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05_curso_antigo:r2014:alunos:trabalho_final:bruna.machado:start

Bruna Locardi

Mestre Biologia Vegetal pela Unesp-Rio Claro Dissertacao: Influência da variação sazonal da temperatura e umidade do solo na germinação de sementes de espécies do cerrado: Xylopia aromatica (Lam.) Mart. (Annonaceae), Banisteriopsis variabilis B. Gates (Malpighiaceae)e Vochysia tucanorum Mart. (Vochysiaceae) Orientada por Massanori Takaki em 2011

Atualmente associada ao Lab de Fisioecologia Eco/USP SP (Prof. Sergio Tadeu Meirelles) Na avaliacao da germinacao e efeito pos colheita de sementes de Aristida jubata e reproducao de gramineas e herbaceas de cerrado e campos de altitude e Ecofisiologia da germinacao e anatomia de sementes de Mimosa bimucronata exec1bruna.r execexercicio4_2345.rexeercicio5_1edgraf.rexercicio6_2e3.r

Proposta A T50 a partir de uma tabela de contagem de germinacao, para cada tratamento a funcao devera emitir resultados de porcentagem final de germinacao, tempo para que 50% das sementes germinem(T50), e tempo total. Os dados de entrada sao uma data.frame, com frequencia de contagem diaria podendo ser alterado de acordo com o acompanhamento de cada experimento, assim como a determinacao tempo para o acumulo de acordo com a porcentagem de especificada T50 (x, tx=50, freq=1), pode ser usado no acompanhamento de emergencia de plantulas, penas, folhas, dando ideia de tempo para metade da emissao ou ainda o calculo medio do tempo de emissao (t75-t25).

Proposta B DI - Dormancy Index Calculo da diferencia da area entre duas curvas cumulativas de germinacao/emergencia, a partir da tabela cumulativa de germinacao, modeladas por y=y0+(axb/(cb+xb)) where y is the cumulative germination percentage at time x (hours), y0 is the intercept on the y axis (≥ 0), a is the maximum cumulative germination percentage (≤ 100) b is controlling the shape and steepness of the curve c is the time required for 50% of viable seeds to germinate (t50) de acordo com El-Kassaby et al.(2008)

As duas propostas parecem viáveis e interessantes. Achei a proposta B um pouco mais desafiadora porque envolverá cálculo das integrais e outros um pouco mais complexos. Mas as duas estão bem dimensionadas para o trabalho final, portanto fique a vontade pra decidir qual realizar. —- Leonardo

t50 <- function(gc, p=50)
{
  if (is.na(gc[2,1])==TRUE)
{
  gc <-(gc[,-1]) # para remover a primeira coluna de tempo
  gcl <- gc[-1,] # para remover a coluna de nomes
  head(gcl)
  gcm <-matrix(0,nrow=(nrow(gcl)-1),ncol=ncol(gcl)+1) #criando a matriz que vai recebr o for
  for (i in 1:ncol(gcl))
  {
    gcm[,i]=t((cumsum(gcl[-1,i])/(as.numeric(gcl[1,i])))) ## soma cumulativa divido pelo numero de sementes de cada placa (primeira linha)
  }
  gcmdt <-as.data.frame (gcm)#transformando matriz em data.frame para rodar drm
  drm(gcmdt[,ncol(gcmdt)-1]~gcmdt[,ncol(gcmdt)], data=gcmdt, fct=LL.4())$coefficients
  Par <-matrix(0,nrow=ncol(gcmdt)-1,ncol=4,) #criando matriz para guardar os paramentros do dmr
  colnames(Par) <- c("Inclinacao","MInter", "Gmax", "t50") #renomeando parametros para ser mais didatico
  for (i in 1:ncol(gc))   # calculando os parametros e guardando na matriz
  {
    Par[i, ]=drm(gcmdt[,i]~gcmdt[,ncol(gcmdt)], data=gcmdt, fct=LL.4())$coefficients
  }
  tt <- rep(NA, nrow(Par)) #criando o vetor para guardar os desejosos t
  for (i in 1:nrow(Par))  #calculando os ts para cada experimento
  {
    tt[i] <- Par[i,4]*(((p)/(100-(p)))^(1/Par[i,1]))
  }
  germtt <- gcm[nrow(gcm),1:ncol(gcm)-1]*100 # calculando a germinacao total de cada experimento
  resulta <-matrix(ncol=3,nrow=length(tt)) # matriz de resultados
  colnames(resulta) =c("p", "Time to p", "FGerm %") #renomeando colunaas
  rownames(resulta) = gc[1,] # retornando os nomes dos experimentos
  resulta[,1] <-rep(p,length(tt)) # colocando o valor de p solcicitado
  resulta[,2]<-tt #colocando os valores desejados na matriz de resultados
  resulta[,3]<-germtt   #colocacando os valores de germinacao nos resultados
  resulta
}
      
else
{                   
  gcl <- gc[-1,] # para remover a coluna de nomes
  head(gcl)
  gcm <-matrix(0,nrow=(nrow(gcl)-1),ncol=ncol(gcl)+1) #criando a matriz que vai recebr o for
  for (i in 1:ncol(gcl))
  {
    gcm[,i]=t((cumsum(gcl[-1,i])/(as.numeric(gcl[1,i])))) ## soma cumulativa divido pelo numero de sementes de cada placa (primeira linha)
  }
  gcmdt <-as.data.frame (gcm)#transformando matriz em data.frame para rodar drm
  drm(gcmdt[,ncol(gcmdt)-1]~gcmdt[,ncol(gcmdt)], data=gcmdt, fct=LL.4())$coefficients
  Par <-matrix(0,nrow=ncol(gcmdt)-1,ncol=4,) #criando matriz para guardar os paramentros do dmr
  colnames(Par) <- c("Inclinacao","MInter", "Gmax", "t50") #renomeando parametros para ser mais didatico
  for (i in 1:ncol(gc))   # calculando os parametros e guardando na matriz
  {
    Par[i, ]=drm(gcmdt[,i]~gcmdt[,ncol(gcmdt)], data=gcmdt, fct=LL.4())$coefficients
  }
  tt <- rep(NA, nrow(Par))
  for (i in 1:nrow(Par))
  {
    tt[i] <- Par[i,4]*(((p)/(100-(p)))^(1/Par[i,1]))
  }
  germtt <- gcm[nrow(gcm),1:ncol(gcm)-1]*100
  resulta <-matrix(ncol=3,nrow=length(tt))
  colnames(resulta) =c("p", "Time to p", "FGerm %") 
  rownames(resulta) = gc[1,]
  resulta[,1] <-rep(p,length(tt))
  resulta[,2]<-tt
  resulta[,3]<-germtt
  resulta
}
return(resulta)
}

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05_curso_antigo/r2014/alunos/trabalho_final/bruna.machado/start.txt · Última modificação: 2020/08/12 06:04 (edição externa)