Índice
- O Curso R
-
- Tutoriais
-
- Apostila
-
- 6. Testes de Hipótese (em preparação!)
- Exercícios
-
- Material de Apoio
-
- Área dos Alunos
-
- Cursos Anteriores
-
IBUSP
Outras Insitutições
Linques
Visitantes
Outras Insitutições
Mestrando em Saúde e Meio Ambiente UNIVILLE. Trabalha com Ecologia e Citogenética de Pequenos Mamíferos
Índice de Especificidade de Ectoparasitas:
O índice é calculado para cada espécie de hospedeiro.
SI=(ri/∑ri/i)*100
Onde:
ri é o número de parasitas por individuos por um dado número de espécies (representado pelo i). Note-se que, no denominador os valores de ri, são calculados para cada uma das espécies de hospedeiros e somados para todas as espécies. O valor é dado em porcentagem (%).
O penso em colocar como entrada um dataframe desta forma.
spp. de Hospedeiros | sp.1 | sp.2 | sp.3 |
---|---|---|---|
Nº de ind. de hospedeiros | xx | xx | xx |
sp.x (Espécies de parasitas) | xxx (nº indivíduos) | xxx (nº indivíduos) | xxx (nº indivíduos) |
sp.y | xxx (nº indivíduos) | xxx (nº indivíduos) | xxx (nº indivíduos) |
MARSHALL, A.G. The ecology of ectoparasitic insects. London: Academic Press, 1981. 459 p.
A partir de diferentres argumentos como:
Número de hospedeiros infestados, Número de hospedeiros examinados etc
A função irá calcular os seguinte indices:
Intensidade média de ectoparasita
IMP= ƩXI/HI
ƩXI= Somatória indivíduos de parasitas, em uma determinada espécie de hospedeiro.
HI= Número de hospedeiros infestados
Coeficiente de Dominância
CD= (Ʃxi/Ʃti)*100
Ʃxi= Somatório dos indivíduos de ectoparasitas de uma determinada espécie, em cada espécie hospedeiro
Ʃti= Somatório do número de ectoparasitas de todas as espécies encontradas em todos os hospedeiros
Índice de Infestação (II)
II= (HI/HE)x100
Onde:
HI= Número de hospedeiros infestados
HE= Número de hospedeiros examinados
BOTELHO, J.R. & LINARDI, P. M. 1996. Interrelações entre ectoparasitos e roedores em ambientes silvestres e urbano de Belo Horizonte, Minas Gerais, Brasil. Rev. Brasileira de Entomologia. 40 (3/4): 425 – 430.
Olá
A proposta A me parece muito simples, já que envolve o cálculo de apenas um índice simples, que não exige nenhuma transformação dos dados de entrada. Como a proposta B envolve o cálculo de mais índices, ela me parece mais interessante e sugiro que você siga com ela. Se entendi bem, os mesmos dados de entrada da proposta B podem ser usados para calcular o índice da proposta A, então talvez seja possível você implementar as duas propostas na mesma função.
—- Débora
Concordo com a Debora, siga pela B e se tiver gás inclua o índice da A. — Alexandre Adalardo de Oliveira 2014/04/25 19:04
A função final indices.parasitas calcula os quatro índices:
- Coeficiente de Dominância (CD)
- Índice de Insfestação (II)
- Índice de Especificidade (SI)
- Intensidade Média de Parasitas (IMP)
A entrada (x) consiste em uma tabela, onde a primeira coluna é representada pelos indivíduos de hospedeiros examinados (ou seja parasitados ou não), nas demais colunas são representados pelo número de indivíduos de parasitas para seu respectivos hospedeiro (lembre-se que na primeira linha são colocados as espécies de parasitas.
A tabela abaixo mostra a como deve ser a entrada dos dados.
Androlaelaps.fahrenholsi | Gigantolaelaps.wolffsohni | Mysolaelaps.parvispinosa | |
---|---|---|---|
Akodon.sp. | 5 | 0 | 2 |
Akodon.sp. | 10 | 2 | 0 |
O.nigripes | 0 | 0 | 0 |
indices.parasitas <-function(x) #cria a funçao para calcular os indices de parasitas e hospedeiros. A entrada deve ser um objeto de tabela contendo na primeira coluna cada indivíduo de hospedeiro, as demais colunas representam o numero de indivíduos de cada espécie de parasita. { dados2 <- x [,2:(length(dados)-1)] # cria o objeto "dados2" contendo o objeto dados, porém excluindo a primeira coluna que contém os nomes das espécies dos hospedeiros dados3 <- dados2>0 #cria objeto "dados3" com os valores de "dados2" em uma matriz lógica de presença e ausência. hospedeiros <- as.factor(x[,1]) #cria vetor "hospedeiros" com os nomes das espécies de hospedeiros. #Coeficiente de Dominância (CD) - para parasita ##################################### xi <- apply(dados2, 2, sum) #soma o número total de parasitas em cada espécie de hospedeiro. ti <- sum(xi) #soma de todos os parasitas nos hospedeiros. CD <- (xi/ti)*100 #cálculo do índice e criação do objeto "CD" contendo o resultado. ######################################## #Índice de insfestação (II)- para hosts ################################################ Hi <- apply(dados3, 1, sum) #cria um objeto "Hi" de vetor com a soma do número de parasitas em cada indivíduo de hospedeiro. Hi[Hi>0] <- 1 #substitui os valores maiores que zero do vetor pelo numero 1. Hi2 <- tapply(Hi, hospedeiros, sum) #soma o número de individuos hospedeiros parasitados por espécie. He <- summary(hospedeiros) #obtem o número de hospedeiros examinados e coloca em um objeto "He". II <- (Hi2/He)*100 #cálculo do índice e cria objeto "II" contendo o resultado. ################################################### #Indice de Especificidade (SI) - para hosts ################################################## soma.par <- rowsum(dados2, hospedeiros) #soma o número de cada espécie de parasita por cada espécie de hospedeiro. ri <- soma.par/He #cria objeto "ri" contendo o número de cada espécie de parasita por indivíduo de cada espécie de hospedeiro. Eri <- apply(ri, 2, sum) #cria objeto "Eri" contendo a soma dos valores do objeto "ri" por coluna (parasitas). vezes <- length(He) #cria objeto "vezes" contendo o valor do número de espécies de hospedeiros. matriz <- matrix(rep(Eri,each=vezes), nrow=vezes, ncol=length(dados2)) #cria uma matriz contendo o valor de "Eri" com repetição em todas as linhas de cada coluna. O número de linhas será o número de espécies de hospedeiros e o número de colunas o número de espécies de parasitas. matriz <- as.data.frame(matriz) #a matriz é transformada em um dataframe. (!O objetivo foi criar um objeto que fosse compativel com o objeto "ri", permitindo realizar as operações seguintes). Eri <- matriz #sobescreve o objeto "Eri" pela matriz. SI <- (ri/Eri)*100 #calculo do índice e cria o objeto "SI" contendo o resultado. #################################################### #Intensidade Média de Parasitas (IMP) - para hosts ############################################ XI <- apply(soma.par, 1, sum) #soma do número de todos as espécies de parasitas por espécie de hospedeiro. HI <- Hi2 #numero de hospedeiros parasitados! IMP <- XI/HI #calculo do índice e cria o objeto "IMP" contendo o resultado. ####################################### indices <- list(CD, II, SI, IMP) #cria uma lista contendo os índices calculados. names(indices) <- c("Coeficiente de Dominância (CD)", "Índice de insfestação (II)", "Índice de Especificidade (SI)"," Intensidade Média de Parasitas (IMP)") #renomeia cada objeto "indices" dentro da lista. return(indices) #output da funçao: quatro tabelas contendo os índices calculados. }
indices.parasitas package: nenhum R Documentation Coeficiente de Domonância, Índices de Infestação e espécificidade e Intensidade média de ectoparasitas. Descrição: A função calcula quatro índices relacionados as relações parasitas hospeiros que são amplamente usados. O resultados da função são quatro tabelas contandos os índices. Uso: indices.parasitas (x) Argumentos: x Objeto do tipo tablela. Detalhes: Para que a função funcione normalmente, a tabela de entrada deve ter na primeira coluna os indivídos de hospedeiros, nas demais colunas o número de indivíduos de cada espécie de parasita em seu respectivo hospedeiro. A partir da segunda coluna na primeira linha deve-se colocar os nomes das espécies de parasitas. Os valores devem ser númericos (exeto a primeira coluna e linha) e é necessario colocar o 0 (zero), pois a função não entende valores vazios. Valores: Quatro tabelas contendo cada índice. Coeficiente de Dominância (CD), Índice de insfestação (II), Índice de Especificidade (SI) e Intensidade Média de Parasitas (IMP). Autor: Pedro Balieiro pedrobalieiro@uol.com.br Referencias: MARSHALL, A.G. The ecology of ectoparasitic insects. London: Academic Press, 1981. 459 p. BOTELHO, J.R. & LINARDI, P. M. 1996. Interrelações entre ectoparasitos e roedores em ambientes silvestres e urbano de Belo Horizonte, Minas Gerais, Brasil. Rev. Brasileira de Entomologia. 40 (3/4): 425 – 430. Exemplo: Baixe os arquivos em: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=bie5782:01_curso_atual:alunos:trabalho_final:pedrobalieiro:start (Não consegui criar uma tabela aleatoria gerada pelo R).