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05_curso_antigo:r2014:alunos:trabalho_final:pedrobalieiro:start

Pedro Balieiro

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Mestrando em Saúde e Meio Ambiente UNIVILLE. Trabalha com Ecologia e Citogenética de Pequenos Mamíferos

exec

Trabalho final

Plano A

Índice de Especificidade de Ectoparasitas:

O índice é calculado para cada espécie de hospedeiro.

SI=(ri/∑ri/i)*100

Onde:

ri é o número de parasitas por individuos por um dado número de espécies (representado pelo i). Note-se que, no denominador os valores de ri, são calculados para cada uma das espécies de hospedeiros e somados para todas as espécies. O valor é dado em porcentagem (%).

O penso em colocar como entrada um dataframe desta forma.

spp. de Hospedeiros sp.1 sp.2 sp.3
Nº de ind. de hospedeiros xx xx xx
sp.x (Espécies de parasitas) xxx (nº indivíduos) xxx (nº indivíduos) xxx (nº indivíduos)
sp.y xxx (nº indivíduos) xxx (nº indivíduos) xxx (nº indivíduos)

MARSHALL, A.G. The ecology of ectoparasitic insects. London: Academic Press, 1981. 459 p.

Plano B

A partir de diferentres argumentos como:

Número de hospedeiros infestados, Número de hospedeiros examinados etc

A função irá calcular os seguinte indices:

Intensidade média de ectoparasita

IMP= ƩXI/HI

ƩXI= Somatória indivíduos de parasitas, em uma determinada espécie de hospedeiro.

HI= Número de hospedeiros infestados

Coeficiente de Dominância

CD= (Ʃxi/Ʃti)*100

Ʃxi= Somatório dos indivíduos de ectoparasitas de uma determinada espécie, em cada espécie hospedeiro

Ʃti= Somatório do número de ectoparasitas de todas as espécies encontradas em todos os hospedeiros

Índice de Infestação (II)

II= (HI/HE)x100

Onde:

HI= Número de hospedeiros infestados

HE= Número de hospedeiros examinados

BOTELHO, J.R. & LINARDI, P. M. 1996. Interrelações entre ectoparasitos e roedores em ambientes silvestres e urbano de Belo Horizonte, Minas Gerais, Brasil. Rev. Brasileira de Entomologia. 40 (3/4): 425 – 430.

Olá
A proposta A me parece muito simples, já que envolve o cálculo de apenas um índice simples, que não exige nenhuma transformação dos dados de entrada. Como a proposta B envolve o cálculo de mais índices, ela me parece mais interessante e sugiro que você siga com ela. Se entendi bem, os mesmos dados de entrada da proposta B podem ser usados para calcular o índice da proposta A, então talvez seja possível você implementar as duas propostas na mesma função.
—- Débora

Concordo com a Debora, siga pela B e se tiver gás inclua o índice da A. — Alexandre Adalardo de Oliveira 2014/04/25 19:04

Resolução do Trabalho Final

Plano A e B Concatenados

Índices de Relações Parasita-Hospedeiro

A função final indices.parasitas calcula os quatro índices:

- Coeficiente de Dominância (CD)

- Índice de Insfestação (II)

- Índice de Especificidade (SI)

- Intensidade Média de Parasitas (IMP)

A entrada (x) consiste em uma tabela, onde a primeira coluna é representada pelos indivíduos de hospedeiros examinados (ou seja parasitados ou não), nas demais colunas são representados pelo número de indivíduos de parasitas para seu respectivos hospedeiro (lembre-se que na primeira linha são colocados as espécies de parasitas.

A tabela abaixo mostra a como deve ser a entrada dos dados.

Androlaelaps.fahrenholsi Gigantolaelaps.wolffsohni Mysolaelaps.parvispinosa
Akodon.sp. 5 0 2
Akodon.sp. 10 2 0
O.nigripes 0 0 0

Código da Função indices.parasitas

indices.parasitas <-function(x) #cria a funçao para calcular os 
indices de parasitas e hospedeiros. A entrada deve ser um objeto 
de tabela contendo na primeira coluna cada indivíduo de hospedeiro, as 
demais colunas representam o numero de indivíduos de cada espécie de parasita.
  {
    
    dados2 <- x [,2:(length(dados)-1)] # cria o objeto "dados2" 
    contendo o objeto dados, porém excluindo a primeira coluna 
    que contém os nomes das espécies dos hospedeiros
    dados3 <- dados2>0 #cria objeto "dados3" com os valores de 
    "dados2" em uma matriz lógica de presença e ausência.
    
    hospedeiros <- as.factor(x[,1]) #cria vetor "hospedeiros" 
    com os nomes das espécies de hospedeiros.
     
    #Coeficiente de Dominância (CD) - para parasita
    #####################################
    xi <- apply(dados2, 2, sum) #soma o número total de parasitas
     em cada espécie de hospedeiro.
    ti <- sum(xi) #soma de todos os parasitas nos hospedeiros.
    CD <- (xi/ti)*100 #cálculo do índice e criação do objeto "CD" 
    contendo o resultado.
    ########################################  
    
    #Índice de insfestação (II)- para hosts
    ################################################
    Hi <- apply(dados3, 1, sum) #cria um objeto "Hi" de vetor com a
     soma do número de parasitas em cada indivíduo de hospedeiro.
    Hi[Hi>0] <- 1 #substitui os valores maiores que zero do vetor 
    pelo numero 1. 
    Hi2 <- tapply(Hi, hospedeiros, sum) #soma o número de individuos
     hospedeiros parasitados por espécie.
    He <- summary(hospedeiros) #obtem o número de hospedeiros examinados
     e coloca em um objeto "He".
    II <- (Hi2/He)*100 #cálculo do índice e cria objeto "II" contendo
     o resultado.
    ###################################################
     
    #Indice de Especificidade (SI) - para hosts
    ##################################################
    soma.par <- rowsum(dados2, hospedeiros) #soma o número de cada espécie 
    de parasita por cada espécie de hospedeiro. 
    ri <- soma.par/He #cria objeto "ri" contendo o número de cada espécie 
    de parasita por indivíduo de cada espécie de hospedeiro.
    Eri <- apply(ri, 2, sum) #cria objeto "Eri" contendo a soma dos valores 
    do objeto "ri" por coluna (parasitas).
    vezes <- length(He) #cria objeto "vezes" contendo o valor do número de 
    espécies de hospedeiros. 
    matriz <- matrix(rep(Eri,each=vezes), nrow=vezes, ncol=length(dados2)) 
    #cria uma matriz contendo o valor de "Eri" com repetição em todas as linhas
     de cada coluna. O número de linhas será o número de espécies de hospedeiros
      e o número de colunas o número de espécies de parasitas. 
    matriz <- as.data.frame(matriz) #a matriz é transformada em um dataframe. 
    (!O objetivo foi criar um objeto que fosse compativel com o objeto "ri",
     permitindo realizar as operações seguintes). 
    Eri <- matriz #sobescreve o objeto "Eri" pela matriz.
    SI <- (ri/Eri)*100 #calculo do índice e cria o objeto "SI" contendo o 
    resultado.
    ####################################################
    
    #Intensidade Média de Parasitas (IMP) - para hosts
    ############################################
    XI <- apply(soma.par, 1, sum) #soma do número de todos as espécies de 
    parasitas por espécie de hospedeiro. 
    HI <- Hi2 #numero de hospedeiros parasitados!
    IMP <- XI/HI #calculo do índice e cria o objeto "IMP" contendo o resultado.
    ####################################### 
  
  indices <- list(CD, II, SI, IMP) #cria uma lista contendo os índices calculados.
  names(indices) <- c("Coeficiente de Dominância (CD)", "Índice de insfestação (II)", 
  "Índice de Especificidade (SI)"," Intensidade Média de Parasitas (IMP)") #renomeia 
  cada objeto "indices" dentro da lista.
  return(indices) #output da funçao: quatro tabelas contendo os índices calculados.
  
    }

Help da Função indices.parasitas

indices.parasitas           package: nenhum         R Documentation

Coeficiente de Domonância, Índices de Infestação e espécificidade
e Intensidade média de ectoparasitas.

Descrição:
A função calcula quatro índices relacionados as relações parasitas 
hospeiros que são amplamente usados. 
O resultados da função são quatro tabelas contandos os índices.

Uso:
indices.parasitas (x)

Argumentos: x	Objeto do tipo tablela.

Detalhes:

Para que a função funcione normalmente, a tabela de 
entrada deve ter na primeira coluna os indivídos de hospedeiros, 
nas demais colunas o número de indivíduos de cada espécie de parasita 
em seu respectivo hospedeiro. A partir da segunda coluna na primeira 
linha deve-se colocar os nomes das espécies de parasitas. Os valores 
devem ser númericos (exeto a primeira coluna e linha) e é necessario 
colocar o 0 (zero), pois a função não entende valores vazios. 

Valores:

Quatro tabelas contendo cada índice. Coeficiente de Dominância (CD), 
Índice de insfestação (II), Índice de Especificidade (SI) e 
Intensidade Média de Parasitas (IMP).


 

Autor:
Pedro Balieiro
pedrobalieiro@uol.com.br

Referencias:

MARSHALL, A.G. The ecology of ectoparasitic insects. London:
Academic Press, 1981. 459 p.

BOTELHO, J.R. & LINARDI, P. M. 1996. Interrelações entre ectoparasitos
 e roedores em ambientes silvestres e urbano de Belo Horizonte, 
Minas Gerais, Brasil. Rev. Brasileira de Entomologia. 40 (3/4): 425 – 430. 



Exemplo:

Baixe os arquivos em: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:pedrobalieiro:start

(Não consegui criar uma tabela aleatoria gerada pelo R).

Arquivos para Demostração

05_curso_antigo/r2014/alunos/trabalho_final/pedrobalieiro/start.txt · Última modificação: 2020/08/12 06:04 (edição externa)