Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências e pelo programa de Pós-Graduação em Recursos Florestais da ESALQ, ambos da Universidade de São Paulo.

A partir do ano de 2023, o curso é oferecido simultaneamente pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia do IBUSP e no Programa de Recursos Florestais da ESALQ. Em cada um desses programas, teremos uma equipe trabalhando presencialmente com os alunos. O curso é baseado em 11 tópicos, para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

Disciplina oferecida pelos Programas de Pós-Graduação em Ecologia (IB) e Recursos Florestais (ESALQ), ambos da Universidade de São Paulo.

• Alexandre Adalardo de Oliveira, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais LABTROP - IBUSP (adalardo@usp.br)
• Ana Paula Aprigio Assis, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva (paulaaprigio@usp.br).
• Renato A. Ferreira de Lima, Laboratório de Ecologia e Restauração Florestal LERF - ESALQ (raflima@usp.br).

• Paulo Inácio K. L. Prado, Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP (prado@ib.usp.br)
• João Paulo dos Santos Vieira de Alencar joaopaulo.valencar@usp.br - Pós-doutorando do Laboratório de Ecologia, Evolução e Conservação de Vertebrados da Ecologia - IBUSP.
• Melina Leite melina.leite@ib.usp.br - IBUSP Ecologia

• Andre Chalom
• Mali Salles

• Jennifer Prestes Auler jennifer.auler@usp.br
• Joyce Fernandes Ferreira joyce.fernandes.ferreira@usp.br
• Larissa Lotti lari.lotti@usp.br
• Luisa Truffi truffi.luisa@gmail.com,
• Marcel Zimmermann marcel.amaral@usp.br
• Matheus Batista dos Santos Pepe matheus.pepe@usp.br
• Rafael Melhem rafael.melhem@usp.br
• Marianela Pini marianelapini@usp.br,

• Amanda Campos amandabrtcampos@gmail.com,
• Natália Targhetta natalia.targhetta@usp.br,
• Bruna de França Gomes brugomes@ib.usp.br,
• Mariella Butti mbutti@usp.br,
• Sebastián Montoya sebastian.montoya@usp.br,
• Victor Sibinelli victor.sibinelli@usp.br,

• Aulas presenciais: IBUSP (Sala Multimídia 1 do Centro Didático¹⁾) e ESALQ (Sala de Treinamento da SIESALQ)

* Aulas e atendimento remoto: wiki e Fórum discoRd da disciplina

• Faça as Atividades Preparatórias obrigatórias antes do primeiro dia de aula.
• A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios com o apoio dos monitores presencialmente.
• Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos remotamente pelo Fórum discoRd.

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS³⁾, que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

NOTA: Selecionamos aqui alguns manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries” O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

Alex Douglas, Deon Roos, Francesca Mancini, Ana Couto and David Lusseau An Introduction to R. Apostila introdutória com alguns outros assuntos além o R, como versionamento via git.

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

• Beginner's guide to R - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online ComputerWorld. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
• Advanced R. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do público alvo, pelo autor: “The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language.”

• swiRl: pacote com curso interativo no próprio console do R.
• Taskviews: são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN⁴⁾. Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
• The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
• Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).
• Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
• The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.