Doutoranda em Oceanografia Biológica, pelo Instituto Oceanográfico da USP.

Título da minha tese: “Biodiversidade e estrutura da ictiofauna da baía do Araçá, São Sebastião, litoral norte do Estado de São Paulo, a partir de pontos homólogos”. Orientadora: Profa. Dra. Carmen L. D. B. Rossi-Wongtschowski.

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Principal

A ecomorfologia ou morfologia ecológica é baseada na premissa de que a ecologia de um organismo está relacionada à sua forma, ou seja, existe forte interação entre os fatores endógenos e as características do meio em que vivem, permitindo o estudo da diversidade (morfológica + ecológica). Estes estudos avaliam a estrutura de comunidades de peixes utilizando a metodologia de pontos homólogos ou landmarks, baseados em fotografias padronizadas do lado esquerdo do corpo. O número de fotografias utilizadas é proporcional à abundância de cada espécie na amostra coletada, com diferentes artes de pesca. Para selecionar quantas e quais fotografias devem ser utilizadas nas análises, é necessário o conhecimento básico da composição em comprimento total (CT, mm), peso total (PT, g) bem como a abundância por espécie em cada estação do ano (primavera, verão, outono e inverno).

Os dados de entrada compreendem um dataframe com variáveis quantitativas (comprimentos e pesos) por estacão do ano (primavera, verão, outono e inverno) nas colunas e, nas linhas, as espécies (n=33). A função terá um argumento onde é possível especificar a estação do ano desejada.

Para isso, uma função que construa:

um dataframe com media, mediana, desvio padrão, mínimo, máximo, 1˚ quartil, 3˚ quartil das variáveis comprimento (CT) e peso (PT); um dataframe composto pelas variáveis número de indivíduos, abundância, biomassa, número de fotos (5% da abundância total) que devem ser utilizadas; um dataframe com os valores dos índices clássicos (Margalef, Shannon-Wiener (H’), Pielou (J’)) aplicados em ecologia de comunidades de peixes.

A etapa dos índices clássicos servirá de comparação, já que estudos sobre estrutura de comunidades a partir de pontos homólogos são realizados com estatística multivariada, utilizando as distâncias entre os 27 pontos marcados no corpo dos peixes para realizar as análises de morfologia geométrica.

Plano B

Em adição à análise morfofuncional dos peixes, alguns índices baseados na análise morfométrica de otólitos sagittae (estruturas calcárias do ouvido interno dos peixes teleósteos) também possibilitam a avaliação da diversidade das assembleias de peixes, em diferentes escalas temporais. Medidas lineares (comprimento, altura, perímetro e área) são utilizadas para calcular os descritores de forma tridimensionais.

Os dados de entrada compõem um dataframe com as variáveis quantitativas comprimento, altura, perímetro e área dos otólitos e a variável qualitativa estação do ano nas colunas e, nas linhas, as espécies. A função terá um argumento onde é possível especificar a estação do ano desejada. Uma função que construa boxplots das variáveis quantitativas por espécie; um dataframe contendo a estatística básica descritiva das variáveis quantitativas; um dataframe com os resultados dos índices Fator de Forma, Circularidade e Razão de Aspecto; e, boxplots com os valores dos por espécie.

fisheco <- function(fishfauna, estacao=c("anual","inverno","outono","primavera","verao"), rmNA=T)
{	
	if(rmNA==TRUE)
			{
				fishfauna=(na.omit(dados)) ## remove os NA's para que estes não interfiram nos valores resultantes dos índices ecológicos.
				dif=length(dados)-length(fishfauna)
				cat("\t", dif,"valores NA excluídos\n")
			}
	else
	{
		fishfauna=x
	}
	if(estacao=="anual"||is.null(estacao))
	{	
		
		media.CT <- tapply(X= fishfauna$CT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=mean,na.rm=T) ##aplica a função média para os elementos do vetor CT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 
		media.PT<- tapply(X=fishfauna$PT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=mean,na.rm=T)   ##aplica a função média para os elementos do vetor PT, indexado pelos caracteres do vetor espécie.
		mediana.CT <- tapply(X=fishfauna$CT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		mediana.PT <- tapply(X=fishfauna$PT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		dp.CT <- tapply(X=fishfauna$CT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=sd,na.rm=T)   ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		dp.PT <- tapply(X=fishfauna$PT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=sd,na.rm=T)   ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.CT <- tapply(X=fishfauna$CT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=min) ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.PT<- tapply(X=fishfauna$PT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=min)  ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.CT <- tapply(X=fishfauna$CT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.PT <- tapply(X=fishfauna$PT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		eb.anual <- round(data.frame(media.CT, mediana.CT, dp.CT, min.CT, max.CT, media.PT, mediana.PT, dp.PT, min.PT, max.PT),2) ##cria um dataframe com os valores das funções executadas.
		ni.total <- length(fishfauna$CT) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT.
		ni.sp <- tapply(X=fishfauna$CT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=length) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT, indexados pelos caracteres do vetor espécie. 
		abun.rel <- round(((ni.sp*100)/ni.total),2) ## cria um objeto com a proporção de cada elemento do objeto 'ni.sp', relativa ao número total de elementos do vetor.
		biomassa <- tapply(X=fishfauna$PT, INDEX=fishfauna$especie, FUN=sum,na.rm=T) ##aplica a função soma para os elementos do vetor PT, indexados pelos caracteres do vetor espécie.
		prop<- 5 ## cria um objeto com a porcentagem de imagens determinada pelo modelo de ecomorfologia.
		n.f<- (ni.sp*prop)/100  ### cria um objeto com o numero de imagens a serem utilizadas no modelo de ecomorfologia. 
		fotos<- data.frame(ni.sp, abun.rel, biomassa, n.f) ##cria um dataframe com os valores de abundância, abundância relativa, biomassa e o número de imagens.
		
		ef.ano<- data.frame(eb.anual, fotos) ## cria um dataframe com os valores dos vetores resposta, reunindo os dataframes eb.anual e fotos.
		
		abundancia <- length(fishfauna$CT) ##cria um objeto com o número total de elementos do vetor CT.
		nS<- unique(fishfauna$especie) ## cria um objeto com o numero de caracteres do vetor especie, sem repetições. 
		SM<- length(nS) ##cria um objeto com o numero de especies.
		n<-log(abundancia,10) ##cria um objeto com o logaritmo do numero total de elementos do vetor CT.
		M<- (SM-1/(n)) ## cria um objeto com o valor resposta do Indice de Margalef.
		
		
		pix<- (ni.sp/sum(ni.sp)) ## cria um objeto com a porporção de elementos do vetor CT.
		l<- log(pix) ## cria um objeto com o logaritmo da proporção de elementos do vetor CT. 
		pix.l<- pix*l ##cria um objeto com os valores resposta da multiplicação da proporção de elementos pelo seu logaritmo.
		H <- -(sum(pix.l)) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Shannon-Wiener.
		S<- 1/sum(pix^2) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Simpson.
		
		indices<- data.frame(M,H,S)	##cria um dataframe com os valores dos índices calculados e guardados nos objetos M, H, S.

		return(list(ef.ano,indices)) ## retorna uma lista de dataframes com os valores requeridos na função.
}
			
	if(estacao=="inverno")	
	{
			
		inverno <- fishfauna[fishfauna$estacao=="Inverno",] ## cria um objeto contendo os dados da estação "inverno", selecionados do dataframe fishfauna.
		media.CT <- tapply(X=inverno$CT, INDEX=inverno$especie, FUN=mean,na.rm=T) ##aplica a função média para os elementos do vetor CT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 
		media.PT<- tapply(X=inverno$PT, INDEX=inverno$especie, FUN=mean,na.rm=T)  ##aplica a função média para os elementos do vetor PT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 	
		mediana.CT <- tapply(X=inverno$CT, INDEX=inverno$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		mediana.PT <- tapply(X=inverno$PT, INDEX=inverno$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		dp.CT <- tapply(X=inverno$CT, INDEX=inverno$especie, FUN=sd,na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		dp.PT <- tapply(X=inverno$PT, INDEX=inverno$especie, FUN=sd,na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.CT <- tapply(X=inverno$CT, INDEX=inverno$especie, FUN=min) ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.PT<- tapply(X=inverno$PT, INDEX=inverno$especie, FUN=min)  ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.CT <- tapply(X=inverno$CT, INDEX=inverno$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.PT <- tapply(X=inverno$PT, INDEX=inverno$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		eb.inv <- (na.omit(round(data.frame(media.CT, mediana.CT, dp.CT, min.CT, max.CT, media.PT, mediana.PT, dp.PT, min.PT, max.PT),2)))	##cria um dataframe com os valores das funções executadas.
		ni.total <- length(inverno$CT) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT.
		ni.sp <- tapply(X=inverno$CT, INDEX=inverno$especie, FUN=length) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT, indexados pelos caracteres do vetor espécie. 
		abun.rel <- (round(((ni.sp*100)/ni.total),2)) ## cria um objeto com a proporção de cada elemento do objeto 'ni.sp', relativa ao número total de elementos do vetor.
		biomassa <- tapply(X=inverno$PT, INDEX=inverno$especie, FUN=sum,na.rm=T)  ##aplica a função soma para os elementos do vetor PT, indexando pelos caracteres do vetor espécie.
		prop<- 5 ## cria um objeto com a porcentagem de imagens determinada pelo modelo de ecomorfologia.
		n.f<- (ni.sp*prop)/100  ## cria um objeto com o numero de imagens a serem utilizadas no modelo de ecomorfologia. 
		fotos<- (na.omit(data.frame(ni.sp, abun.rel, biomassa, n.f))) ##cria um dataframe com os valores de abundância, abundância relativa, biomassa e o número de imagens.
						
		ef.inv<- (data.frame(eb.inv,fotos)) ## cria um dataframe com os valores dos vetores resposta, reunindo os dataframes eb.inv e fotos.
		
		abundancia <- length(inverno$CT) ##cria um objeto com o número total de elementos do vetor CT.
		nS<- unique(inverno$especie) ## cria um objeto com o numero de caracteres do vetor especie, sem repetições.
		SM<- length(nS) ##cria um objeto com o numero de especies.
		n<-log(abundancia,10) ##cria um objeto com o logaritmo do numero total de elementos do vetor CT.
		M <- (SM-1/(n)) ## cria um objeto com o valor resposta do Indice de Margalef.
		
		
		pix<- (ni.sp/sum(ni.sp)) ## cria um objeto com a porporção de elementos do vetor CT.
		l<- log(pix) ## cria um objeto com o logaritmo da proporção de elementos do vetor CT. 
		pix.l<- pix*l ##cria um objeto com os valores resposta da multiplicação da proporção de elementos pelo seu logaritmo.
		H <- -(sum(pix.l)) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Shannon-Wiener.
		S<- 1/sum(pix^2) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Simpson.
		
		indices<- data.frame(M,H,S)	##cria um dataframe com os valores dos índices calculados e guardados nos objetos M, H, S.
		
		return(list(ef.inv,indices)) ## retorna uma lista de dataframes com os valores requeridos na função.
}
	
	if(estacao=="outono")
	{
		outono <- fishfauna[fishfauna$estacao=="Outono",] ## cria um objeto contendo os dados da estação "outono", selecionados do dataframe fishfauna.
		media.CT <- tapply(X=outono$CT, INDEX=outono$especie, FUN=mean, na.rm=T) ##aplica a função média para os elementos do vetor CT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 
		media.PT<- tapply(X=outono$PT, INDEX=outono$especie, FUN=mean, na.rm=T)	##aplica a função média para os elementos do vetor PT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 
		mediana.CT <- tapply(X=outono$CT, INDEX=outono$especie, FUN=median, na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		mediana.PT <- tapply(X=outono$PT, INDEX=outono$especie, FUN=median, na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		dp.CT <- tapply(X=outono$CT, INDEX=outono$especie, FUN=sd, na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		dp.PT <- tapply(X=outono$PT, INDEX=outono$especie, FUN=sd, na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.CT <- tapply(X=outono$CT, INDEX=outono$especie, FUN=min) ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.PT<- tapply(X=outono$PT, INDEX=outono$especie, FUN=min)  ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.CT <- tapply(X=outono$CT, INDEX=outono$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.PT <- tapply(X=outono$PT, INDEX=outono$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		eb.out <- (na.omit(round(data.frame(media.CT, mediana.CT, dp.CT, min.CT, max.CT, media.PT, mediana.PT, dp.PT, min.PT, max.PT),2))) ##cria um dataframe com os valores das funções executadas.
		ni.total <- length(outono$CT) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT.
		ni.sp <- tapply(X=outono$CT, INDEX=outono$especie, FUN=length) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT, indexados pelos caracteres do vetor espécie. 
		abun.rel <- round(((ni.sp*100)/ni.total),2) ## cria um objeto com a proporção de cada elemento do objeto 'ni.sp', relativa ao número total de elementos do vetor.
		biomassa <- tapply(X=outono$PT, INDEX=outono$especie, FUN=sum, na.rm=T) ##aplica a função soma para os elementos do vetor PT, indexando pelos caracteres do vetor espécie.
		prop<- 5 ## cria um objeto com a porcentagem de imagens determinada pelo modelo de ecomorfologia.
		n.f<- (ni.sp*prop)/100  ## cria um objeto com o numero de imagens a serem utilizadas no modelo de ecomorfologia. 	
		fotos<- (na.omit(data.frame(ni.sp, abun.rel, biomassa, n.f))) ##cria um dataframe com os valores de abundância, abundância relativa, biomassa e o número de imagens.
		
		ef.out<- data.frame(eb.out,fotos) ## cria um dataframe com os valores dos vetores resposta, reunindo os dataframes eb.out e fotos.

		abundancia <- length(outono$CT) ##cria um objeto com o número total de elementos do vetor CT.
		nS<- unique(outono$especie) ## cria um objeto com o numero de caracteres do vetor especie, sem repetições. 
		SM<- length(nS) ##cria um objeto com o numero de especies.
		n<-log(abundancia,10) ##cria um objeto com o logaritmo do numero total de elementos do vetor CT.
		M<- (SM-1/(n)) ## cria um objeto com o valor resposta do Indice de Margalef.
				
		pix<- (ni.sp/sum(ni.sp)) ## cria um objeto com a porporção de elementos do vetor CT.
		l<- log(pix) ## cria um objeto com o logaritmo da proporção de elementos do vetor CT. 
		pix.l<- pix*l ##cria um objeto com os valores resposta da multiplicação da proporção de elementos pelo seu logaritmo.
		H <- -(sum(pix.l)) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Shannon-Wiener.
		S<- 1/sum(pix^2) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Simpson.
		
		indices<- data.frame(M,H,S)	##cria um dataframe com os valores dos índices calculados e guardados nos objetos M, H, S.
		
		return(list(ef.out,indices)) ## retorna uma lista de dataframes com os valores requeridos na função.
}

	if(estacao=="primavera")
	{
		primavera <- fishfauna[fishfauna$estacao=="Primavera",] ## cria um objeto contendo os dados da estação "primavera", selecionados do dataframe fishfauna.
		media.CT <- tapply(X=primavera$CT, INDEX=primavera$especie, FUN=mean,na.rm=T) ##aplica a função média para os elementos do vetor CT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 
		media.PT <- tapply(X=primavera$PT, INDEX=primavera$especie, FUN=mean,na.rm=T) ##aplica a função média para os elementos do vetor PT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 	
		mediana.CT <- tapply(X=primavera$CT, INDEX=primavera$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		mediana.PT <- tapply(X=primavera$PT, INDEX=primavera$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		dp.CT <- tapply(X=primavera$CT, INDEX=primavera$especie, FUN=sd,na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		dp.PT <- tapply(X=primavera$PT, INDEX=primavera$especie, FUN=sd,na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.CT <- tapply(X=primavera$CT, INDEX=primavera$especie, FUN=min) ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.PT<- tapply(X=primavera$PT, INDEX=primavera$especie, FUN=min)  ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.CT <- tapply(X=primavera$CT, INDEX=primavera$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.PT <- tapply(X=primavera$PT, INDEX=primavera$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.		
		eb.prim <- (na.omit(round(data.frame(media.CT, mediana.CT, dp.CT, min.CT, max.CT, media.PT, mediana.PT, dp.PT, min.PT, max.PT),2))) ##cria um dataframe com os valores das funções executadas.
		ni.total <- length(primavera$CT) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT.
		ni.sp <- tapply(X=primavera$CT, INDEX=primavera$especie, FUN=length) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT, indexados pelos caracteres do vetor espécie. 
		abun.rel <- round(((ni.sp*100)/ni.total),2) ## cria um objeto com a proporção de cada elemento do objeto 'ni.sp', relativa ao número total de elementos do vetor.
		biomassa <- tapply(X=primavera$PT, INDEX=primavera$especie, FUN=sum,na.rm=T) ##aplica a função soma para os elementos do vetor PT, indexando pelos caracteres do vetor espécie.
		prop<- 5 ## cria um objeto com a porcentagem de imagens determinada pelo modelo de ecomorfologia.
		n.f<- (ni.sp*prop)/100  ## cria um objeto com o numero de imagens a serem utilizadas no modelo de ecomorfologia. 
		fotos<- (na.omit(data.frame(ni.sp, abun.rel, biomassa, n.f))) ##cria um dataframe com os valores de abundância, abundância relativa, biomassa e o número de imagens.
		
		ef.prim <- data.frame(eb.prim, fotos) ## cria um dataframe com os valores dos vetores resposta, reunindo os dataframes eb.prim e fotos.
		
		abundancia <- length(primavera$CT) ##cria um objeto com o número total de elementos do vetor CT.
		nS<- unique(primavera$especie) ## cria um objeto com o numero de caracteres do vetor especie, sem repetições. 
		SM<- length(nS) ##cria um objeto com o numero de especies.
		n<-log(abundancia,10) ##cria um objeto com o logaritmo do numero total de elementos do vetor CT.
		M<- (SM-1/(n)) ## cria um objeto com o valor resposta do Indice de Margalef.
		
		pix<- (ni.sp/sum(ni.sp)) ## cria um objeto com a porporção de elementos do vetor CT.
		l<- log(pix) ## cria um objeto com o logaritmo da proporção de elementos do vetor CT. 
		pix.l<- pix*l ##cria um objeto com os valores resposta da multiplicação da proporção de elementos pelo seu logaritmo.
		H <- -(sum(pix.l)) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Shannon-Wiener.
		S<- 1/sum(pix^2) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Simpson.
		
		indices<- data.frame(M,H,S)	##cria um dataframe com os valores dos índices calculados e guardados nos objetos M, H, S.

		
		return(list(ef.prim, indices)) ## retorna uma lista de dataframes com os valores requeridos na função.
}
	
	if(estacao=="verao")	
	{
		verao <- fishfauna[fishfauna$estacao== "Verão",] ## cria um objeto contendo os dados da estação "primavera", selecionados do dataframe fishfauna.
		media.CT <- tapply(X=verao$CT, INDEX=verao$especie, FUN=mean,na.rm=T) ##aplica a função média para os elementos do vetor CT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 
		media.PT<- tapply(X=verao$PT, INDEX=verao$especie, FUN=mean,na.rm=T)  ##aplica a função média para os elementos do vetor PT, indexado pelos caracteres do vetor espécie. 	
		mediana.CT <- tapply(X=verao$CT, INDEX=verao$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		mediana.PT <- tapply(X=verao$PT, INDEX=verao$especie, FUN=median,na.rm=T) ##aplica a função mediana para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie. 
		dp.CT <- tapply(X=verao$CT, INDEX=verao$especie, FUN=sd,na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		dp.PT <- tapply(X=verao$PT, INDEX=verao$especie, FUN=sd,na.rm=T) ##aplica a função desvio padrão para os elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.CT <- tapply(X=verao$CT, INDEX=verao$especie, FUN=min) ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		min.PT<- tapply(X=verao$PT, INDEX=verao$especie, FUN=min)  ## retorna o valor mínimo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.CT <- tapply(X=verao$CT, INDEX=verao$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor CT, indexados caracteres do vetor espécie.
		max.PT <- tapply(X=verao$PT, INDEX=verao$especie, FUN=max) ## retorna o valor máximo dos elementos do vetor PT, indexados caracteres do vetor espécie.
		eb.verao <- (na.omit(round(data.frame(media.CT, mediana.CT, dp.CT, min.CT, max.CT, media.PT, mediana.PT, dp.PT, min.PT, max.PT),2))) ##cria um dataframe com os valores das funções executadas.
		ni.total <- length(verao$CT) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT.
		ni.sp <- tapply(X=verao$CT, INDEX=verao$especie, FUN=length) ##cria um objeto com o número de elementos do vetor CT, indexados pelos caracteres do vetor espécie. 
		abun.rel <- round(((ni.sp*100)/ni.total),2) ## cria um objeto com a proporção de cada elemento do objeto 'ni.sp', relativa ao número total de elementos do vetor.
		biomassa <- tapply(X=verao$PT, INDEX=verao$especie, FUN=sum,na.rm=T) ##aplica a função soma para os elementos do vetor PT, indexando pelos caracteres do vetor espécie.
		prop<- 5 ## cria um objeto com a porcentagem de imagens determinada pelo modelo de ecomorfologia.
		n.f<- (ni.sp*prop)/100  ## cria um objeto com o numero de imagens a serem utilizadas no modelo de ecomorfologia. 
		fotos<- (na.omit(data.frame(ni.sp, abun.rel, biomassa, n.f))) ##cria um dataframe com os valores de abundância, abundância relativa, biomassa e o número de imagens.
		
		ef.ver <- data.frame(eb.verao, fotos) ## cria um dataframe com os valores dos vetores resposta, reunindo os dataframes eb.verao e fotos.
		
		abundancia <- length(verao$CT) ##cria um objeto com o número total de elementos do vetor CT.
		nS<- unique(verao$especie) ## cria um objeto com o numero de caracteres do vetor especie, sem repetições. 
		SM<- length(nS) ##cria um objeto com o numero de especies.
		n<-log(abundancia,10) ##cria um objeto com o logaritmo do numero total de elementos do vetor CT.
		M<- (SM-1/(n)) ## cria um objeto com o valor resposta do Indice de Margalef.
		
		pix<- (ni.sp/sum(ni.sp)) ## cria um objeto com a porporção de elementos do vetor CT.
		l<- log(pix) ## cria um objeto com o logaritmo da proporção de elementos do vetor CT. 
		pix.l<- pix*l ##cria um objeto com os valores resposta da multiplicação da proporção de elementos pelo seu logaritmo.
		H <- -(sum(pix.l)) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Shannon-Wiener.
		S<- 1/sum(pix^2) ###cria um objeto com o valor resposta do Indice de Simpson.
		
		indices<- data.frame(M,H,S)	##cria um dataframe com os valores dos índices calculados e guardados nos objetos M, H, S.
		
		return(list(ef.ver, indices)) ## retorna uma lista de dataframes com os valores requeridos na função.
		}
}	


fisheco(fishfauna,"verao")
fisheco(fishfauna,"outono")
fisheco(fishfauna,"primavera")
fisheco(fishfauna,"inverno")
fisheco(fishfauna)				

**fisheco**		**pacote: nenhum**	             **R documentation**																												


	Determina o número de imagens a serem analisadas para cada espécie de peixe
em estudos de ecomorfologia por pontos homólogos.


Descrição:

Calcula a estatística descritiva básica (média, mediana, desvio padrão,
mínimo, máximo) de dois vetores de valores (CT, mm, comprimento total do peixe;
 PT, g, peso total do peixe); a abundâcia, a abundância relativa, a biomassa das espécies,
 retornando o número de imagens a serem obtidas de cada espécie, derivada de 5% de sua 
abundância na amostra; e, os índices clássicos de ecologia de comunidades Margalef, Simpsom 
e Shannon-Wiener. Para realizar esses calculos por estação do ano, o argumento 'estação' deve 
conter "inverno", "outono", "primavera", "verao". O default do argumento 'estação' retorna
 resultados para dados agrupados (inverno, outono, primavera e verão). Caso rmNA seja verdadeiro,
 os NA's serão excluídos.


Uso:

	fisheco(x, estacao, rmNA=TRUE)
		

Argumentos:


	x: dataframe com quatro vetores. O primeiro vetor contendo caracteres do nome da espécie,
 o segundo vetor contendo o comprimento total (CT, mm) dos peixes, o terceiro vetor contendo o 
peso total (PT,g) dos peixes, e o quarto vetor com a estação do ano na qual eles foram capturados.
 Pode ter de uma a infinitas linhas.
		
	estacao: vetor de caracteres que estabelece a estação do ano na qual os peixes foram capturados.
 Este argumento pode conter "inverno", "outono", "primavera", "verao", "anual"=default.

	rmNA: quando verdadeiro, exclui os NA's existentes.
		
	
	
Detalhes:

A função calcula o número de imagens a serem analisadas por espécie em um estudo de estrutura de comunidades a partir de pontos homólogos. Este calculo é baseado no conhecimento da composição em comprimento e peso dos peixes desta comunidade e na abundância de cada espécie que a compõem. A função é útil quando se trata de estudos de peixes de clima tropical, em que a diversidade de espécies é alta e, consequentemente, a quantidade de dados disponíveis para análise se torna elevada.  


Valores:

Retorna uma lista de dataframes, um com a estatística descritiva básica de dois vetores de valores por elementos de um vetor de caracteres o qual também contém valores de abundâcia, abundância relativa, biomassa das espécies e o número de imagens a serem obtidas de cada uma; e, outro contendo os resultados do calculo dos índices clássicos de ecologia de comunidades Margalef, Simpsom e Shannon-Wiener. 


Veja também: 

data.frame rm.NA mean median sd min max  tapply INDEX


Autor:

Carolina Correia Siliprandi

(siliprandic@gmail.com)		


Referencia:

Begon, M.; Harper,J.L. ;  Townsend, C.R. 1996. Ecology - Individuals, Populations and Communities. Blackwell 
Science.
Farré, M.; Tuset, V.M.; Maynou, F.; Recasens, L.; Lombarte, A. 2013. Geometric morphology as an alternative for measuring the diversity of fish. Ecological Indicators 29, 159-166.
Magurran, A.E. 2004. Measuring biological diversity. Blackwell Science.


Exemplo:

dados <- read.table("Ex tfdata.csv", header=T,sep=",",as.is=T)

fisheco(dados)								

Dados do exemplo ex_tfdata.csv

Dados da função tfdata.csv