Oi, Rodolfo!

Adoro sua organização! <3 Está tudo muito claro, parabéns e obrigada, hehe. Seu plano A está bom (mas veja meu comentário sobre o plano B! *.*). Sobre as duas dificuldades:

• Não entendi porque os nomes das espécies serem caracteres impossibilita o uso de funções que vcs já aprenderam (aggregate e família apply), talvez eu tenha entendido alguma coisa errada sobre o que vc quer fazer então. O que vc quer é calcular uma média por espécie (e depois fazer os testes estatísticos) de cada índice para cada tratamento, certo? Imagino que de algo assim (aqui vou calcular a média das proporções de fruto, mas poderia ser o cálculo dos índices por espécie) :

   especie individuo controle auto cruzada
  1     sp1         1      0.5  0.2     0.8
  2     sp1         2      0.6  0.1     0.9
  3     sp2         3      0.4  0.1     0.7
  4     sp2         4      0.5  0.0     0.8
  5     sp3         5      0.4  0.0     0.7 

  Você queira chegar em algo assim:

   Group.1 controle auto cruzada
  1     sp1     0.55 0.15    0.85
  2     sp2     0.45 0.05    0.75
  3     sp3     0.40 0.00    0.70 

  Não é isso? Você pode usar a função subset para gerar um data frame para cada espécie e depois calcular o que vc quiser tb, mas não me parece necessário. Me avise caso eu esteja deixando passar alguma coisa!

• Pelo que entendi, vc que deve decidir quando fazer um teste qui-quadrado ou um teste t, certo? Sendo assim, vc não precisa deixar isso como um argumento da função, pode colocar esse if dentro dela mesmo, e avisar qual teste foi feito (e esclarecer no help quando cada tipo de teste será realizado). É isso?

—Luísa Novara

Oi Lu!

Obrigado pelos comentários e elogios! E pela devolutiva ligeira também, assim já posso ir adiantando a função hehe

Então, é exatamente isso que quero fazer. A dica do aggregate() ajudou muito, já descobri como usar. Valeu!

Já os testes estatísticos, eu pensei em deixar o usuário escolher mesmo. Nunca consegui detectar um padrão nos estudos de biologia reprodutiva vegetal que li, alguns autores optam por usar o qui-quadrado, outros testes t, sem justificar muito. Então, na dúvida, pensei em deixar o usuário escolher mesmo, até porque deve ser possível optar por ambos mesmo, a depender da pergunta do trabalho né? A função precisa fazer uma comparação entre as médias de cada tratamento, par a par (natural vs cruzada, natural vs auto e auto vs cruzada). Pensei em criar a função para o teste t e depois repetir todo o código, só que para o teste qui-quadrado. Isso é aceitável/desejável?

Pensei agora que poderia gerar um gráfico boxplot também para cada tratamento por espécie indicando com letras se há diferença significativa entre os tratamentos. Só que fiquei pensando como operacionalizar isso para um data frame que tenha muitas espécies (além da melhor forma de mostrar inúmeros gráficos, sabe?)

Abraços,

R.

Oi, Rodolfo!

Sobre os testes estatísticos: ok, tinha entendido errado. Neste caso, é melhor deixar a opção pro usuário mesmo. Vc antes tinha sugerido a opção de usar o if(), não é? Neste caso, não precisaria repetir o código todo não, porque os dois “caminhos possíveis” só precisariam existir no momento de realização do teste. Ainda não entendi o porquê precisaria ser um if() dentro do if() como vc tinha falando antes (na verdade, não entendi como o argumento do teste estatístico está relacionado aos outros argumentos, isso que me gerou a confusão..).

Sobre os gráficos, acho que vc já conhece as funções que podem te ajudar a cria-los a partir de um data frame que tenha várias espécies. A lógica de aplicar funções a linhas específicas de um data frame é a mesma. Em relação ao problema de talvez ter que gerar vários gráficos (a Lu está com a mesma questão, né?), ainda não sei o que fica mais bonito/viável… Talvez apresentar várias janelas com alguns gráficos em cada, não tenho opinião formada ainda, hehe. Mas acho bem bacana a ideia de fazer esses gráficos sim!

Beijo,

—Luísa Novara

Rodolfo! Sua proposta A é boa, mas sei que está na sua zona de conforto. A sua proposta B é muito empolgante! Acho que vc iria aprender bastante com seus desafios (vc teria que quebrar um pouco cabeça com indexação, e pra mim aprender R é aprender indexação, hehe), e vi que vc conseguiria resolver com as funções que vcs aprenderam no curso, o que é ótimo! Sobre seus desafios:

1. Dica: dá uma olhada no capítulo 3 da apostila
2. Depois que vc resolver o desafio 1, a parte de preencher a matriz com os dados fica fácil. Sobre a complicação extra: em vez de exigir que o usuário indique a quantidade de mudas de cada espécie, fica mais fácil se vc também apresentar como output o número de mudas de cada espécie que ele precisa plantar (já que o usuário vai indicar a área do plantio). Assim vc não precisaria se preocupar com a diferença no número entre pioneiras e não-pioneiras ou entre espécies de um mesmo grupo sucessional. De qualquer forma, se vc optar por deixar como está, é possível que este problema extra se resolva como efeito colateral de resolver o desafio 1, hehe. Porque se vc tem dois vetores de tamanhos diferentes (por exemplo, um de indivíduos do grupo pioneiro P e outro de indivíduos do grupo não-pioneiro NP) e vc fizer com que os elementos desses vetores se intercalem (desafio 1), o que o R vai fazer é deixar que no final se acumulem vários elementos do vetor maior (P NP P NP P NP P NP P P P P P P P). E isso não é um problema, imagino..
3. (relacionado ao desafio 1) Acho que me soa um caminho bom. A forma como pensei em resolver o desafio 1 não envolve transformar a coluna do grupo sucessional em um vetor lógico, mas acho pode ser um bom ponto de partida pra pensar as coisas..

Sobre a forma de saída da função, acho que a matriz está bom, mas seria mais legal ainda se vc fizesse um gráfico a partir da matriz e apresentasse os dois. Porque com a matriz a informação sobre a distância entre as mudas se perde, e vc teria que acrescentar uma saída em forma de texto também indicando a distância entre as mudas pro plantio.

Se vc estiver com dúvidas/inquietações, podemos conversar bastante ainda! Me escreva por aqui, mas me mande e-mail me avisando que vc atualizou o wiki pra agilizarmos a comunicação, ok? (: Beijo

—Luísa Novara

Oi Lu, concordo com você que estou um pouco na zona de conforto com a proposta A. Gostei das duas, mas tentarei me empenhar mais na proposta B então hehe. Indexação é massa mesmo!

Obrigado pela dica, verei o capítulo 3 com calma. Eu consegui intercalar P e NP por linha do data frame criando uma coluna extra com um índice artificial de 1 a 10 (para P) e de 0.5 a 10.5 (para NP), e depois pedindo para organizar o data frame por esse índice (com o order). Mas foi forçar a barra né? haha. Depois pensei melhor e pesquisei uns protocolos e decidi que fazia mais sentido intercalar linhas de plantio de P e NP (como no link da figura ilustrativa que criei ai em cima), então meu problema mudou um pouco. Você notou essa mudança?

Sobre indicar o número necessário de P e NP para preencher a área desejada, acho uma boa! Pensei nisso também para eliminar essa complicação extra (além de ter uma justificativa biológica forte né para tanto). Acho que vou seguir a sua sugestão, e depois, se sobrar tempo, tentar acrescentar essa complicação extra (um opcional), pode ser? Quanto a acumular mudas do maior vetor no final, imagino que seja indesejável para o usuário, porque faria as espécies ficarem concentradas numa faixa do plantio, que é justamente o que a função tentaria evitar. Mas, isso já são extrapolações da proposta original, imagino, porque se estiver sobrando mudas de uma espécie ou grupo sucessional, a ordem de plantio para usar todas as mudas deveria ser revista para intercalá-las melhor. Vou adotar o que você sugeriu então, ok?

Vetor lógico: mantido por hora então hehe. Se sentir que é desnecessário, corto depois.

Tá, acho que um gráfico traz mais informações mesmo. Pensei inicialmente em manter as distâncias entre mudas e entre linhas de plantio conforme manda o protocolo que estou adotando (2m x 3m), o que viria explicitado na página de ajuda da função, então essa informação complementaria a matriz gerada. Se eu conseguir fazer até aqui já está ótimo, e tendo ideias para expandir a função depois

Obrigado pelos valiosos comentários, Lu!

Abraços,

R.

Oie!

Quanto ao comentário “Depois pensei melhor e pesquisei uns protocolos e decidi que fazia mais sentido intercalar linhas de plantio de P e NP (como no link da figura ilustrativa que criei ai em cima), então meu problema mudou um pouco. Você notou essa mudança?”: sim, notei a mudança. Entendo que isso ajuda a resolver a questão de intercalar P e NP na montagem da matriz, mas vc continua com o problema de intercalar espécies de um mesmo grupo em uma mesma linha para deixá-las o mais distante possível, não? Até onde entendi, o “desafio 1” (só que pra intercalação de espécies) continua aí. Neste sentido, acho sim que o order() deve te ajudar bastante, sugiro vc explorar mais essa função (talvez vc encontre uma forma menos “forçação de barra”, mas vc está indo por um caminho legal). Neste caso, vc não precisaria nem transformar o grupo sucessional em vetor lógico, não é?

De fato, acho que se houvesse um número muito maior de P ou de NP, o método de intercalação que vc mostrou na figura não deve ser o mais recomendado, então foge do escopo da sua função mesmo. Concordamos então que a solução mais prática é não colocar o número de mudas de cada espécie como input do modelo! Mas acho legal o que vc falou de, se sobrar tempo, vc colocar a opção do usuário informar o número de mudas que ele tem disponível!

Sobre colocar o gráfico ou não, vc pode decidir o que acha melhor e mais informativo!

Beijo,

—Luísa Novara

gentem, adorei esta discussão toda aqui. Gostei da adesão à proposta B. Só pra dar um palpite, acho que o gráfico é sempre bom deixar à escolha do usuário e não do Rodolfo — Sara Mortara

Oi Sara, obrigado pelo comentário! Dei uma adaptada na sua sugestão e criei um argumento para o usuário escolher se deseja ver a matriz ou não, e o gráfico ficará como saída constante da função por ser mais informativo.

Abraços, R.