É inevitável abordar alguns conceitos estatísticos, mas este é um curso do uso da linguagem R , e não sobre estatística, considerada básica para pós-graduandos da área.

Objetivos Específicos

Demonstrar o potencial de uso da linguagem R para análises estatísticas em projetos de pesquisa.

Propiciar aos alunos o entendimento do funcionamento do ambiente de trabalho do R e de sua filosofia de análise de dados.

Tornar os alunos proficientes em algumas ferramentas básicas de análise estatística com a linguagem R.

Responsáveis

Alexandre Adalardo de Oliveira

Laboratório de Ecologia de Florestas Tropicais, Dep. de Ecologia, Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

email = paste(“adalardo”, “usp.br”,sep=“@”)

Renato Augusto Ferreira de Lima

Laboratório de Ecologia e Restauração Florestal, Dep. de Ciências Biológicas, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz da Universidade de São Paulo.

email = paste(“raflima”, “usp.br”,sep=“@”)

João Luís Ferreira Batista

Centro de Métodos Quantitativos, Dep. de Ciências Florestais, Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz da Universidade de São Paulo.

email = paste(“parsival”, “usp.br”, sep=“@”)

Paulo Inácio K. L. Prado

Laboratório de Ecologia Teórica, Dep. de Ecologia, Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

email = paste(“prado”, “ib.usp.br”, sep=“@”)

Rodrigo Augusto Santinelo Pereira

Laboratório de Biologia Reprodutiva de Ficus, Dep. de Biologia, Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo.

email = paste(“raspereira”,“yahoo.com.br”,sep=“@”)

Conteúdo

Os tópicos básicos do curso estão listados abaixo. Os temas são trabalhados em aulas teóricas presenciais ou por vídeo-aulas, em tutoriais e através de exercícios. Além disso, há uma apostila online para consulta sobre cada um dos temas.

Os links de cada tópico do conteúdo levam à nossa apostila on-line:

1. Introdução: histórico e filosofia de trabalho do R, breve histórico da linguagem S e do R, exemplo de uma sessão de trabalho no R. 2. Primeiros passos: interação com programa, sintaxe e comandos, como obter ajuda. 3. Funções no R e sua Aplicação: funções matemáticas, funções estatísticas e operações lógicas. 4. Leitura e Manipulação de Dados: tipos de variáveis e de estrutura dos dados, entrada e importação de dados, transformações de dados, operações vetoriais e matriciais, indexação. 5. Análise Exploratória de Dados: estatísticas descritivas, gráficos exploratórios. 6. Modelos Lineares: lógica geral em R, regressão linear, análise de variância, verificação das pressuposições dos modelos lineares. 7. Noções de Programação: fundamentos de programação orientada a objetos; lógica e controle de fluxo em linguagem S; procedimentos vetoriais de programação. 8. Simulação e Reamostragem: funções ligadas às distribuições de probabilidade, simulação de distribuições, reamostragem de dados.

Matrícula

A matrícula tem duas etapas:

Inscrição, que é feita pelos alunos na Secretaria de Pós-Graduação do IB.

Deferimento pelos professores, que examinam as inscrições e deferem os pedidos de matrícula até atingir o número de vagas. Tem prioridade alunos da pós-graduação em Ecologia do IBUSP e ESALQ, seguidos de alunos de outros cursos de pós-graduação do IBUSP e ESALQ, pós-graduação externa a essas duas unidades e outros interessados. O deferimento é comunicado pelo Sistema Janus.

Como fazer

Instruções para Matrícula especial

Calendário

Quem pode fazer

Alunos(as) de pós-graduação na USP: matrícula regular, que tem datas e procedimentos diferentes para veteranos e ingressantes, veja instruções e calendário.

Interessados: devem solicitar matrícula como aluno especial. A sequência de prioridade para deferimento da solicitação de matrícula é: pós-graduandos de outras instituições públicas, alunos de graduação da USP e outros.

Ouvintes: devido à restrição de espaço em sala de aula não são aceitos alunos ouvintes, apenas alunos regularmente matriculados.

ATENÇÃO Para matrícula regular ou especial não é preciso anuência prévia dos professores. Faça sua pré-matrícula conforme as instruções indicadas e aguarde a resposta no período de deferimento.

Avaliação

Para saber sobre os critérios de avaliação e notas finais veja essa página