Mestranda em Ecologia e Recursos Naturais pelo Centro de Ciências Biológicas e Saúde - UFSCar

Desenvolve projeto sobre ecologia de aves em paisagens antrópicas em Araçoiaba da Serra - SP, pelo Laboratório de Ecologia e Conservação - LECO http://lecoufscar.blogspot.com.br/

exec

Proposta A

A Lista de Mackinnon é uma metodologia para a realização de inventários de espécies de aves muito utilizada em trabalhos de consultoria ambiental e avaliações ecológicas rápidas que têm como um dos objetivos a obtenção de dados quantitativos das espécies presentes. A metodologia consiste no registro das 10 primeiras espécies identificadas em uma lista sem repetições, ao completar 10 espécies se inicia uma nova lista. Dessa forma é possível determinar parâmetros quantitativos da comunidade de aves, visto que as amostras são as listas obtidas durante o estudo. O método resulta em um índice de abundância relativa, o Índice de Frequência nas Listas (IFL), em que divide-se o número de listas que determinada espécie foi registrada pelo número total de listas obtidas. A tabulação e organização dos dados é feita em uma tabela na qual as linhas indicam as espécies presentes em todas as listas, e as colunas indicam cada uma das listas, o resto da tabela é preenchido indicando a presença (1) ou ausência (0) da espécie na lista da coluna correspondente. O objetivo da função é a partir das listas propriamente ditas, retornar um data frame com os dados organizados e um vetor com IFL para cada espécie.

Exemplo: data.frame argumento

Data.frame retorno

Pergunta: o Ale comentou em aula uma função que compara nomes parecidos de um objeto, em colocá-la como “if” para correção de possíveis nomes incorretos nas listas, gostaria de saber o nome da função

Proposta B

O objetivo da função é ajudar na organização de malas de roupas para viagem. Os argumentos usados serão o tempo duração da viagem, a estação na qual a mesma será feita, a altura da pessoa. A partir de pesquisas em blog, e sites de organização determinarei o número e os tipos de peças necessárias para classes de dias (3-5 dias, 6-10 dias) e para as estações, e medirei o tamanho médio dessas peças de tamanhos variados, dentro de classes de altura. A função retornará o tamanho da mala necessária para a viagem para essa pessoa.

1. Organizar os dados de um levantamento de avifauna amostrados a partir da metologia das listas de Mackinnon em uma tabela (*data.frame retorno) indicando a presença ou ausência de cada espécie em cada uma das listas

2. retornar dados de abundância das espécies (IFL) e um gráfico de barras com esses valores, riqueza, diversidade, equidade e dominância.

A organização dos dados para essa metodologia pode ser extremamente trabalhosa, dependendo do número de listas produzidas durante a coleta. Automatizar a tabulação dos dados diminuiria o tempo gasto na organização dos dados e evita que erros de digitação ocorram.

Objeto contendo as listas(*data.frame entrada)

Números de listas prosuzidas

obs.: os índices serão padronizados a partir da literatura, que afirma que muitos índices tendem a retornar valores a super ou subestimar para essa metodologia (Estimador de Riqueza: Jackknife1, Diversidade: Shannon(H’), Equitabilidade (J’), Dominância de Simpson(C))

A função retornara um objeto do tipo data.frame indicando a presença ou ausência da espécie em cada lista

Um vetor contendo o IFL para cada um das espécies

Gráfico com o IFL das espécies

Outro vetor contendo a riqueza estimada, índices de diversidade, equidade e dominância

mack<- function(x, nlist)
{
   names(x)=c("Lista", "Especie") #altera o nome das colunas do data frame 
   x.tab=table(x$Especie, x$Lista)#aplica a função table no data frame para retornar objeto com presença/ausência
   tab= matrix(x.tab, ncol=nlist)#cria objeto proveniente do x.tab como matriz
   colnames(tab)=colnames(x.tab) #coloca os mesmos nomes das colunas do objeto x.tab no objeto tab
   rownames(tab)=rownames(x.tab) #coloca os mesmos nomes das linhas do objeto x.tab no objeto tab
   freq=apply(tab,1,sum) #calcula quantas vezes cada espécie aparece no conjunto de lista
   ifl=freq/nlist #calcula o índice de frequencia por lista de cada espécie
   ifl.graf=sort(ifl, decreasing = T)#organiza os dados de ifl em ordem decrescente
   nspp=length(ifl.graf)#vetor com o número de espécies
  graf=barplot(ifl.graf, cex.names = 0.55, las=3,ylab="Listas", bty="l", line=-0.7, col= 1:nspp, main="Índice de Frequência por Lista")#Gráfico de barras do IFL
  freq.=as.numeric(c(as.data.frame(freq)$freq))#cria um vetor númerico com o total de vezes que cada espécie aparece no conjunto de listas 
  Sobs=length(freq.[freq.>0]) #calcula a riqueza observada  
  N=as.numeric(length(x$Especie)) #vetor numérico com o número total de indivíduos amostrados
  p=freq/N #calcula abundância relativa de cada espécie
  p.log.p=p*(log(p))#parte da formúla do Indice de Shannon
  H<--sum(p.log.p)#calcula o Indice de diversidade de Shannon
  Hm=log(Sobs)#calcula a diversidade máxima
  J=H/Hm #equitabilidade de Pielou
  C=1-(sum(freq.*(freq.-1))/(N*(N-1)))#Indice de dominância de simpson
  q.=freq.==1#seleciona espécies que aparecem em uma única amostra
  q.1= freq.[q.]  #parte da formúla de Jackknife
  q1=length(q.1)###número de espécies em 1 única amostra(lista)
  Sobs=length(freq.[freq.>0])
  jack=Sobs+(q1*(nlist-1/nlist))#Estimador de riqueza Jackknife 1
 
     ind.div=list(H, J, C, jack)#organiza tudos os indicadores de diversidade em uma lista
     names(ind.div)=c("Ìndice de Diversidade de Shannon", "Equitabilidade de Pielou", "Índice de Dominância de Simpson", "Jackknife1")# relaciona cada item do objeto ind.div com um nome
     tudo=list(tab, ifl, ind.div )#organiza todos os objetos retorno da função em uma lista  
     names(tudo)= c("Tabulação Lista de Mackinnon", "IFL", "Índices de Diversidade")#nomes dos vetores contidos no objeto tudo
     return(tudo)#retorno da função
}

mack                                      package: sem pacote                                          R Documentation
 
 
###Tabula dados obtidos pela metodologia de Listas de Mackinnon e fornece indicadores de  diversidade###
 
 
Description
Retorna uma matriz com a tabulação de dados de levantamentos de espécies de aves obtidos a partir de Listas de Mackinnon no qual methods/html/as.html">as listas representam unidades amostrais, um vetor numérico com Índice de Frequência por Lista (IFL) de cada espécie, um grafico de barras com o IFL das espécies, riqueza observada, estimador Jackknife 1, Índice de Diversidade de Shannon (H’), Equitabilidade(J’) e Dominância.
 
Usage:
 
       mack(x, nlist)
 
Arguments:
 
      x:    um obejto de classe data.frame contendo methods/html/as.html">as listas de Mackinnon.
 
     nlist:  número de listas de espécies.
 
 
Details:
 
           o data frame de entrada deve estar organizado em duas colunas, a primeira com 10 repetições do número da
            lista (1:nlist, “lista”, each=10).
 
 
Value:
 
         Matriz com tabulação: contém todas methods/html/as.html">as espécies observadas como nomes das linhas e methods/html/as.html">as listas numeradas nas]
         colunas, indicando a presença(1) ou ausência(0) de cada espécie em cada um das listas
        IFL: índice quantitativo indicando a abundância de cada espécie
        gráfico de abundância: gráfico de barras comparando a frequência por lista de cada espécies     
        indicadores de diversidade:  riqueza observada, estimador Jackknife, Índice de Diversidade de Shannon (H’),
         Equitabilidade(J’) e Dominância
 
 
Author(s):
 
Clarissa de Oliveira Santos
 
References:
 
 
VON MATTER, Sandro; et al, Ornitologia e Conservação – Ciência aplicada, técnicas de pesquisa e levantamento. Technical Books. 2010.
 
 
Examples:
 
exemplo=read.csv("exemplo.csv", header=T)
 
#Para rodar o exemplo fazer download do arquivo "exemplo.csv" na página: http://ecologia.ib.usp.br/bie5782/doku.php?id=01_curso_atual:alunos:trabalho_final:clarissa.2204:start
 
mack(exemplo, nlist=3)

arquivo para o examples: exemplo.csv