Mestrando em Ecologia, Instituto de Biociências, USP.

O título de minha dissertação é “O que faz de um indivíduo um invasor? Atributos individuais, formas de manejo e determinantes ambientais associados à invasão de remanescentes de Mata Atlântica por cachorros domésticos”, com orientação da professora Renata Pardini.

O trabalho de campo para coleta dos dados já está em andamento, e como a internet por aqui não é das melhores, vou deixar pra aprimorar esta página quando estiver em São Paulo.

exec

A função deverá realizar uma buscar em um dataframe a partir das coordenadas fornecidas pelo usuário, retornando um subset com as linhas cujas coordenadas se encontrem em um raio de até x km daquele ponto, sendo x um valor apresentado pelo usuário. Pretendo utilizar o pacote “sp” para auxiliar no cálculo das distâncias entre as coordenadas.

Cada linha do dataframe representa um objeto observado, com sua localização e características associadas. No caso específico, em que os objetos são cães, essas características podem ser o sexo, a idade, e informações sobre castração e vacinação, entre outras. Adicionalmente tais características podem ser incluídas como argumentos na busca, servindo como um filtro para o subset que retornará como resultado.

Iscas são utilizadas em diversos trabalhos de amostragem de fauna, com o intuito de atrair indivíduos para as armadilhas. Porém, ao longo dos dias elas são consumidas e apodrecem, podendo ter seu efeito reduzido.

A função deverá realizar uma análise exploratória dos dados e uma ANOVA multifatorial, tendo os dias como variáveis independentes (fatores) e o número de registros como variável resposta, a fim de verificar se existe uma tendência de perda do efeito das iscas. A análise exploratória será composta por um sumário, um histograma e boxplots.

Os dados devem ser inseridos em forma de dataframe, em que cada linha representa um ponto de captura e cada coluna representa o número de registros em um dia.

# Seleciona a partir de um conjunto de dados fornecido pelo usuário um subconjunto
# que contenha os indivíduos que se encontrem a uma dada distância de um determinado
# ponto, opcionalmente respeitando critérios de sexo, castração e idade.
seleciona <- function(data,x,y,km,sexo,castracao,idade)
{
  # confere se x foi fornecido pelo usuário e o avisa em caso negativo, mas dá sequência à função
  if(missing(x)){a=data; cat("Aviso: não foram fornecidas as coordenadas do ponto de referência ou a distância limite.\n\n")}
  else{ # se x foi fornecido
    # confere se y foi fornecido pelo usuário e o avisa em caso negativo, mas dá sequência à função
    if(missing(y)){a=data; cat("Aviso: não foram fornecidas as coordenadas do ponto de referência ou a distância limite.\n\n")}
    else{ # se y foi fornecido
      # confere se km foi fornecido pelo usuário e o avisa em caso negativo, mas dá sequência à função
      if(missing(km)){a=data; cat("Aviso: não foi fornecida a distância limite.\n\n")}
      else{ # se km foi fornecido
        # carrega o pacote "sp"
        library(sp)
        # transforma x e y em matriz
        z=matrix(c(x,y),nrow=1)
        # calcula a distância entre o ponto de cada linha do data.frame e o ponto de referência fornecido pelo usuário
        dist=spDistsN1(as.matrix(data[,2:3]),z,longlat=TRUE)
        # cria uma coluna no data.frame com o vetor dist
        data$dist=dist
        # seleciona as linhas cujas distâncias para o ponto de referência sejam menores que 'km'
        a=subset(data,dist<km)
      }
    }
  }
  # confere se foi selecionada alguma opção para o argumento 'sexo'
  if(missing(sexo)){b=a} # se não, ignora o argumento 'sexo' e passa ao argumento 'castracao'
  else{ # se sim
    # seleciona as linhas cujos indivíduos sejam fêmeas
    if(sexo=="femea"){b=subset(a,sexo==0)}
    # seleciona as linhas cujos indivíduos sejam machos
    if(sexo=="macho"){b=subset(a,sexo==1)}
    # seleciona as linhas de cujos indivíduos não se sabe o sexo
    if(sexo=="?"){b=subset(a,sexo==9)}
    # interrompe a função se o valor escolhido para o argumento for diferente dos disponíveis
    if(sexo!="femea"&sexo!="macho"&sexo!="ns") stop("Verifique o valor do argumento 'sexo'")    
  }
  # confere se foi selecionada alguma opção para o argumento "cast"
  if(missing(castracao)){d=b} # se não, ignora o argumento 'castracao' e passa ao argumento 'idade'
  else{ # se sim
    # seleciona as linhas cujos indivíduos não sejam castrados
    if(castracao=="nao"){d=subset(b,castracao==0)}
    # seleciona as linhas cujos indivíduos sejam castrados
    if(castracao=="sim"){d=subset(b,castracao==1)}
    # seleciona as linhas cujos indivíduos não se sabe se foram castrados
    if(castracao=="ns"){d=subset(b,castracao==9)}
    # interrompe a função se o valor escolhido para o argumento for diferente dos disponíveis
    if(castracao!="nao"&castracao!="sim"&castracao!="ns") stop("Verifique o valor do argumento 'castracao'")
  }
  # confere se foi selecionada alguma opção para o argumento "idade"
  if(missing(idade)){e=d} # se não, ignora o argumento 'idade' e passa aos resultados da função
  else{ # se sim
    # seleciona as linhas cujos indivíduos tenham menos que 1 ano
    if(idade=="jovem"){e=subset(d,idade<1)}
    # seleciona as linhas cujos indivíduos tenham 1 ano ou mais
    if(idade=="adulto"){e=subset(d,idade>=1&idade!="ns")}
    # interrompe a função se o valor escolhido para o argumento for diferente dos disponíveis
    if(idade!="jovem"&idade!="adulto") stop("Verifique o valor do argumento 'idade'")
  }
  # se nenhum indivíduo se enquadrar na busca
  if(dim(e)[1]==0) {cat("Nenhum resultado foi encontrado.")}
  else{ # se algum indivíduo se enquadrar na busca
    # retorna as linhas do data.frame que preenchem todos os requisitos
    cat("Foram encontrados "); cat(dim(e)[1]); cat(" resultados.\n\n")
    # retorna as linhas do data.frame que preenchem todos os requisitos
    return(e)
  }
}

seleciona                package:nenhum                R Documentation
 
Seleção de indivíduos sob critérios a serem definidos pelo usuário.
 
 
Description:
 
Seleciona, a partir de um conjunto de dados fornecido pelo usuário, um subconjunto que
contenha indivíduos que se encontrem a uma dada distância de um determinado ponto, 
opcionalmente respeitando critérios de sexo, castração e idade.
 
 
Usage:
 
seleciona(data,x,y,km,sexo,castracao,idade)
 
 
Arguments:
 
data		Data.frame contendo methods/html/as.html">as informações sobre os indivíduos.
 
x		Valor numérico: latitude do ponto de referência selecionado, em graus
		decimais.
 
y		Valor numérico: longitude do ponto de referência selecionado, em graus 
		decimais.
 
km		Valor numérico: distância limite da localização do indivíduo ao ponto
		de referência, em quilômetros.
 
sexo		Sexo dos indivíduos a serem selecionados. Valores possíveis: 'femea',
		para indivíduos fêmeas, 'macho', para machos, e 'ns', para quando o 
		sexo é desconhecido.
 
castracao	Situação dos indivíduos a serem selecionados quanto à castração.
		Valores possíveis: 'sim', para indivíduos castrados, 'nao', para 
		indivíduos não castrados, e 'ns', para quando não se sabe se o
		indivíduo é castrado.
 
idade		Faixa etária dos indivíduos a serem selecionados. Valores possíveis:
		'jovem', para indivíduos menores de 1 ano, e 'adulto', para indivíduos
		com 1 ano ou mais.
 
 
Details:
 
É necessário ter o pacote 'sp' instalado.
 
Se usado o sistema de localização, a latitude e longitude devem estar presentes no
data.frame respectivamente na segunda e terceira colunas, em formato de graus decimais.
 
Se os argumentos 'sexo', 'castracao' e 'idade' forem usados, methods/html/as.html">as informações referentes
a eles devem estar presentes no data.frame sob colunas de mesmo nome.
 
 
Value:
 
Retorna um subset do data.frame, contendo methods/html/as.html">as linhas referentes aos indivíduos que se
enquadram nos critérios definidos pelo usuário.
 
 
Author:
 
Vinicius Leonardo Biffi
vinicius.biffi@usp.br
 
 
Examples:
 
plan <- read.csv2("planilha.csv", as.is=T)
seleciona(plan,idade="jovem")
 
plan <- read.csv2("planilha.csv", as.is=T)
seleciona(plan,-22.964944,-46.208889,0.9,"femea","sim","adulto")

Arquivos

Script da função 'seleciona'

Help da função 'seleciona'

.csv cachorros (para teste)