Curso IBUSP - 2025

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação e material sobre a disciplina oferecida pela programa de Pós-Graduação em Ecologia do Instituto de Biociências e pelo programa de Pós-Graduação em Recursos Florestais da ESALQ, ambos da Universidade de São Paulo.

O curso é baseado em 11 tópicos, para cada um dos tópicos do curso, iremos ter as seguinte sequência de atividades:

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia e graduação em Biologia do Instituto de Biociências da Universidade de São Paulo.

• Alexandre Adalardo de Oliveira, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais LABTROP - IBUSP (adalardo@usp.br)
• Ana Paula Aprigio Assis, Departamento de Genética e Biologia Evolutiva (paulaaprigio@usp.br).

• Paulo Inácio K. L. Prado, Laboratório de Ecologia Teórica -IBUSP (prado@ib.usp.br)
• João Paulo dos Santos Vieira de Alencar, Pós-doutorando da Universidade Federal do ABC (joaopaulo.valencar@gmail.com)

• Andre Chalom
• Mali Salles malicsalles@gmail.com

• Luciana de Oliveira Furtado lucianafurtado@usp.br,
• Luisa Truffi de Oliveira Costa luisa.truffi.costa@usp.br,
• Mariella Butti de Freitas Guilherme mbutti@usp.br,
• Wellen Cristina Alves Bezerra wellen@ib.usp.br,

• Aulas presenciais: IBUSP (Sala Multimídia 1 do Centro Didático¹⁾)
• Aulas e atendimento remoto: wiki e Fórum discoRd da disciplina

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS³⁾, que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

NOTA: Selecionamos aqui alguns manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries” O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

Alex Douglas, Deon Roos, Francesca Mancini, Ana Couto and David Lusseau An Introduction to R. Apostila introdutória com alguns outros assuntos além o R, como versionamento via git.

Duas dicas do monitor Vitor Rios:

• Beginner's guide to R - uma breve introdução sobre a linguagem publicada na revista online ComputerWorld. Um guia compacto sobre tópicos básicos.
• Advanced R. Compilação online do livro de mesmo nome de autoria de Hadley Wickham. Descrição do público alvo, pelo autor: “The book is designed primarily for R users who want to improve their programming skills and understanding of the language.”

• swiRl: pacote com curso interativo no próprio console do R.
• Taskviews: são listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN⁴⁾. Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
• The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
• Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).
• Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
• The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.