mendel                package:unknown                          R Documentation

Simulação de cruzamentos com proporções Mendelianas

Description: 
Função para obter cruzamentos com proporções mendelianas básicas para 1 ou 2 loci, podendo ser proporções teóricas esperadas, 
ou uma  simulação com N indivíduos. Para  cruzamentos teóricos, a função retorna duas matrizes, representando a gerção  F1 e F2, 
um gráfico de barras com as frequências genotípicas da F2 e um balloonplot, com as frequências fenotipicas da F2. Já a simulação, 
fornece os mesmos gráficos acima com proporções simuladas de escolha de gametas ao acaso e um data frame com dados do teste 
de qui-quadrado, para saber se a simulação feita é significativamente diferente das proporções mendelianas.

Usage:
mendel(loci, modelo, N)

Arguments:

loci: Número inteiro no intervalo de 1<=loci<=2 que indica o número de loci a ser usado.

modelo:Caráter que indica o modelo a ser usado na funcao: "t" para teórico e "s" para simulação.

N:Número inteiro maior que 0 que indica quantos indivíduos devem ser simulados.

Details:
Para execução dessa função, o pacote “gplots” será instalado automaticamente.
Os dois modelos usam argumentos em comum, porém para o modelo teórico deve ser fornecidos os argumentos loci e modelo, já para o modelo de simulação, deve ser fornecido todos os argumentos.

Value:
-Gráfico de barras com as proporções genotípicas da geração F2
-Balloonplot com as frequências fenotípicas da geração F2
- Duas matrizes com as proporções genotípicas, sendo uma da geração F1 e outra da geração F2
-Data-frame com um teste de Qui-Quadrado

Warning:
-Se algum dos argumentos for inserido incorretamente, a função não será executada.
-Para valores altos de  N, irá requerer alguns minutos para ser executada.
-Os cruzamentos da F1 são feitos com indivíduos homozigotos (AA e aa ou AABB e aabb) para observar as proporçẽs previstas.
-Os genótipos usados na simulação correspodem aos heterozigotos (Aa ou AaBb).

Author(s):
Camila Correia Avelino
camila.avbio@hotmail.com

References:
LEWONTIN, R. C.; GRIFFITHS, A. J. F.; CARROLL, S. B.; WESSLER, R.  Introdução à Genética, 10ª Ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2013. 


Examples:
##Modelo teorico
mendel(1,”t”)#Para 1 locus
mendel(2,"t”)#Para 2 loci
##Modelo simulação
mendel(1, “s”, 10)#Para 1 locus
mendel(2, “s”, 100)#Para 2 loci