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Ana Carolina Pavan

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Doutoranda pelo Departamento de Genética e Biologia Evolutiva, Instituto de Biociências, USP. Trabalho com morcegos (Ordem Chiroptera) desde a graduação, investigando como os padrões de diversidade genética de algumas espécies neotropicais está correlacionado com a distribuição geográfica das mesmas. Essa disciplina é chamada Filogeografia e mescla duas grandes áreas da biologia evolutiva: Genética de Populações e Filogenética. No meu doutorado vou investigar a Sistemática e história evolutiva do gênero de morcegos neotropical Pteronotus. Pretendo descrever os padrões filogeográficos e obter matrizes de variância/covariância e correlação fenotípica para os cranios das seis espécies desse táxon. A partir dos dados moleculares e morfométricos vou analisar os níveis de diferenciação intra e interespecíficos, determinando o número de espécies válidas para o gênero segundo uma abordagem multidisciplinar.

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Proposta de trabalho final

Fazer uma função onde eu possar correlacionar dados de uma matriz genética com uma de distância geográfica através de um Teste de Mantel. Minha idéia é realizar o teste para comparar a distancia genética observada entre os individuos de uma espécie, com a distancia geográfica em linha dessas amostras. O chato dos programas que conheço que realizam o Teste de Mantel é ter que criar uma planilha e plotar os dados de distancia geográfica manualmente para cada par de localidades amostradas. Como no R existem pacotes para análises em GIS, pensei em incluir um mecanismo que me direcionasse a alguma fonte de dados onde eu pudesse capturar instantaneamente os dados de distancia geográfica para a minha matriz.

Comentários

Daniel:

A proposta é muito interessante e vejo que vai te ajudar na manipulação dos dados de seu trabalho. O que é GIS? Boa sorte!

Ale: GIZ: Carbonato de Cálcio na forma tubular para rabiscar quadros negros! SISTEMA DE INFORMAÇÃO GEOGRÁFICO (SIG) em inglês! Acho tb. interessante, mas acho que deveria separá-la em duas funções e trabalhar em apenas uma para o projeto:

  • 1. Uma função para o teste de Mantel (isso é um trabalho por si!)
  • 2. Manipular dados das espécimens para saber a distância geográfica entre eles… Acho que isso é uma trampo a parte. Não entendi como esses dados são ou como eles chegam de uma banco de dados da internet. Descreva como eles são (latitude x longitude) por unidade da matriz que irá ser montada. Uma rotina para transformar dados de coordenadas geográficas em distância entre unidades (matriz de distância) já é muito legal.
  • opte por uma das duas

Plano B

Caso minha proposta inicial não seja factível, alguma parte dela que seja util para reduzir o tempo gasto com a criação da base de dados para o Teste de Mantel.

TRABALHO FINAL

05_curso_antigo/r2011/alunos/trabalho_final/ana_carolina_pavan/start.txt · Última modificação: 2020/08/12 06:04 (edição externa)