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05_curso_antigo:r2014:alunos:trabalho_final:maushima:start

imagem22.png

**Maurício Shimabukuro**

Mestre em Oceanografia Biológica pelo IO-USP. Trabalho na área de Ecologia Bêntica, e possuo experiência com identificação de poliquetas marinhos. Atualmente faço doutorado no IO-USP com comunidades de ilhas orgânicas (carcaças de baleia e restos de madeira) em mar profundo.

Exercícios

**Trabalho Final**

Proposta A

Proposta B

Comentários

Maurício, a sua proposta A é bacana. Fora a parte do teste estatístico, ela é bem simples. Você pode tentar elaborar a parte do teste estatístico. Uma ideia para deixar a função mais flexível é incluir argumentos para que o usuário escolha quais colunas utilizar como variável preditora e variável resposta. Não ficou muito claro para mim como seria o seu gráfico. Não seria biomassa por localidade? Se for fazer o teste estatístico, defina como será o objeto de saída.

Achei a sua proposta B mais interessante. O Danilo (monitor) sugeriu que você olhasse a função polygon para desenhar estes diagramas. Plotar as suas amostras não será algo trivial, então se você decidir tocar esta proposta, saiba que será trabalhoso.

Lucas Medeiros

Help da função t.diagram

t.diagram                R Documentation

Diagrama ternário de distribuição

Description
  Função gráfica para construir um diagrama ternário e plotar os valores de porcentagem de três classes de sedimento.

Usage:
t.diagram(dataset, main="Ternary Diagram", graphic=c("none","quartz","x11"), lab_axs=TRUE, grid=TRUE, pch=19, pch_col="red", pch_cex=1, 
          pch_lab=TRUE, pch_lcol="black", pch_lcex=0.75, pch_lpos=2)

Arguments:

datasets          o objeto de entrada deve ser uma matriz ou data.frame com três colunas. Em cada coluna esta a porcentagem de cada classe de sedimento que se deseja plotar.
main              título que será colocado no gráfico. Default é "Ternary Diagram".
graphic           abre um dispositivo gráfico. se colocar "quartz" abre o dispositivo gráfico quartz() com dpi=200, e se colocar "x11" abre o dispositivo x11(). Ver as funções quartz() e x11(). O default do argumento é "none", abre automaticamente o que o R abrirá ao realizar a função plot().
lab_axs           se verdadeiro (default) colocará o nome de cada vértice que será o nome das colunas do dataset. Ele coloca os nomes na seguinte ordem: coluna=1 vertice da esquerda; coluna=2 vertice da direita; coluna=3 vertice superior.
grid              se verdadeiro irá construir a grade da escala de cada vértice entre 0.1 e 0.9.
pch               tipo de símbolo que será plotado no diagrama; ver argumento pch de parâmetros gráficos
pch_col           cor do símbolo a ser plotado
pch_cex           tamanho do símbolo
pch_lab           se verdadeiro (default) irá colocar marcador do símbolo. O marcador do símbolo é o nome das linhas do dataset
pch_lcol          cor do marcador
pch_lcex          tamanho do marcador
pch_lpos          posição onde irá ser colocado o marcador: 1=abaixo; 2=esquerda; 3=acima; 4=direita. Ver argumento pos da função text()

Details:
  O diagrama é construido dentro de um plano cartesiano xy. A função plota pontos dentro de um triângulo equilátero de lado l e altura h, onde cada vértice equivale a quantidade máxima 100% de uma determinada variável. Este triângulo possui l=1. A altura desse triângulo é igual:
  
   h = cos30 = sqrt(3)/2,
   
isso porque: 1) a altura do triângulo é uma reta entre o vértice e o lado oposto. Essa reta divide o ângulo interno em dois ângulos de 30; 2) cos30 = cateto adjacente/hipotenusa, neste caso o cateto adjacente equivale a altura do triângulo equilátero. Como a hipotenusa ou o lado é igual a 1 o cateto adjacente será o próprio cos30, que equivale ao ponto mais alto de y dentro do plano cartesiano. Os pontos que serão plotados possuem 3 coordenadas: p(a,b,c). Quando a possui 100% a coordenada xy no plano cartesiano é a(0,0); quando b 100% b(1,0), e quando c é 100% c(1/2,cos30). Assim p(a,b,c) será (1/2*(2b+c),cos30*c). Lembre-se que a+b+c=1.

Value:
	Se a soma das porcentagens de cada variável (colunas) de alguma amostra (linhas) não por igual a 1 ou 100%, então a função retornará um objeto da classe data.frame contendo a reproporção de cada variável baseada no total original. Este objeto terá mesma dimensão do dado de entrada (mesmo número de colunas e linhas), mas agora a soma das linhas será igual a 1.

Warning:
	O objeto de entrada deve possuir três colunas (variáveis). Se a soma das variáveis não for igual a 1 ou 100% a função irá altomaticamente recalcular este as proporções. ex:
	Amostra A: areia=35%,silte=40%,argila=15%
	Amostra A*: areia=38.9%,silte=44.4%,argila=16.7%.

Author(s):
	Maurício Shimabukuro            maushima@usp.br
	
Examples:
	
#Leia o arquivo example.csv
exe<-read.table("example.csv",sep=",",head=T,row.names=1)
t.diagram(example) #construindo gráfico

## crie grupos de objetos:
simbolo=rep(15:18,each=6)
t.diagram(example,pch=simbolo)

## crie grupos de cores:
cor=rep(c("red","darkblue","darkgreen","magenta"),each=6)
t.diagram(example,pch_col=cor)

t.diagram(example,mais="Exemplo",pch=simbolo,pch_col=cor)

Função t.diagram

t.diagram <- function(dataset,main="Ternary Diagram",graphic="none",lab_axs=T,grid=T,
                  pch=19,pch_col="red",pch_cex=1,pch_lab=T,pch_lcol="black",pch_lcex=0.75,pch_lpos=2)
{
  if(ncol(dataset)!=3) ##para garantir que existem três entradas de interesse 
    {stop("Dataset must be a matrix or data.frame with 3 columns")}
  if(any(dataset<0) || any(dataset>1)) ## Os dados devem variar entre 0-1 ou 0-100
    {if(any(dataset<0))
      stop("X-value of dataset must be >= 0")
    if(any(dataset>100))
      stop("Percentage must be between 0 and 100")}
   r.sum<-rowSums(dataset) ##total de cada amostra
  if(any(r.sum>1)) ##verificar em que tipo de escala os dados estão. Se for em porcentagem transformando em valores para escala de 0 a 1
    {dataset<-dataset/100
    r.sum<-r.sum/100
    warning("Percentage transformed into proportions between zero and one")}
  if(any(r.sum>1)) {
    stop("The sum of each row must not exceed 1 if dataset scale is 0-1 or 100 if dataset scale is 0-100")
    } ## verificar se a soma da linha não ultrapassa 1. A soma das tres variaveis de interesse deve ser 1 (ou 100%); foi perguntado aqui para nao ter que fazer duas perguntas
  if(any(round(r.sum,1)!=1))
      {dataset<-dataset/r.sum ## recalculando todas as proporções pois a soma da área do gráfico precisa ser 1.
      warning("At least one set of dataset does not equal 1; Proportions were recalculated based on dataset")}
  cos30<-sqrt(3)/2 ## objeto que guarda o coseno de 30; sera utilizado em varios momentos da funcao. Este valor tambem poderia ser calculado pelo teorema de pitagoras: b=sqrt(h^2-a^2), h=1 e a=0.5 entao b=sqrt(0.75) 
  xlim<-c(0,1) ## limites de x da funcao plot()
  ylim<-c(0,1) ## limites de y da funcao plot()
  if(graphic!="none")
    { ## se o argumento graphic for diferente de "none" ira abrir um dispositivo grafico; "none" e o default
    if(graphic=="quartz") 
      quartz(dpi=200) ## se for "quartz" abrira o dispositivo grafico com a funcao quartz()
    if(graphic=="x11") 
      x11() ## se for "x11" abrira ao dispositivo com a funcao x11()
    }
  par(xpd=T, mar=c(3,2,2,2))
  plot(0,type="n",axes=F,main=main,xlim=xlim,ylim=ylim,xlab="",ylab="") ##Gerando área de plotagem
  polygon(c(0,0.5,1),c(0,cos30,0)) ##Construindo diagrama; a altura do triangulo equivale ao cos30
  if(grid){ ## Construindo grade
    x1=seq(0.1,0.9,by=0.1) ## valores de x para reta inferior
    x2=x1*0.5 ## valores de x para reta esquerda
    x3=x2+0.5 ## valores de x para reta direta
    y1=rep(0,9) ## valores de y para reta inferior
    y2=x1*cos30 ## valores de y para reta esquerda
    y3=rev(y2) ## valores de y para reta direita
    segments(x1,y1,x2,y2,lty=rep(c(3,2)),col=rep(c("gray88","gray"))) ## escala vertice inferior esquerda
    segments(x2,y2,rev(x3),rev(y3),lty=rep(c(3,2)),col=rep(c("gray88","gray"))) ## escala vertice superior
    segments(x3,y3,x1,y1,lty=rep(c(3,2)),col=rep(c("gray88","gray"))) ## escala vertice inferior direita
    sx1=c(0.2,0.4,0.6,0.8) ## valores de x para plotar escala inferior; tambem serao os valores plotados
    sx2=sx1*0.5-0.03 ## valores de x para plotar escala da esquerda
    sx3=sx1*0.5+0.53 ## valores de x para plotar escala da direita
    sy1=rep(-0.03,4) ## valores de y para plotar escala inferior
    sy2=sx1*cos30+0.01 ## valores de y para plotar escala da esquerda
    sy3=rev(sy2) ## valores de y para plotar escala da direita
    text(sx1,sy1,labels=rev(sx1),cex=0.75,font=2) ##plotando escala inferior
    text(sx2,sy2,labels=sx1,cex=0.75,font=2) ## plotando escala da esquerda
    text(sx3,sy3,labels=sx1,cex=0.75,font=2) ## plotando escala da direita
    }   
  if(lab_axs){
    lab_axs=colnames(dataset) ## nome dos vertices
    text(c(-0.05,1.05,0.5),c(-0.05,-0.05,cos30+0.05),labels=lab_axs,cex=1,font=2)
    } ##colocando nome dos eixos/vertices
  x.pos=dataset[,2]+(dataset[,3]/2) ##  valores de x para plotar no diagrama
  y.pos=dataset[,3]*cos30 ## valores de y para plotar no diagrama
  points(x=x.pos,y=y.pos,pch=pch,col=pch_col,cex=pch_cex) ## colocando os pontos no diagrama, as coordenadas são baseadas nos dados de entra com 3 coordenadas ponto(a,b,c) e transformadas em xy ponto(0.5*(2b+c),sqrt(3)/2*c); sendo c o vertice superior, b vertice direta, a vertice esquerda.
  if(pch_lab){
    text(x=x.pos,y=y.pos,labels=row.names(dataset),pos=pch_lpos,cex=pch_lcex, col=pch_lcol) ## colocando legenda dos pontos
    }
  if(any(round(r.sum,1)!=1))
    {return(dataset)
    } ## se for necessario recalcular as proporcoes baseado no total da soma das linhas, retorna as novas proporcoes
}
05_curso_antigo/r2014/alunos/trabalho_final/maushima/start.txt · Última modificação: 2020/08/12 06:04 (edição externa)