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Curso IBUSP - 2025

  • Veja as informações sobre a matrícula antes de consultar os professores.
  • Em 2025, o curso será oferecido no período de 05 de agosto a 25 de novembro. As aulas presenciais acontecerão nas terças-feiras das 9:00 às 17:00h.
  • O curso não terá atividades durante o recesso da semana da pátria (01 a 07 de setembro) e da Semana Temática da Biologia (06 a 10 de outubro).

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências e pelo programa de Pós-Graduação em Recursos Florestais da ESALQ, ambos da Universidade de São Paulo.

Estrutura do curso

O curso é baseado em 11 tópicos, para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

  • 1. Aula introdutória: encontro com aula expositiva ao vivo introduzindo o tópico ou parte dele. Para a unidade que não terá a aula presencial, ela será transmitida online via uma sala do Google Meet ou pelo canal do youtube como live.
  • 2. Tutorial: roteiro autoexplicativo com atividades associadas ao tema, acompanhado de videoaulas de 30'. Essa atividade será assistida pelos monitores e professores em um esquema de revezamento, tanto pelo Fórum discoRd no moodle do e-disciplinas como presencialmente em cada unidade.
  • 3. Apostila online: material complementar ao tópico que deve ser lido e exercitado. Fazer as atividades da apostila ajuda muito na fixação e complementação da linguagem.
  • 4. Exercícios: exercícios que serão submetidos à plataforma notaR, um sistema de correção automática de exercícios e gerenciamento de notas, criado especialmente para esta disciplina.
  • 5. Fechamento do tópico : atividade de duração de cerca de uma hora e meia, mediada pela equipe da disciplina, para tirar dúvidas gerais e fazer um fechamento do tema tratado.

Matricula Veja informações em: matrícula.

Informações Gerais

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia e graduação em Biologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

Professores Responsáveis

Professores Colaboradores

  • Paulo Inácio K. L. Prado, Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP (prado@ib.usp.br)
  • João Paulo dos Santos Vieira de Alencar, Pós-doutorando da Universidade Federal do ABC (joaopaulo.valencar@gmail.com)

Coordenação notaR

Monitores

Locais das aulas

  • Aulas presenciais: IBUSP (Sala Multimídia 1 do Centro Didático1))
  • Aulas e atendimento remoto: wiki e Fórum discoRd da disciplina

Avaliação

Nota Final

* 80% nota = média dos exercícios de tópicos2)

* 20% nota = média da lista final de exercícios

Cálculo da nota dos exercícios de tópicos

  • Média final:
    • exclui o tópico com menor nota
    • média ponderada dos tópicos restantes
| Cálculo da nota final
 
notaFinal <- 0.8 * sum(notaTopicos[- which.min(notaTopicos)]) + 0.2 * notaLista
2020/08/12 06:11

Programação

Agosto 2025
Data Período Local Assunto Instrutor(es)
05/08 9:00-12:00 Presencial Introdução ao curso Alexandre
05/08 14:00-17:00 Presencial Bases da linguagem R Alexandre
12/08 9:00-12:00 Presencial Ambiente de Programação Alexandre
12/08 14:00-17:00 Presencial Ambiente Programação R Alexandre
19/08 9:00-12:00 Presencial Aula: Funções Matemáticas Alexandre
19/08 14:00-17:00 Presencial Tutorial de Funções Matemáticas Equipe
26/08 09:00-12:00 Presencial Aula Leitura e Manipulação de Dados Alexandre
26/08 14:00-17:00 Presencial Tutorial Leitura e Manipulação de Dados Equipe
Setembro 2025
Data Período Local Assunto Instrutor(es)
02/09 09:00-17:00 Descansem Semana da Pátria Todxs
09/09 09:00-10:30 Presencial Análise Exploratória de Dados (AED) Alexandre
09/09 14:00-17:00 Presencial Tutorial AED Equipe
16/09 09:00-12:00 Presencial Aula Gráficos I Alexandre
16/09 14:00-17:00Presencial Tutorial de Gráficos I Equipe
23/09 09:00-12:00 Presencial Aula Gráficos II Alexandre
23/09 14:00-17:00 Presencial Tutorial Gráficos II Equipe
30/09 09:00-17:00 Presencial Fechamento Gráficos Equipe
Outubro 2025
Data Período Local Assunto Instrutor(es)
07/10 09:00-12:00 Não haverá aula Semana Temática da Biologia
14/10 09:00-12:00Presencial Aula e tutorial teste de Significância I Professores e Equipe
14/10 14:00-17:00 Presencial Aula e Tutorial teste de Significância II Professores e Equipe
21/10 09:00-12:00Presencial Aula de Modelos Lineares Alexandre
21/10 14:00-17:00 Presencial Tutorial de Modelos Lineares Equipe
28/10 09:00-12:00Presencial Aula Reamostragem Alexandre
28/10 14:00-17:00 Presencial Tutorial Reamostragem Equipe
Novembro 2025
Data Período Local Assunto Instrutor(es)
04/11 9:00-12:00 Presencial Aula Funções Alexandre
04/11 14:00-17:00Presencial Tutorial Funções Equipe
11/11 9:00-12:00 Presencial Aula Funções (continuação) Alexandre
13/11 14:00-17:00Presencial Tutorial/Exercícios Funções Equipe
18/11 9:00-10:30 Presencial Aula Edição de texto Renato
18/11 10:30-12:00 Presencial Tutorial Edição de texto Equipe
18/11 14:00-16:00 Presencial Aula Organização de diretórios Renato
18/11 16:00-17:00 Presencial e Fórum Tutorial Organização de diretórios Equipe
25/11 09:00-17:00 Presencial Lista de Exercícios Finais (obrigatórios) Atendimento pela Equipe

Bibliografia Básica

A quantidade de material disponível sobre programação em R é muito extensa. Aqui apresentamos uma compilação da documentação oficial que consideramos mais importante e algumas fontes que avaliamos ser mais interessante.

Para os que acompanham cursos online, indicamos o curso de programação em R no Coursera oferecido pela Johns Hopkins University.

Livros

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS3), que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

Documentação On Line

NOTA: Selecionamos aqui alguns manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

Alex Douglas, Deon Roos, Francesca Mancini, Ana Couto and David Lusseau An Introduction to R. Apostila introdutória com alguns outros assuntos além o R, como versionamento via git.

Veja também

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

  • Beginner's guide to R - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online ComputerWorld. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
  • Advanced R. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do público alvo, pelo autor: “The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language.”

Outros Recursos

  • swiRl: pacote com curso interativo no próprio console do R.
  • Taskviews: são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN4). Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
  • The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
  • Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).
  • Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
  • The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.
1)
fique atento ao cronograma pode haver alteração de salas
2)
veja cálculo no quadro abaixo
3)
este e os demais pacotes citados aqui estão disponíveis no CRAN
4)
Comprehensive R Archive Network, repositório oficial dos programas e pacotes do R
01_curso_atual/start.txt · Última modificação: 2025/06/25 19:21 (edição externa)