sample.check               package:unknown                R Documentation

CHECAGEM DE PARÂMETROS DE AMOSTRAS DE DNA COM CÁLCULO DE VOLUME DE ALICOTAS.

Description:

	Função para conferir os valores das razões OD260/OD280 e OD260/OD230, além de valores de concentração. Diversos protocolos para manuseio de amostras de DNA apresentam etapas de conferência de grau de pureza e grau de concentração de amostras para a execução de genotipagem e amplificação. A configuração dos valores de referência podem ser alterados pelo usuário, bem como podem ser utilizados os valores default largamente utilizados. Esta função checa os parâmetros e calcula os valores de amostra e de buffer para preparação de alicotas de amostras de DNA.

Usage:

     sample.check(file, RAZ1MIN, RAZ1MAX, RAZ2, CONC, VOL)

Arguments:

	file: arquivo de entrada de classe data.frame com os nomes das amostras, valores de razões OD260/OD280 e               OD260/OD230 e valor de concentração, informações obtidas através de equipamentos quantificadores de DNA.
	
	RAZ1MIN: valor mínimo aceitável pelo range da razão OD260/OD280. Quando não apresentado, o valor default será 1.8.
	
	RAZ1MAX: valor máximo aceitável pelo range da razão OD260/OD280. Quando não apresentado, o valor default será 2.0.

	RAZ2: valor mínimo aceitável pelo range da razão OD260/OD230. Quando não apresentado, o valor default será 2.0.

	CONC: valor mínimo de concentração da amostra. Quando não apresentado, o valor default será 15 ng/uL.

	VOL: valor final da alícota da amostra conferida. Quando não apresentado, o valor default será 55 uL.

Details:

     	O arquivo de input file requerido precisa ser apresentado seguindo um padrão. O arquivo pode ser construído usando 	programas de texto comuns ou programas de manuseio de tabelas, contanto que:
	- Não apresente cabeçalho.
	- Traga dados de cada amostras por linha.
	- Na primeira coluna contenha os nomes das amostras.
	- Na segunda coluna apresente a razão OD260/OD280.
	- Na terceira coluna apresente a razão OD260/OD230.
	- Na quarta e última coluna apresente a concentração.
	- Não apresente células vazias ou dados faltantes.
	- Use "." como separador de unidades decimais.

        - É recomendado usar a função read.table para "chamar" o arquivo de input, usando os argumentos:
          dec = ".", sep = "", header = F, stringsAsFactors = F.
         
        -Exemplo: 
          
          file <-  read.table("teste.txt", dec = ".", sep = "", header = F, stringsAsFactors = F)

*Consulte e abra o arquivo "exemple" no final da pagina do help em caso de dúvidas. 
	

Value:

   	Arquivo data.frame contendo, em ordem:
	- Coluna com nome das amostras
	- Coluna com status de checagem da razão OD260/OD280.
	- Coluna com status de checagem da razão OD260/OD230.
	- Coluna com status da checagem da concentração.

	Em caso de amostra adequada os 3 parâmetros, ainda apresenta:
	- Coluna com volume de amostra a ser separado para alícota.
	- Coluna com volume de buffer a ser adicionado a alícota da amostra.

Warning:

     	Se houver montagem incorreta do arquivo de input "FILE" serão apresentados warnings com parada de execução da função.	
	- Warning com parada quando o arquivo de entrada não é classe data.frame.
	- Warning com parada quando o arquivo de entrada não apresenta número de colunas adequado.
	- Warning com parada quando o arquivo de entrada apresenta "NA".
	- Warning com parada quando o arquivo de entrada apresenta caracteres entre a coluna 2 até a 4 do input.

Author(s):

     Vinícius Magalhães Borges
	e-mail: vinyborges@usp.br
	(71) 99138-301

References:
      
     -260/280 and 260/230 Ratios. Disponível em: <http://www.nhm.ac.uk/content/dam/nhmwww/our-science/dpts-facilities-           staff/Coreresearchlabs/nanodrop.pdf>. Acessado em: 23 de Maio de 2018.
     -Affymetrix. Affymetrix Service Guide Axiom Human. Affymetrix, v.1.1.
     -Assessment of Nucleic Acid Purity. Disponível em: <https://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/TN52646-E-      0215M-NucleicAcid.pdf>. Acessado em: 22 de Maio de 2018.	
     -Interpretation-of-Nucleic-Acid-260-280 ratios. Disponível em: <https://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/       T123-NanoDrop-Lite-Interpretation-of-Nucleic-Acid-260-280-Ratios.pdf>. Acessado em: 22 de Maio de 2018.

See Also:
        
        Arquivo de exemplo no final da página do help.


Examples:

	sample.check(file = file)
	sample.check(file = file, CONC = 12, VOL = 55)
	sample.check(file = file, RAZ1MIN = 1.5, RAZ1MAX = 2.5, RAZ2 = 3)
	sample.check(file = file, RAZ1MIN = 1.5, RAZ1MAX = 2.5, RAZ2 = 3, CONC = 20, VOL = 50)

Arquivo de input: EXEMPLE

— Vinicius Magalhães Borges 2018/05/27 13:32