Curso 2011

Bem vindo(a). Aqui você encontrará a programação de nossa disciplina, ministrada em março de 2010 no Instituto de Biocências da USP, e outras informações importantes. Além disto, há algumas atividades prévias a cumprir antes do início das aulas.

Disciplina oferecida pelo Programa de Pós-Graduação em Ecologia da Universidade de São Paulo

• Paulo Inácio K. L. Prado, Grupo de Ecologia Teórica-IB (prado@ib.usp.br)
• Alexandre Adalardo de Oliveira, Lab. Ecologia de Florestas Tropicais LABTROP - IBUSP (adalardo@usp.br)

• Camila Mandai - PG Ecologia, IB-USP
• Daniela Zanelato - PG Ecologia, IB-USP
• Daniel Caetano - PG Ecologia, IB-USP
• Fábio Machado - PG Zoologia, MZUSP
• Gabriel Frey - PG Ecologia, IB-USP
• Leandro Tambosi - PG Ecologia, IB-USP

• Disciplina condensada, 21 de março a 08 de abril de 2011
• Aulas teóricas segunda quartas e sextas pelas manhãs, das 8:30-12:30 .
• Laboratório de informática: tutorial das 14:00-15:30, exercícios das 16:00-18:00

As aulas ocorrerão em diferentes salas do Instituto de Biociências da USP, esteja atento(a) ao programa abaixo.

O Laboratório Multimídia fica no centro didático (prédio da biblioteca) andar térreo.

Os AGs (Auditórios Gerais) ficam nos respectivos prédios departamentais da Botânica e Zoologia.

Os Auditórios 1 e 2 ficam no primeiro andar do Centro Didático.

• No primeiro dia de aula os alunos devem executar as Atividades Preparatórias.
• A disciplina consiste de aulas teóricas às segundas, quartas e sextas, seguidas de tutoriais e exercícios monitorados (plantões).
• Espera-se que as terças e quintas estejam reservadas para estudo. Nesses dias os professores e monitores acompanham as dúvidas dos alunos pelo Forum disciplina R

William N. Venables and Brian D. Ripley. Modern Applied Statistics with S. Fourth Edition. Springer, New York, 2002. Conhecido na comunidade R como “The Book”, é a referência básica do usuário, mas é preciso alguma experiência para aproveitá-lo bem. Seu pacote companheiro é o MASS¹⁾, que faz parte da instalação básica do R. Visite o site do livro para atualizações, exercícios e muito mais.

John Fox. An R and S-Plus Companion to Applied Regression. Sage Publications, Thousand Oaks, CA, USA, 2002. Excelente livro sobre regressão linear, e uma ótima introdução à construção de modelos no R. O pacote companheiro, car, tem ótimas funções para diagnóstico de regressões. Visite também o site do livro.

John Verzani. Using R for Introductory Statistics. Chapman & Hall/CRC, Boca Raton, FL, 2005. Derivado de manual disponível gratuitamente no site do autor, esta é uma das melhores introduções à linguagem para principiantes. Muito didático e com ótimos exercícios. Veja também o site do livro, e o pacote usingR.

Crawley, M. J. The R Book. Wiley, New York, 2007. Um livro muito completo e feito por um ecólogo, para ensinar estatística e a linguagem. Referência obrigatória para pessoas da área de biologia, principalmente de ecologia. Veja também o site do livro.

NOTA: Selecionamos aqui três manuais on-line que nos parecem boas introduções. Há muito mais na seção Contributed Documentation do site do R.

Venables, W.; Smith, D.M; & R Development Team An Introduction to R. Manual online. Manual oficial de introdução ao R.

Carlos Alzola and Frank E. Harrell An Introduction to S and the Hmisc and Design Libraries” O Pacote Hmisc veio do S-Plus, e tem várias funções muito úteis para manipulação e análise exploratória de dados. O manual é extenso e é uma referência muito completa sobre a linguagem S.

Petra Kuhnert and Bill Venables An Introduction to R: Software for Statistical Modelling & Computing. Apostila de 360 páginas de curso de Introdução ao R, além dos scripts de aula e conjuntos de dados.

• Taskviews: São listas comentadas dos pacotes do R para uma certa área ou tema, mantidas no CRAN²⁾. Para nossa área, p.ex, há os views Environmetrics, Multivariate, Genetics, Spatial. Todo espelho de CRAN mantém uma cópia dos taskviews. Para o espelho da FMV-USP o link é http://www.vps.fmvz.usp.br/CRAN/web/views/.
• CRANTASTIC!: Excelente sítio com resumos de todos os pacotes do CRAN³⁾. Tem recursos para buscas de pacotes e funções por assuntos, resumos de cada pacote, avaliações de pacotes e muito mais. Juntamente com as taskviews, é o recurso básico para encontrar o pacote que você busca no R.
• The R Journal: periódico mantido pelo R Project, onde são publicados artigos sobre novos pacotes, dicas para programadores e usuários, e uso do R nas mais variadas aplicações estatísticas.
• Journal of Statistical Software: tem sido o principal veículo sobre análises e novos pacotes no R. Muitos dos principais pacotes usados em ecologia e biologia têm artigos com exemplos de aplicação neste periódico. Há fascículos especiais, incluindo um sobre uso do R em ecologia, e outro sobre análises de redes (com ênfase para dados de ciências sociais).
• Quick R, de Rob Kabakoff: um guia rápido on line muito bem organizado e fácil de consultar. Foi criado para facilitar a migração de usuários de outros pacotes, mas é um recurso de consulta rápida útil para todos.
• The R Wikibook: manual muito completo na coleção de Wiki Books.